民國105年(2016年)1月,臺灣總統競選中,雖然蔡氏宗親會大力拉抬蔡英文的選情,蔡英文在全臺範圍內都大勝國民黨候選人朱立倫,但最終蔡英文在金門僅得到6626票,遠低於朱立倫的24327票,成為蔡英文輸掉的為數不多的縣市之一。
金門蔡氏作為金門地區的重要家族,在其中也扮演了一定的角色。
民國100年(2011年)以來,蔡英文曾三赴金門蔡氏宗親會。
民國100年(2011年)12月,蔡英文在民國101年(2012年)臺灣總統競選前赴金門進行祭祖,藉「小三通」向北京喊話。她說,她會在兩岸現實的基礎,秉持「民主、對等、和平」原則,與大陸展開新的對話和事務協商,「在我主政下,兩岸關係只會持續前進,不會停滯或倒退」。