故事開始，時光機發明者Ken（苗僑偉 飾演），因1999年項少龍（古天樂 飾演）乘坐時光機回到戰國時期滯留無法返回現代，公司把過失責任推給他，而坐牢二十五年，出獄後，組織一支傭兵展開復仇行動。
Ken和小舅子Phil（洪天明 飾演）Max（吳樾 飾演）進入實驗室，和在那裡工作的女兒Galie（白百何 飾演）裡應外合，制服工作人員，脅迫烏有博士（廖啟智 飾演）再次啟動時光機，他們一行人回到戰國時期，準備殺死秦王（林峯 飾演），由Ken取代成為中國歷史第一位皇帝進行改變歷史。
項少龍和兩位妻子烏廷芳（宣萱 飾演）琴清（郭羨妮 飾演）兒子項寶兒（朱鑑然 飾演）隱居山野，過著村夫生活，仍提防秦王嬴政（趙盤）來抄家滅口，防禦做的嚴實。
嬴政領軍滅齊，進而一統六國，凱旋返回函谷關途中，大軍遭遇Ken埋伏以現代精銳火箭槍砲襲擊，軍隊幾乎滅絕。
嬴政由親信保護逃往項少龍隱居處，向師傅求助。
Ken在車駕中抓到秦王，隨後發現是冒充者，問出嬴政去處，傭兵一行也趕去項少龍家。
收拾物品帶著家人正要逃走的項少龍，兩名傭兵和嬴政一前一後抵達，走也走不了，只能動手殺了傭兵，帶著家人和嬴政離開，在樹林中善柔（滕麗名 飾演）和幾位墨者趕到助他們脫險，前往由善柔和項少龍建立的山寨躲避追殺。
烏廷芳在打鬥中，武術不如人，遭Ken壓制，帶走做為要脅項少龍的人質。
項少龍也帶走Ken的女兒和嬴政分開囚禁大牢籠裡，善柔他們不滿項少龍把嬴政帶來山寨，擔心後患無窮，引來殺身之禍。
嬴政對項少龍又敬又畏，成為階下囚，心中念的想的還是長生不老藥。
項少龍很想給趙盤兩大耳光，忍氣，咬牙切齒再說一遍：世上沒有長生不老不死藥！沒有這種東西！
項少龍去問Galie他們穿越來的目的，用她帶著的通訊器與Ken談判，談定用嬴政交換烏廷芳。
Galie帶來的裝備讓項少龍讚嘆科技的進步，Galie對解說通訊器和時光機訊號接收器已經更新至第幾代了，更輕巧準確。
項少龍安排好計畫，因Ken潛進山寨救走女兒，發現嬴政，掃描他的臉後，假扮嬴政，Max扮成護衛，進入函谷關。
李斯早一步接獲通報，知道了剛剛踏入宮殿的嬴政是假冒的，他按兵不動，等項少龍來處理。
現代人古代人群聚宮殿，自然是血腥屠殺。
沒看過2001年港劇《尋秦記》，不必擔心看不懂古天樂和林峯的情感糾葛，電影中剪接不少回憶片段，這個秦王是個冒牌貨，他叫趙盤，是混跡街頭紈褲，母親要他拜項少龍為師，真正嬴政在戰亂中死了，為完成任務項少龍拿他冒名頂替，歷經宮廷權利鬥爭，一步步走向權利頂峰。
趙盤一直害怕知道真相的項少龍會說出秘密，師徒感情生變，雖不殺他，二十年來仍監視他一家人的一舉一動。
即將統一天下時，Ken乘時光機帶著優勢火力差點要了他的命，不得不向項少龍求救。
電影說的是後續新故事，巧妙的讓項少龍的兒子成了滅秦的項羽。
為保兒子安全，項少龍和秦王談條件，安排船給他，他帶妻兒和伙伴出海幫他尋找仙藥。
另一個結尾，所有人跟著項少龍乘時光機回到香港，享受豐盛的現代美食，欣賞維多莉亞港的美麗夜景。
曾是《尋秦記》戲迷看的是回憶殺，沒看過連續劇的人看的是明星群聚的熱鬧。
