最近沸沸揚揚的論文門事件中，對社會大眾最關鍵的問題在於當事人能否以誠實正直的態度面對考驗，這裡的當事人包括碩士論文作者、指導老師及負責評判的教授。所謂誠實，指的是作者撰寫碩士論文時是否認為可以瞞天過海、掩人耳目所以大規模地抄襲，及至東窗事發後，是選擇勇於認錯還是硬拗到底。所謂正直，指的是在學生遭人檢舉論文抄襲時，指導老師在盡力保護學生之際，能否絲毫沒有逾越學術誠信的紅線，而評判的教授，在漫天瀰地的政治壓力下，能否持正秉持學術的良知，以事實作為最後判決的唯一根據。
此次事件牽涉研究成果的歸屬與論文文字的抄襲或引用，其來龍去脈並不複雜，所以塵埃落地後，賢愚貞佞不難釐清。歷史上唯一一次得獎人拒絕數學界諾貝爾獎的事件，也跟當時數學界是否公平評斷研究功績及堅定捍衛學術誠信有關，因為其中情節繁複、事涉學閥，至今是非曲直仍未易明。
龐加萊猜想（Poincaré conjecture），是由法國數學家龐加萊提出的一個拓撲幾何學的猜想，也是克雷數學研究所(Clay Mathematics Institute)於2000年懸賞每題一百萬美元獎金的七大千禧年數學難題之一。俄羅斯數學家格里戈里·佩雷爾曼(Grigori Perelman)於2002到2003年間發表三篇論文一舉證明了龐加萊猜想。經過至少三個不同團隊的驗證，數學界於2006年正式公告佩雷爾曼成功地證明了龐加萊猜想，Science期刊也將此成果列為當年年度科學成就。同年，國際數學聯盟決定頒給佩雷爾曼相當於數學界諾貝爾獎的菲爾茲獎章(Fields Medal)，但被他婉拒。克雷數學研究所在2010年欲將解決龐加萊猜想的一百萬美元獎金頒發給佩雷爾曼，也被他拒絕。
為什麼佩雷爾曼會拒絕接受這些因為證明了龐加萊猜想所帶來的榮耀呢?從他的種種回應中可歸納出三個理由。首先，因為佩雷爾曼的證明乃基於哥倫比亞大學理查德·漢密爾頓教授的理論架構，他認為數學界將證明出龐加萊猜想的所有光環歸諸於他對漢密爾頓是很不公平的。其次，佩雷爾曼認為一旦成為菲爾茲獎章得主，將會引來許多數學界裡的雜務應酬，因而干擾到他近於苦行僧式的研究生活節奏。最後，佩雷爾曼認為主流數學界存在許多缺乏誠信(lack of integrity)的現象，他要嘛接受獎章進而當責地揭發這些惡習，要嘛拒絕受獎安心地視而不見，最後他選擇了後者。
漢密爾頓從1980年代初就提出以Ricci Flow的概念來證明龐加萊猜想的理論架構，但對於幾個奇點(singularity)案例始終無法突破，佩雷爾曼將這些案例一一解決，因而完成了龐加萊猜想的證明。漢密爾頓的主要合作者是任教哈佛大學、1982年菲爾茲獎章得主的丘成桐教授。當佩雷爾曼於2002年發表他第一篇有關龐加萊猜想證明的論文時，漢密爾頓和丘成桐大為震驚，因為經過二十多年的努力，他們十分確定世界上不太可能有其他團隊可以克服他們所遇到的障礙。然而，佩雷爾曼單槍匹馬、硬是乾淨俐落地掃除了這些障礙，漢密爾頓和丘成桐的失落感可想而知。
或許意圖反敗為勝，丘成桐安排兩位前學生，廣州中山大學的朱姓教授及理海大學的曹姓教授，一起研究佩雷爾曼的文章，試圖找出其中的漏洞。這樣的研究工作在數學界有其價值，因為可以對重大前人研究成果提供公正獨立的驗證。可是，當朱與曹於2006年6月發表研究佩雷爾曼的成果時，他們的論文竟宣稱以應用漢密爾頓和佩雷爾曼的理論，提出一個龐加萊猜想的「完整證明」，丘成桐進而為這篇文章大事宣揚，高調聲稱它對證明龐加萊猜想的貢獻與佩雷爾曼的文章旗鼓相當。這件事情在拓撲幾何界引起軒然大波，因為幾乎沒有任何其他同行認為朱曹的文章提出任何夠分量的新見解，但鑒於丘成桐在這個領域的權威，最後只好各自解讀、不了了之。
可嘆的是，此事件坐實了佩雷爾曼對數學界的批評，也間接證明了他「敬謝不敏」的決定終究是正確的！從佩雷爾曼的角度，數學界一方面沒有給漢密爾頓應得的credit，另一方面也沒能阻遏類似丘朱曹的侵權行為。失望之餘，2006年後他就封刀歸田、退隱江湖，數學界也因此損失了一個才華橫溢的頂尖高手。台大的學術倫理委員會對林智堅-余正煌論文抄襲案的判決，是否能完全摒除政治與民粹的干擾，對未來台灣學術界的風氣及學者的研究士氣也將會產生同樣的影響。