在沖繩波上宮旁的護國寺內有一座相當低調的「臺灣遭害者之墓
」紀念碑，為紀念在明治4年(1871)兩艘宮古島船和兩艘八重山船在完成對琉球王國繳交年貢的義務後，在回程的途中因遇到暴風雨而漂流到現今台灣台東縣滿州鄉的八瑤灣一帶，其後遭到當地原住民殺害的此一慘案；也就是所謂的「牡丹社事件」。「牡丹社事件」 不論對琉球王國或台灣的影響甚大，此一事件促使清國積極治理台灣，而對琉球王國而言，這大概是日本政府宣示對琉球王國擁有主權的重要轉折點。
眾所周知，清國一直以來並無有效治理台灣，尤其是後山地區原住民的生活區域。「牡丹社事件」之前的「羅發號事件」同樣也是船員遭到原住民殺害的劫難，而在美國駐廈門領事李先得(Charles W. Le Gendre)求助清廷無效的情況下，李先得直搗台灣原住民頭目──瑯𤩝十八社大酋長卓杞篤交涉。李先得的這個經驗間接為之後日本當局毅然決然出兵台灣埋下伏筆，原因在於，在李先得看來，台灣原住民的生活區域實質上並非清國有效統治之地，實為無主之地，因此足認以保護區域安全和以文明之道教化原住民為由出兵台灣。事實上，李先得後來與日本外務卿副島種臣會面，鼓勵日本當局應對台灣出兵。
但琉球王國遭遇的不幸事件為何是由日本當局出兵解決？原因在於，琉球王國自16世紀開始與日本鹿耳島的薩摩藩屬於被半支配的關係。明治新政府成立後，其組成核心最終又是由薩摩藩與長州藩出身者所掌控，又此可理解為何當時的日本當局對於牡丹社事件相當在意。1868年日本明治政府成立之後，國境範圍的釐清是首要的課題，對於薩摩蕃屬下的琉球王國是否可納入近代日本國家領域內也是當時日本國內的一大問題。在當時大多數日本人的認知裡，琉球王國是不屬於日本「大和」的一種存在，然而日本在幕府末年開國前後，琉球王國與西方列強簽訂的「琉美條約」 、「琉法條約」和「琉蘭條約」 皆是在薩摩蕃的監督下完成的。因此，從西方列國的觀點下來看，琉球王國實屬於日本當局的統治範圍，對日本當局出兵台灣的合理性並不存疑（儘管不支持）。實際上，日本當局出兵台灣後，清國後來願以賠償補償金來換取日本的撤兵，便是間接承認了在清國領地下遭殺害的琉球人實歸屬於日本國民；換言之，承認了日本當局的統治權包含了琉球王國。1879年4月4日明治政府完成了「琉球處分」 作業，結束了琉球王國的時代，琉球改為日本的「沖繩縣」。
在沖繩波上宮旁的護國寺內有一座相當低調的「臺灣遭害者之墓
」紀念碑，為紀念在明治4年(1871)兩艘宮古島船和兩艘八重山船在完成對琉球王國繳交年貢的義務後，在回程的途中因遇到暴風雨而漂流到現今台灣台東縣滿州鄉的八瑤灣一帶，其後遭到當地原住民殺害的此一慘案；也就是所謂的「牡丹社事件」。「牡丹社事件」 不論對琉球王國或台灣的影響甚大，此一事件促使清國積極治理台灣，而對琉球王國而言，這大概是日本政府宣示對琉球王國擁有主權的重要轉折點。
眾所周知，清國一直以來並無有效治理台灣，尤其是後山地區原住民的生活區域。「牡丹社事件」之前的「羅發號事件」同樣也是船員遭到原住民殺害的劫難，而在美國駐廈門領事李先得(Charles W. Le Gendre)求助清廷無效的情況下，李先得直搗台灣原住民頭目──瑯𤩝十八社大酋長卓杞篤交涉。李先得的這個經驗間接為之後日本當局毅然決然出兵台灣埋下伏筆，原因在於，在李先得看來，台灣原住民的生活區域實質上並非清國有效統治之地，實為無主之地，因此足認以保護區域安全和以文明之道教化原住民為由出兵台灣。事實上，李先得後來與日本外務卿副島種臣會面，鼓勵日本當局應對台灣出兵。
但琉球王國遭遇的不幸事件為何是由日本當局出兵解決？原因在於，琉球王國自16世紀開始與日本鹿耳島的薩摩藩屬於被半支配的關係。明治新政府成立後，其組成核心最終又是由薩摩藩與長州藩出身者所掌控，又此可理解為何當時的日本當局對於牡丹社事件相當在意。1868年日本明治政府成立之後，國境範圍的釐清是首要的課題，對於薩摩蕃屬下的琉球王國是否可納入近代日本國家領域內也是當時日本國內的一大問題。在當時大多數日本人的認知裡，琉球王國是不屬於日本「大和」的一種存在，然而日本在幕府末年開國前後，琉球王國與西方列強簽訂的「琉美條約」 、「琉法條約」和「琉蘭條約」 皆是在薩摩蕃的監督下完成的。因此，從西方列國的觀點下來看，琉球王國實屬於日本當局的統治範圍，對日本當局出兵台灣的合理性並不存疑（儘管不支持）。實際上，日本當局出兵台灣後，清國後來願以賠償補償金來換取日本的撤兵，便是間接承認了在清國領地下遭殺害的琉球人實歸屬於日本國民；換言之，承認了日本當局的統治權包含了琉球王國。1879年4月4日明治政府完成了「琉球處分」 作業，結束了琉球王國的時代，琉球改為日本的「沖繩縣」。