首先，故事話說從前，從碟仙遊戲提供的文案中，我們得知：
○民國３８年間，梧桐小學前身為長安醫院。
○民國４０年間，長安醫院一場大火燒死無數人
○長安醫院的火災乃人為縱火，疑因感情因素最後投入火海自殺身亡。
○後來長安醫院原址改建為梧桐小學。
○民國５５年間，梧桐小學舊校舍女廁發現一個月前失蹤兒童被肢解案。
○兒童失蹤肢解案犯人為該保健室女老師，發現時已上吊身亡。
○民國７３年８月５號，高中生迎新試膽大會中，參加學生均未回家。
○學生會長林曉琪舉辦迎新試膽大會，於山區廢棄的梧桐小學。
碟仙故事主線，是一位父親委託各位玩家，幫忙進入山區廢棄的梧桐小學，找找他那個身為學生會長舉辦了試膽大會卻沒回家的女兒林曉琪。
而在碟仙遊戲中，我們會發現一些小疑點：
○白色頭髮的女孩，跟我們玩一二三木頭人。
○病歷上說明，小奈有白化症，阿拓有色盲。
○小奈的媽媽是保健室阿姨，為了治好她的白化症，求治碟仙。
○碟仙指示要吃小孩的血肉，所以保健室阿姨殺了許多小孩，治好了小奈的白化症。
○後來小奈又有了心臟病，求助碟仙後，指示要吃親近之人的心臟。
○小奈的媽媽綁架阿拓，挖出他的心臟，但是小奈認出是好友的心臟，所以拒吃。
○小奈心臟病發死去，保健室阿姨上吊自殺。
○林曉琪在進入廢墟後，感到手上胎記隱隱作痛。
○胎記是前世她身為保健室阿姨抓住阿拓時，被阿拓抓傷的傷痕。
○碟仙故事中鬧的鬼，正是阿拓。他分裂成好鬼與壞鬼，一個指引大家逃生，一個釘在牆上。
鬼仙遊玩前可以回顧一下碟仙劇情，碟仙主要發生的時間段，梧桐小學已經因為發生保健室阿姨多起殺害分屍孩童案而廢棄了，所以林曉琪才能去廢校辦試膽大會。主要人物為：保健室阿姨、阿拓、小奈。
而鬼仙將會把各位的時序往前拉至長安醫院已然廢棄，但是還未在其址上蓋梧桐小學的時候。並在遊戲過程中，進入長安醫院，解開當年火災之謎，釐清院長、夫人、千金、長工、護士、龍鳳雙胞胎等等人物關係。
最後，將進入碟仙、鬼仙世界中，那跨越了三生糾葛的情愛故事…三生三世．長安梧桐
