鈴芽（原菜乃華 聲演）常做同樣的夢，年幼的她獨自走在廣闊草原，
面貌模糊的長髮女人推開門，她迎向前，哭腔問：
「你有看見鈴芽的媽媽嗎？她只是找不到我了……」夢總是停在這裡，她就醒過來，
鈴芽已經是十七歲的高中生了，跟環阿姨（深津繪里 聲演）住在宮崎。
阿姨把鈴芽當做親生孩子疼愛，過度疼愛，免不了過度保護，過度嘮叨。
鈴芽如往常騎腳踏車上學，途中遇到位長髮青年宗像草太（松村北斗 聲演），
詢問知不知道那裡有廢墟？他在找廢墟的門。
鈴芽不懂他的意思，指指半山中廢棄的溫泉。
基於好奇，鈴芽尾隨草太去到溫泉廢墟處，
她眼前是一扇佇立在水中的門，她踏入水中朝門走去，
伸手拉開門，見到夢境天地合一的奇特景象，
地上有座貓型石像，一時手賤，拔起石像，
石像瞬間化身白貓，一溜煙跑走。
鈴芽回到學校上課，被突來的地震驚嚇，當同學們七嘴八舌談論地震時，
鈴芽看中山中廢墟處冒出一陣陣黑煙，覺得不尋常，
轉身離開教室，趕到廢墟，只見長髮青年正奮力使勁要將門關上。
鈴芽上前幫忙對抗不知名力量關上那扇門，反讓青年為保護她而受傷。
青年頌唸經文，向大地之神請求，再用一把特殊鑰匙鎖好門，完成關門儀式。
鈴芽帶草太回家包紮傷口，
青年說自己關門師家族繼承人宗像草太，是大學二年級學生。
當人們遷移離開後的地方，沒了人煙，房屋，遊樂設失年久失修，
毀壞成為廢墟，會出現「後門」的門，
開啟的後門會跑出「地龍」那是一種活在日本底下的巨大力量，
當地龍衝出門累積到一定程度就會倒下造成地震。
因此草太四處旅行，找尋開啟的門將它鎖上，
並把那塊土地還給原本的持有者「產土神」。
跑掉的白貓出現在鈴芽房間窗口，鈴芽給白貓魚乾和水，
白貓開口說話了，說喜歡鈴芽，要跟鈴芽在一起。
草太想捉住白貓，白貓對他施咒，
草太形體消失，靈魂附身在鈴芽媽媽親手釘製的三腳小黃椅上。
白貓再次溜走，小黃椅追上去，鈴芽緊追在後，於是路人看見奇怪畫面，
三腳小黃椅會自行跑步說話，除了議論紛紛外，當然也要拍照上傳IG。
鈴芽為了追上白貓，讓草太恢復人形，
收拾簡單物品，搭上渡輪從九州宮崎出發，開始公路之旅。
抵達愛媛時，遇到家裡經營民宿的千果（花瀨琴音 聲演），
她對三腳木椅充滿好奇心，讓鈴芽在家中暫住，
離開前，還替鈴芽準備換洗衣物，小木椅裝在揹袋中。
在公車站躲雨等車時，遇到開車回神戶的瑠美（伊藤沙莉 聲演），
後座坐著兩個小孩，發現會說話的小木椅，興奮到爭奪玩不停。
經營小酒館的瑠美提供食宿，讓鈴芽在店裡幫忙，打工換宿。
從IG動態發現白貓蹤影，追逐牠的同時，
鈴芽依照草太指導也關閉兩處廢墟後門，向瑠美道別，離開神戶，
搭新幹線到東京，到草太的公寓查資料，
草太的朋友芹澤（神木隆之介 聲演）也來找他，此時地震警報響起，
原本鎮壓地龍的要石少一顆，就是逃跑的白貓，另一顆也要鬆脫，
白貓不肯再做要石，中了咒術的草太承接要石身份，
是她拔出要石，害草太變成要石，鈴芽不接受這結果，決定要救回草太，
那就要回東北老家，面對她長久逃避面對的事實。
《鈴芽之旅》講述鈴芽偶遇草太後，兩人為阻止地震發生毀滅日本，
從九州宮崎出發踏上旅程，一路遇上善心好人幫助，
故事有冒險追尋與青春戀愛，也穿插日本國神話傳說，
還有新海誠最拿手的細膩傳神生動風景畫面。
新海誠的故事裡沒有絕對壞人，
最後，白貓大臣在左大臣勸說下，恢復要石身份，將地龍重新封印。
後段出場的芹澤願意開七小時的車，載鈴芽和環阿姨回到東北，
沿路還充當和事佬，化解鈴芽和阿姨的誤會。
推開常世門的鈴芽看見年幼的自己，
哭問：「你有看見鈴芽的媽媽嗎？她只是找不到我了……」
原來夢中看見的長髮女人是長大的自己。
四歲的鈴芽早明白媽媽消失在那場大海嘯裡，
一直以來她壓抑不願面對，現在解救草太同時也救贖自己。
未來一定會更好，但不會比現在這一秒更重要。
不要為了假想的美好未來，犧牲了真實的眼前，
只有不斷珍惜現在，才是美好未來。
