新機制論者貝圖(T. Baetu)新作:《分子生物學中的機制》

閱讀時間約 5 分鐘
去年(2019),生物學哲學家貝圖(Tudor M. Baetu)在劍橋出版社出版了《分子生物學的機制》(Mechanisms in Molecular of Biology)。雖然只有六十五頁,但讀起來哲學質量不輕,也算是新機制論最近有的新發展。
有別於以往新機制論者總是將機制假說和實驗的關係視為前者為主、後者為輔,也就是把生物學史上重大的發現都套入「起於某個有遠見的假說,然後設計實驗檢驗(testing)之」的大框架裡探究其中的方法論,貝圖倒是明白地表示,他在這本著作裡,嘗試更加著重「實驗實作」(experimental practice)本身與機制之間的關係。
先說什麼是「以機制假說為主、實驗為輔」的大框架?過去二十年來,新機制論者經常主張,生物學家在進實驗室操作實驗之前,心中多半已抱持某個機制假說,也就是所謂的「機制框架」(mechanism schema)在做實驗。機制框架內有許多科學家尚未發現或證實的推測假定,包括可能有某種存有物(entity)或存有物可能進行某種活動(acitivity)所以才產生某種效應等尚且「遺落」(missing)的內容。科學家帶著這些假設走進實驗室,透過手做實驗,慢慢發現機制框架裡的各種細節,使原本抽象、含有多個未知成分的機制框架,逐漸變成內容含量較多、較豐富的「機制格架」(mechanism schemata),最後將所有未知變成已知,將遺落變成發現(discovery)。原來的機制假說經過實驗之後,一方面可以說是被驗證(verify)為真(當初科學家心中的假設現在證實為真),另一方面也可以說是被揭露(reveal)為真(原假設存在但未被看見的內容現在真實可見),科學家整個發現的歷程就是把未知、未確定的假設變成完整的機制描述,成為所謂的「機制說明」(mechanitic explamations)(Machamer, Darden, and Craver 2000: 18)。
事實上,這樣看待生物學家發現機制與實驗實作的觀點並不假。生物學哲學裡,也已經有許多哲學家真正地進入生物學各領域,嚴格地檢視大框架是否真的可以套用在實際的案例中,測試領域包括生物化學、遺傳學、細胞生物學、分子生物學、電生理學,以及神經科學(Darden 1991, 2006; Bechtel 2006, 2008; Craver 2007; Weber 2005)。然而,對貝圖來說,這種「從機制假設出發,最後發現機制」的模式只是生物學發現的其中一種模式,「在科學實作裡,假說和實驗活動是連帶進行的」(Baetu 2019:4),所以我們或許可以這樣看,貝圖會認為說,與其繼續把力氣放在將此種模式擴張到其他生物學領域,貝圖認為,倒不如轉為更加地著重在「實驗行為」(experimentation)的探討上。
貝圖在第一章「機制及其發現」(Mechanisms and Their Discovery)中,先簡單交代了什麼是「機制」、「機制說明」與上述說的發現大框架(1.1 Mechanisms and Mechanistic Explanations, 1.2 The Discovery of Biological Mechanisms),然後馬上在第三節定下這本書的主要調性—「實驗方法論優先」(1.3 Experimental Methodology First),除了剛剛說他想走一條跟以前新機制論者不一樣的研究路徑外,他也嘗試把先前有些許斷裂的兩個哲學層次(知識論與形上學)重新連結起來,用一種「貼近實驗實作,但不拋棄形上學概念」的新進路,來處理過去未曾被好好討論或可以說是被忽略,但在實驗實作裡卻十分重要的議題,例如:在實驗室裡,到底什麼是「現象」(phenomenon)、現象跟「資料」(data)不一樣嗎?哪裡不一樣?(The Data-Phenomena Distinction)什麼是「實驗模型」(experimental models)、什麼是「雜訊」(noise)?以上均在第二章有詳細的討論。當然,強調實驗實作的貝圖是以相當貼近生物實例的方式來討論,他選用當代分子免疫學T細胞感染造成紅斑反應的例子來進行論述。
圖中第三頁,一個簡單表示NF-kB機制及其在調控反應機制圖。圖片取自網路。
確定了「實驗實作」的主調,也重新分配了知識論與形上學的比重,貝圖在第三章便開始對機制與現象的關係進行分析。不意外地,他並不滿意過去新機制論所提出的「因源式說明」(the etiological account),也不滿意過去用「部分與整體」組合的觀點(the past-whole constitutive account)來看機制與現象的關係(Bechtel and Abrahamsen 2005; Glennan 1996, 2002, 2017; Illari and Williamson 2012),他給出了一個新建議:用「因果結構」(causal structure)的方式來看,這個方式將無法任意把實驗操作裡的變項單獨看待,所有的變項都須被一起考慮。
最後,書裡的第四章,貝圖回顧了新機制論無論是在理論或實驗證成兩方面的文獻,他希望這部作品有達到一個目的,那就是關於實驗需要被解釋的東西其所需要的形上學許諾都有被清楚說明,他稱之為「最低限度的實驗解釋」(the minimal experimental interpretation),儘可能使與生物學機制有關的科學理論與實驗實作之形上學預設都得以清晰化(Baetu 2019:7)。如此,貝圖不僅為新機制論強化了實驗實作的向度,同時也提供了一份兼顧知識論與形上學層次的新機制論觀。
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