1853年，培理（Matthew Perry）的黑船事件，促成了日本結束長達200多年的鎖國政策，並於1858年簽署了《安政五國條約》，賦予美國、英國、俄羅斯、法國及荷蘭貿易與居留權。日本正式開國，外國居留區的建設隨後在函館、橫濱及長崎三個條約港口展開。 也正是在這樣的契機下，外籍傳教士紛紛進入到了日本，結合日歐風格的建築和教堂開始一一落成。

大埔天主堂為日本開國後首批建成的教堂之一，於1865年落成。大埔天主堂是在巴黎外方傳教會 (Société des Missions Étrangères de Paris)向東亞所派遣的傳教士中，所任命的Furet神父( Louis-Théodore Furet) 的監督下建造，原本希望將新教堂建在「日本二十六聖人」殉教的地點，但礙於現實，只能選址於外國居留區內。 Furet神父先建造了傳教士宿舍，Petitjean神父(Bernard Petitjean)則於1863年8月加入以協助教堂建設。然而，由於當時日本仍維持禁教令，Furet神父對感化日本信徒感到絕望，於次年10月返回法國。 Petitjean神父接手了後續工作， 並於在1865年完成了教堂的建設。

1865年2月19日，大批外籍居民出席了大浦天主堂的祝聖典禮。然而，在祝聖典禮舉行後不到一個月的1865年3月17日，大浦天主堂發生了被宗教史視為奇蹟的事件──亦即日本「潛伏基督徒」(Hidden Christians)的發現。

Petitjean神父（Bernard Petitjean）在翌日的信件中如此記述：

「3月17日星期五，中午12點30分左右，約有十二到十五名男女老幼聚集在新建成的『二十六聖人殉教教堂』前。他們的舉止顯然不只是出於好奇。在守護天使的啟發下，我走向了他們。當時教堂的大門是關閉的，我將門打開後，帶領訪客進入並祈求天主的祝福，隨後走向聖壇。我才剛開始唸誦一篇《天主經》，就有三名年約50至60歲的婦女走過來跪在我身旁。其中一人將手放在心口，低聲說道（彷彿擔心牆壁會洩露她的話語）：

『這裡所有人的心，都與你的一樣。』

『真的嗎！』我回答道，『但你們是從哪裡來的？』

『我們都來自浦上（Urakami）。在浦上，幾乎所有人都和我們擁有一樣的心。』

接著，那名婦女又問：『聖母瑪利亞的聖像在哪裡？』」

Petitjean神父後來從訪客口中得知，浦上的基督徒社群在長達約250年的孤立狀態下依然存續。大浦天主堂會面的消息迅速在村莊傳開， 雖然長崎奉行所禁止民眾造訪教堂， 但來自附近島嶼和沿海村落的人數卻日益增加。

日本自江戶幕府多次的禁教令後，為規避政府的禁令 ，在長崎地區有基督徒群眾過著隱匿的生活。若要一探「潛伏基督徒」以及基督教在日本的歷史，長崎絕對是必須造訪的地點之一。