電影一開始，陳桂林在黑道喪禮上秘密出現，並開槍射殺另一角頭，隨後逃避警方追捕。按法律，開槍殺人該被抓，但陳桂林殺的也是一個黑道角頭，本就是社會毒瘤，替社會除了一個，是否有罪？警方在黑道喪禮會場附近集結，是為了維持現場秩序，但為何警方不直接逮捕所有黑道份子呢？直接除去所有毒瘤。
在片中，陳桂林奶奶的醫生是一位拯救無數道上弟兄性命的仁醫，這位醫生在得知自己肺癌四期後，將自已的X光片偽裝成陳桂林的X光片，希望陳桂林能在自己死之前，到警局自首，留個善終。醫生救不了陳桂林的奶奶，但她的孫子還有救，這位醫生想把陳桂林的良心救回來。
陳桂林在得知自己將在半年內因肺癌死去，向關聖帝君請示是否該去自首，連續得到九個聖筊後，前往警局自首，排隊期間，陳桂林發現自己竟在通緝名單排行榜上，但自己的排名不是第一而是第三，就如同周處除三害的故事中，村中三惡，周處排第三。陳桂林內心一陣波瀾，如果就此自首，仍有二害在外，心中默默決定死前要除掉其他二害。在傳統習俗中，九個聖筊意味著神明的三重同意。雖然電影中未明確表示，但我認為這暗示了神明支持除去三害。
陳桂林隨即展開除三害的死前任務，在除第二害香港仔時，意外地解救了小美，原來，小美的媽媽曾被香港仔從另一個壞人手中救出，為了還人情，媽媽選擇替香港仔頂替罪名，但小美卻不幸地成為香港仔的性奴。小美的媽媽義氣相挺換得什麼？自己在獄中被關，而女兒卻在外頭被香港仔控制，本是一人被關，實際上是兩人被關。
陳桂林除完第二害後前往澎湖尋找第一害-林祿和，過程中加入了一個靈修團體，在這裡，陳桂林找回善良純正的自我，本該是一樁好事，但一個小男孩打斷了這樁好事，小男孩在靈修堂中倒地，口中吐出黑血，陳桂林一看發現與自己先前情況相似，直接抱起男孩往醫院跑，在診間意外發現，醫生與靈修堂教主合謀詐財，這一幕徹底讓陳桂林內心崩潰，自己不是身處在天堂，而是地獄，最後甚至發現教主正是林祿和本人！
陳桂林一氣之下衝到靈修堂揭發真相，教主心生一計，將瑞士刀遞給男孩母親，在眾人慫恿殺害陳桂林時，男孩母親神情緊繃，刀一劃，男孩母親脖子血流如柱。善良的人無法對他人痛下殺手，既然丈夫已在天國，兒子陷入長期昏迷，自己何必逗留在人間尋找救贖？教主曾說：「錢財乃身外之物，拋棄世俗才能得救。」內心毫無牽掛時，也就沒有活著的必要。我想，這就是這位媽媽自刎的原因。
陳桂林從死劫中倖存，備妥數個彈匣後，前往靈修堂對林祿和與其黨羽進行「標靶治療」，陳桂林舉槍對著林祿和，給其九次機會生存下來，如果九發子彈都卡彈則陳桂林自戕。在槍殺林祿和後，陳桂林給予其他黨羽離開的機會，倒數結束，陳桂林對剩下的黨羽行刑式開槍，但陳桂林相信槍枝卡彈就是上天給條生路，所以凡遇到卡彈，陳桂林皆揮手示意其離開。
殺完靈修堂剩餘黨羽，陳桂林返台自首，最後被判死刑槍決。
在整部電影中，有不同層次的惡，第二害是不講道義，黑吃黑之外，也欺負自家小弟，甚至連枕邊人的女兒都欺辱，與其說是混黑道，倒不如說是泯滅人性；第一害，與眾所周知的惡不同，林祿和明白人性弱點，透過迷信達到他的目的－不只斂財還騙色，將惡提升到更高的層次。
如果一個人心甘情願地被騙，那這樣算是騙嗎？
靈修無法證偽，憑信念就能踏入此門，與宗教類似。如遇內心清明的導師，則能得道；如遇詭計多端的導師，則失財、失身或失去性命。
「心如明鏡，不可以塵之也；又如止水，不可以波之也。」
心如止水，則所到之處皆可席地而坐靜心修行，無須特定場所、特定導師，甚至無須經典、無須教條。
「不傷害人」是基本的「善」，幫助他人則是「愛」。陳桂林在收拾前兩害的過程可以看出，他已經不是三害之一：他不傷害無辜，解救小美與抱著小男孩往醫院跑可以看出，他心中既有「善」也有「愛」。
陳桂林的奶奶在死前送他一只可愛的手表，在犯案時都會脫下這只手表，因為手表象徵著奶奶，他不希望奶奶看到自己正在犯案，進獄中也將手表託付給小美，不想讓奶奶與他都被關押在監獄裡，希望小美能戴(帶)著他奶奶生活下去，看看更美好的世界。
林祿和在傳遞邪教思想時說：「生命的意義是什麼？生命其實是沒有意義的。」，這句話可以是對的，也可以是錯的。對宇宙來說，地球上的生命太過於渺小，生命的存在沒有意義；但對於生命來說，每一個決定的背後都有其意義，而做決定的生命自然也乘載著意義。不能因為渺小而忽略不計，不能因為天災死了幾百幾千人，自己殺個幾十人就忽略不計，這都是自欺欺人的想法。
現在靈修團體的人數成長十分快速，但有多少人真的得道了？可能這些教主得到的更多吧？在資本主義薰陶下，很多人覺得多花點錢效果更好，殊不知，釋迦摩尼在路邊找顆菩提樹，盤腿而坐即開悟。
我們崇信這些宗教經典，雖不是壞事，但不也代表我們的思想停滯了幾千年？在釋迦摩尼佈道前，也有那時代的傳統宗教經典，為何他開創了新的道路，我們卻苦苦尋找他走過的路？我們應該站在巨人的肩膀上，思考自己的「道」，不須外求，只需「內省」。
心靜則如鏡，可以辨是非善惡。