5月這波疫情來得又急又猛，對於何處是疫情破口，就連新北副市長劉和然都指向台北市萬華區。而具有抗SARS經驗的前衛生署長涂醒哲，則替萬華居民喊冤，強調台北市政府沒有進行疫調，才是這波疫情破口，與萬華居民無關。
新北副市長劉和然：萬華放射疫情
新北市副市長劉和然6月5日在防疫應變會議分析，認為這波疫情是台北市萬華區放射出來，影響了新北市8個人口密集的行政區，加上台北市晚2天關八大行業、公有場館，是導致新北市淪為疫情重災區的原因。
劉和然當時表示，柯文哲拋出「雙北是共同生活圈，應該要形成一個聯防區域」的說法，其實新北市在去年4月就提出區域聯防，經過一年，終於看到柯文哲在臉書回應。劉和然接著說，這次疫情主要擴大傳播是從萬華放射性往新北市而來；萬華有18萬人口，行政區在台北市，但在萬華工作、上班的人，居住地就在一水之隔的新北市，尤其是三重、新莊、板橋、中永和，甚至包括新店、土城、蘆洲，這8個區總計有200多萬的人口，因此一下子讓確診人數增加，就是社區傳染的主要原因。劉和然還說，當疫情開始蔓延，新北市就開始全力圍堵，台北市晚了2天關八大行業、公有場館，「沒關係，我們就一起承擔、一起善後」。台北市政府發言人陳智菡反擊稱，台北市不會浪費時間追問「誰是源頭」，把力氣用在對付病毒上。
涂醒哲替萬華居民喊冤：北市府才是疫情破口
前衛生署長涂醒哲表示，這波疫情從萬華產生，散播到新北市及其他地方，當然就是破口；但講萬華是防疫破口，並不是在責備萬華人，也不是在歧視萬華人。
涂醒哲強調，「破口」是來自台北市政府敏感性不足，防疫啓動太慢，對感染者檢測隔離，以及對可能接觸者的檢疫未能及早認真處理，等到疫情爆發，確認個案太多，又兩手一攤説沒辦法再做好疫調，因此找不到接觸者，使得一些無症狀感染者到處遊走，疫情才會擴大擴散。
涂醒哲說，萬華是「地名」，有人把病毒傳入萬華是真的，也算一個破口好了，但在萬華散播開來更是真的，說破口在萬華沒有什麼不對，「而這個破口是台北市政府的行政效能造成的，不要想推給萬華居民！」如果台北市政府能在一開始馬上借重管區員警及里鄰長里幹事的力量，認真把感染者都找出來，疫情就不會這麼嚴重。
涂醒哲建議，台北市政府這次對「萬華是破口」應該借力使力，讓萬華居民保持警戒，不要再有感染機會，反觀用「應向萬華人道歉」的政治手法，掩飾市政府的無作為，對防疫是有害無益的，就如同中共反對稱作「武漢」肺炎，難道不稱武漢肺炎，疫情就比較不會擴散嗎？
桃園無辜躺槍
對於疫情破口，台北市政府屢屢卸責給桃園。對此，前桃園市議員王浩宇表示，97%的海外旅客從桃園入境，所以只要有任何疫情破口，就算是柯文哲放任阿公店亂搞，柯文哲還是能把責任推卸給桃園跟中央，「講白了就這樣而已」。
王浩宇說，桃園市作為國門之都，1年半來一直承擔台灣最大的風險，也一直都把每一個出現的疫情破口牢牢守住，例如年初的部桃案，就是因為收治機場旅客而造成；但因為海外台灣人要回國，半導體業要持續外銷，桃園不得不持續承擔風險，還得幫忙處理新北、台北的確診者，「燦哥（桃園市長鄭文燦）其實蠻心酸的」。
台北市清真寺才是疫情破口？
王浩宇表示，從所有的時間序來看，修正成3+11後的這批機師確實不是造成萬華這波疫情的來源，「這波疫情可以追溯的最早群聚感染源自於華航澳洲機師事件，而當時的規定還是5+9」，且這位澳洲機師的足跡包含大安區的清真寺，但位於大安區的台北清真寺，當天有數百人聚會，卻完全沒有指揮中心規定的實名制制度，也幾乎沒有人配戴口罩，後來根本難以連絡匡列。
「在此同時，疫情就已經在萬華散開」，且根據後來疫調回溯，萬華阿公店最早的發病日是4月23日，甚至比後面桃園大多數的諾富特案例的發病日還要早；後來的疫調也發現，初期的多數確診者跟萬華反而有比較多的地緣關係，諾富特確診者則快速就被匡列，無法匡列的，反而是台北清真寺跟萬華阿公店。
疫情的破口是哪裡，王浩宇意有所指地說：「我想答案呼之欲出了」。
