《茲山魚譜》從流放一位朝鮮名士開始，卻想談荒島探索之樂。
知識帶來的痛苦，以知識為名玩弄的權術，我們已經看了太多。《茲山魚譜》卻想談知識的快樂。主角丁若銓興奮地發掘黑山這座偏遠海嶼：豐富的魚類、多變的外觀、複雜的生態系，漁民眼中只分為可食與不可食的、餵豬的與餵雞的漁獲，一變而為嶄新的、充滿無限可能的世界。
知識與書寫的快樂，讓丁若銓又生機勃發了起來。他與島上漁民張昌大一起辨析海產、編纂類譜，最終成書。他們翻檢著烏賊的稀奇、發現超大鱸魚的亢奮，終究化為文字永遠地流傳下來：島中有張德順昌大者，杜門謝客，篤好古書，顧家貧少書，手不釋卷，而所見者不能博。然性恬靜精密，凡草木鳥魚接於耳目者，皆细察而沉思得其性理，故其言為可信。余遂邀而館之，與之講究序次成編，名之曰《茲山魚譜》。
快樂總是短暫的。比起分類魚蝦，張昌大更渴望從知識中求得晉身之階。他離開丁若銓，奔赴京城，靠朱子學圖一個仕宦光明。而丁若銓沒有等到回歸故里那天，死於流放島上。他人生最後，不顧咳疾，像跟誰較勁似的編寫《茲山魚譜》。臨終留言，記掛的還是張昌大。他謝謝他，讓他重新在流放中尋回好奇的趣味。陰森的山林島嶼，煥發出生命的光采。
電影最後半小時，畫面在振筆疾書的丁若銓和宦場征伐的張昌大交替。到死，丁若銓都沒有留給妻子隻言片語。
是的，丁若銓在島上有妻子。這個早年喪夫的寡婦，在丁若銓被流放而來時收留他住下。張羅三餐、灑掃庭除。他灰心喪氣，她擔憂地熬煮補身的章魚湯。他意志高昂，她比誰都要興高采烈。他寫作，她摘地瓜葉。他辨析海產，她一一烹煮成可口餐餚。在他探索新世界的身後，她沈默如大地，默默滋養著、承載著、蘊育著。他的天馬行空、思想遨遊、傳世名著背後，都有她的勞動、辛勤、營生勉力相持。她甚至為他生育兩個兒子。
然而，他的心性情理，知識書寫，生命內核，最大的苦與最大的樂，都保留給那些可以與他在思想上交鋒的男人：弟弟、門生、弟弟的門生。他需要她，卻又無視她。
就像電影裡他們唯一一次相互依偎的畫面。兩人背對鏡頭，並肩坐著。她慢慢地靠向他的肩，他停頓了下，掙開。又猶豫了一下，才摟住她。鏡頭從背後搖向前方，觀眾才赫然發現，她手中捧著孕肚已脹大如七八月。
無論他們的關係如何親密，無論他在身體上多麼需要她。一下下親暱的倚靠，都僅是他難以坦率的一點點付出。而她，卻需要用日復一日的勞作、照護、生產之險、養育之苦來交換。
一個沈溺在知識與書寫的男人，最終沒有留下餘裕給日日相伴的妻兒一個溫情的眼神。這或許是比學說爭議、宦海沈浮更普世性的悲哀。
