當德克薩斯共和國跌跌撞撞的前行時，墨西哥這邊又有新的風暴正在醞釀。
不只是塊蛋糕
聖塔安那兵敗聖哈辛托後，先是被德克薩斯扣留了幾個月，接著轉赴美國，直到1837年才得以重回墨西哥，此時他已經失去了所有地位，蟄居於維拉克魯斯的莊園靜待時機。
由於德克薩斯的獨立連帶造成墨西哥局勢大亂，各地叛軍勢力復盛，軍事支出幾乎壓垮了財政；時任總統科羅（José Justo Corro, 1794 – 1864）依然堅持中央集權，他是個虔誠的公教徒，雖然藉此獲得教皇國對墨西哥的外交承認，卻也讓墨西哥的教士勢力大舉增長，財政問題雪上加霜。儘管西班牙依然不承認墨西哥的獨立，但墨西哥政府已和不少國家建立商業關係，美國與英國分居一二位，法國則是第三大貿易夥伴，但兩國卻因關稅問題鬧得很不愉快，加上墨西哥境內的動盪危及了法國商人的利益，雙方關係逐漸惡化。
1832年，墨西哥城有位名叫雷蒙泰（Remontel）的法國糕點師出面指控，一群墨西哥軍官在他的店裡吃霸王餐，還砸了他的店，為此他向墨西哥政府要求6萬披索的賠償金，實際上他的損失不到1千披索，當時墨西哥市居民每日工資也不過1披索而已。這樁事件越演越烈，法國政府及輿論都對此十分關注，加上墨西哥的法國商鋪不斷遭到暴民洗劫、法國公民在墨西哥以海盜罪被處決等，法國政府決心出手干預混亂的墨西哥政局。
1837年3月，流亡法國的前總統布斯塔曼特返國，宣布角逐總統寶座，四面楚歌的科羅只得提前選舉，將總統大位拱手讓給布斯塔曼特，自己則宣布退隱歸鄉，不再過問世事。
布斯塔曼特雖然在法國暗助下登位，但他一樣無法應付亂局，國內遍地烽火，南邊有瓜地馬拉的入侵，北邊則是烏雷亞將軍為首的叛軍，一窮二白的墨西哥政府根本拿不出錢賠償，這讓法國政府怒不可遏，於1838年3月21日向墨西哥提出最後通牒，索取80萬披索賠款（含20萬軍費），束手無策的墨西哥政府已讀不回，法國便決定採取強硬手段。
糕點戰爭
1838年4月，法國海軍開始封鎖墨西哥灣各港口，但墨西哥人依然能藉著走私取得外國商品，而走私的對象正是德克薩斯的商人。在這段期間，德克薩斯南部、努埃瑟斯河河口的一座無名小鎮便從此發跡，這座聚落由「上校」[1]亨利．金尼（Henry Lawrence Kinney, 1814 – 1862）建立，後來發展成現在的基督聖體市（Corpus Christi），也是德克薩斯當今第8大城市，人口達30萬人。然而德克薩斯政府正期盼與法國等歐洲國家建立關係，不希望捲入麻煩，便下令取締走私，但顯然沒有成效，還讓更多德克薩斯冒險家注意到動亂的墨西哥有利可圖。
經過7個月的海上封鎖，雙方情勢依然膠著，法國海軍少將夏爾．博丹（Charles Baudin, 1784–1854）在10月率領4艘新型護衛艦為首的艦隊前來增援，鑒於封鎖收效甚微、且開始有士兵染上黃熱病，博丹決定採取更強硬的手段逼迫墨西哥政府就範。11月27日，法軍艦隊對維拉克魯斯的聖胡安．德烏魯阿要塞（Fortaleza de San Juan de Ulúa）展開砲轟，著名的糕點戰爭（Pastry War）當即打響。
聖胡安．德烏魯阿要塞建築在港口外1公里的珊瑚礁岩上，居高臨下俯視著港口，還擁有186門火砲與800名守軍，強大的防禦力使它得到「印度的直布羅陀」這個外號。然而墨西哥經年內耗，要塞設施年久失修、官兵士氣低落，都增加了防守的難度。
27日下午2時30分，法軍護衛艦對要塞展開砲擊，他們採用了新式的派桑砲（Paixhans Gun），這種火砲可以安全且更有效率的發射爆破彈，不需擔憂砲彈自爆炸沉自己的船，讓艦砲面對要塞砲時不再居於劣勢。在派桑砲的轟擊下，聖胡安要塞的彈藥庫應聲炸裂，墨西哥守軍士氣頓時瓦解，這座年久失修的要塞次日清晨便舉起白旗，要塞指揮官高納（Antonio Gaona, 1793 – 1848）與維拉克魯斯守軍司令林孔（Manuel Rincón）兩位將軍與近千名官兵投降，約有220名墨西哥守軍陣亡，法軍僅戰死4人，約30人受傷。
聖胡安要塞陷落後，墨西哥政府於30日對法國宣戰，派遣馬利安諾．阿里斯塔將軍（Mariano Arista, 1802 – 1855）率軍前去支援。住在維拉克魯斯的聖塔安那沒有放過這個機會，他立刻站出來呼籲墨西哥政府抗戰到底，並號召城內居民抵抗法軍入侵，阿里斯塔將軍正巧又是聖塔安那的舊部，便將軍權拱手讓給老上司。
博丹收到聖塔安那的挑戰後，決定派兵登陸維拉克魯斯，收拾掉聖塔安那這個麻煩人物。這個任務由茹安維爾親王弗朗索瓦（François d'Orléans, Prince de Joinville, 1818 – 1900）負責，他是法國國王路易腓力的三子，時任海軍上尉。12月4日深夜，茹安維爾親王率領1,500名陸戰隊與水兵登陸，兵分三路突襲維拉克魯斯城內各個要地，墨西哥守軍完全不在狀況內，阿里斯塔將軍束手就擒，然而卻沒抓到聖塔安那。
博丹收到茹安維爾親王回報後，決定收兵回船，不料消失無蹤的聖塔安那卻在此時竄了出來，集結了逃散的官兵與市民展開反擊，撤退中的法軍措手不及，在巷戰中陷入包圍。博丹見情況有變，立即下令艦砲開火掩護，一枚葡萄彈不偏不倚打中聖塔安那本人，他的戰馬死去，自己的左腿也被迫截肢保命。
法軍砲轟城市後沒有進一步行動，墨西哥也無力全面開戰，兩邊都在找下台階；而長期海上封鎖已經影響到英國與美國的利益，英國駐墨西哥公使理查．帕肯安（Richard Pakenham, 1797 – 1868）受命居中調解。1839年3月9日，法國與墨西哥締約停戰，墨西哥答應支付60萬披索（300萬法郎）賠款，法國則解除封鎖撤軍，糕點戰爭至此落幕。然而墨西哥還是付不出錢，兩國在二十年後再次爆發衝突。
糕點戰爭的規模雖然小，但在國際間引起了不少關注。除了新武器派桑砲大顯神威，在戰鬥中擔任觀察員的美國海軍軍官大衛．法拉古特中校（David Glasgow Farragut, 1801 – 1870）也注意到了法軍的蒸汽動力軍艦。儘管這時的蒸汽船還很原始，效率也不佳，但他依然看好蒸氣軍艦的前景。法拉古特的遠見在南北戰爭中獲得證實，他成為美國海軍首位掛上星星的將官，也是美國第一位海軍上將。
在法國這邊，博丹與茹安維爾親王都成了戰爭英雄，鮑丹後以海軍上將軍銜光榮退役；親王則成了法國海軍下一代的意見領袖，主張推動建造蒸汽鐵甲艦及新式火砲，在克里米亞戰爭中大放異彩。
梟雄復出
在戰爭中失去一條腿的聖塔安那威望高漲，瞬間由黑翻紅，再一次成了救國英雄，他還特別訂製了一條木頭義肢，並為他的斷腿舉行一場盛大的葬禮。挾著這股氣勢，聖塔安那於3月20日逼迫布斯塔曼特請假，讓他去北方對抗烏雷亞的叛軍，自己則坐上臨時總統寶座，這是他第5次就任總統（前4次都以請假告終，上一次還被踢下台）。
聖塔安那這一回很識相的只待了四個月，又將總統職位讓給革命元老尼古拉斯．布拉沃（Nicolás Bravo, 1786 – 1854）。布拉沃先前曾與布斯塔曼特聯手扳倒另一位革命元老格雷羅（Vicente Guerrero, 1782 – 1831），但並沒有爭取到太大的影響力，後來逐漸與聖塔安那接近。布拉沃在1839年7月當了9天臨時總統，接著讓布斯塔曼特復職，完成他剩餘兩年，但已無足輕重的任期。
在德克薩斯獨立戰爭中表現出色的烏雷亞將軍在1837年調往西北部，擔任索諾拉（Sonora）、錫納羅亞（Sinaloa）兩州的駐軍司令，但他很快的表露野心，於當年12月與州長甘達拉（Manuel María Gandara de Gortari, 1801 – 1878）合謀造反。然而烏雷亞出師不利，在進攻錫納羅亞南部要港馬薩特蘭（Mazatlán）時被馬里亞諾．帕雷德斯（José Mariano Epifanio Paredes y Arrillaga, 1797 - 1849）[2]將軍擊退，只能退回索諾拉的根據地；不料甘達拉也背叛了他，烏雷亞只能拋棄軍隊，隻身逃回家鄉杜蘭戈躲避。
糕點戰爭開打後，烏雷亞來到坦皮科與法軍接觸，法國人沒有理會他；但他遇見了幾年前發動坦皮科遠征的梅西亞，他在那次遠征失敗後便蟄居紐奧良，一直在等待重返墨西哥的機會。烏雷亞與梅西亞兩人雖然沒得到法國支持，但還是拉起了一支部隊，佔據蒙特雷和新萊昂州的幾座城鎮，挫敗了由科斯率領的政府軍，並開始試圖入侵南邊的維拉克魯斯。
1839年5月3日，烏雷亞與梅西亞在阿卡黑特（Acajete, Veracruz）之戰遭到加布里埃爾．瓦倫西亞（Gabriel Valencia, 1799–1848）將軍痛擊，梅西亞因先前坦皮科遠征與這次叛亂的罪名慘遭就地正法，烏雷亞則在圖斯潘（Tuxpam）落網，但他幾度成功越獄，又在家鄉東山再起。
1840年7月15日，烏雷亞帶領幾百名支持者在前總統法里亞斯的接應下潛入墨西哥城，閃過了國家宮的衛兵，活捉了正在睡覺的布斯塔曼特。此時，聯邦派的民兵與墨西哥城守軍爆發了激烈的巷戰，守軍在總參謀長瓦倫西亞將軍指揮下血戰了12天，終於等到聖塔安那本人帶兵來援。自知不敵的烏雷亞只得宣布投降，再次逃回北方，法里亞斯則流亡美國。
經過這場大亂，布斯塔曼特已經威望盡失，國內叛軍蜂起。在南邊，猶加敦已宣告獨立，鄰近的塔瓦斯科也有意效仿，還有瓜地馬拉正在染指邊境的洛斯阿爾托斯地區（Los Altos）；北邊除了烏雷亞和薩卡特卡斯州的叛軍之外，科曼奇人、阿帕契人等原住民也跑來湊熱鬧，更遠的新墨西哥與上加利福尼亞已經處於自治狀態，只在形式上接受墨西哥城管制。而在海面上，法國艦隊前腳剛走，德克薩斯的海軍立刻補上空缺，繼續騷擾防備廢弛的墨西哥海岸，為各地的分離主義叛軍運補物資。焦頭爛額的布斯塔曼特只能勉強維持局勢，但就連還算支持他的帕雷德斯、瓦倫西亞等將軍也逐漸離心離德，還有個聖塔安那就站在他身側虎視眈眈。
[1] 金尼是來自賓夕法尼亞的商人，1838年搬到德克薩斯，1839年起在努埃瑟斯河口經營墨西哥的走私生意。他自稱在塞米諾爾戰爭（Seminole War）中取得上校軍銜，但無法證實。
[2] 帕雷德斯以擊敗烏雷亞的戰功進入布斯塔曼特政府擔任戰爭部長（可能是為了拔去他的兵權），此後始與布斯塔曼特疏遠，轉而接近聖塔安那，兩人結成了不穩定的同盟。
