在聖哈辛托的奇蹟勝利後，德克薩斯的居民們歡欣鼓舞，但激情過去後，仍有現實的問題得面對。首先，獨立戰爭的代價高昂，居民們為了抵擋墨西哥軍隊的進逼，不得不將家園化為焦土，一切都得從零開始。隨著殖民者撤離、墨西哥軍隊返回的空檔，原住民趁虛而入，收回不少他們的祖地，與捲土重來的殖民者爆發血腥衝突。而在國境之外，墨西哥政府拒絕承認《貝拉斯科條約》，將聖塔安那斥為賣國賊，返國的墨西哥軍隊仍駐紮於邊境，隨時準備收復領土，為新生的德克薩斯製造龐大壓力。
總統難為
燃眉之急暫時解除，先前因共同外敵而團結的德克薩斯人之間也浮現了磨擦。在聖哈辛托戰役幾天後，臨時大總統伯內特才從加爾維斯頓趕回現場，聲言接管亂局；但作為總指揮的休士頓可不希望有人插手，兩人隨即爆發爭執。伯內特抱怨休士頓毫不尊重自己的權威，且有意私吞繳獲的財物，這筆錢理當由財政部處置；休士頓則反控伯內特胡亂發號施令、四處挑撥離間，還只顧著搜刮戰利品，至於他繳獲的財物大多作為獎賞分送給參戰將士們了，剩下的部分應作為建立海陸軍的預算使用。
作為俘虜的聖塔安那也捲入兩人的爭執，他不信任伯內特，希望與休士頓談判，但他的要求被伯內特拒絕。但為了避免復仇心切的民眾前來找碴，伯內特將聖塔安那帶到貝拉斯科，雙方在此談妥並簽署了《貝拉斯科條約》，並同意釋放聖塔安那，讓他回國履行條約的秘密條款，承認德克薩斯的獨立，並與墨西哥以格蘭德河為界。《貝拉斯科條約》公開後，德克薩斯居民對聖塔安那的處置方式相當不滿，包含拉斯克等政府高層在內都矢言要聖塔安那付出代價，甚至宣稱要絞死他。儘管反彈聲浪高漲，伯內特仍依約安排了開往墨西哥的船，準備送聖塔安那回國。
由於天候因素，聖塔安那的行程耽擱到6月中旬；很不巧的又在這個時候，遊騎兵指揮官伯頓（Isaac Watts Burton, 1805 - 1843）於6月2日在科帕諾灣附近攔截了一艘可疑的縱帆船「守望者」號（Watchman），這艘船雖然掛著美國與德克薩斯的旗幟，但卻使用墨西哥的旗語，引來了遊騎兵的懷疑，便決定上船搜查；船員們誤以為他們是接應者，絲毫不掩飾自己正在協助墨西哥軍隊運送補給，當場人贓俱獲。據說德克薩斯人的老冤家布拉德本當時也在這艘船上，但他十分機靈的跳船逃走了。
不久，伯頓又利用守望者號為誘餌，逮住了同樣為墨西哥軍隊運補的縱帆船「科曼奇」號（Comanche）與「范妮．巴特勒」號（Fanny Butler），合計沒收了價值超過25000美元的物資；三艘船都是美國籍，船員與船隻隨後被遣送回美國。伯頓與他的遊騎兵小隊霎時聲名大噪，得到了「馬上陸戰隊」（Horse Marine）的綽號。
守望者號事件又刺激了躁動的輿論，加上墨西哥政府拒絕承認《貝拉斯科條約》的消息傳來；6月4日，拉斯克的副官湯瑪斯．格林（Thomas Jefferson Green, 1814 - 1864）帶著兩百多名民兵來到貝拉斯科，阻止聖塔安那搭乘的船隻出航，要求伯內特交出聖塔安那並辭職負責，否則將以叛國罪將他告上法庭。在眾人的壓力下，伯內特只好退讓，將聖塔安那等人暫時扣押於海邊小村金塔納（Quintana），儘管聖塔安那相當不滿，卻也無可奈何。
此時的德克薩斯百廢待舉，政府根本沒有預算，就連貴為大總統的博內特也能當義工，他甚至得售出自己的土地和奴隸才足以支應日常開銷；但各級官員們可未必願意當免錢勞工，既然領不到薪水，大總統在他們心目中早已威信掃地，更何況他還有意庇護聖塔安那這個獨裁者？
6月25日，伯內特聽聞與自己針鋒相對的戰爭部長拉斯克有意離職，隨即任命拉馬爾接替他的職務，希望藉此穩住軍心；但拉斯克可不願意就此交出權力，他以墨西哥軍隊仍在邊境集結為由，要求伯內特收回成命，同時唆使部將格林和赫斯頓（Felix Huston, 1800 - 1857）煽動士兵抵制拉馬爾就任。在赫斯頓的組織下，士兵們自辦選舉，推舉拉斯克擔任他們的領袖；而當墨西哥軍隊短期內不會行動的消息傳來時，拉斯克又將兵權交給赫斯頓，期間完全將伯內特晾在一邊。
誰來當家？
7月，心力交瘁的伯內特決定交出權力，宣布將在9月初舉行總統選舉，新的總統除了組織政府外，也得處理憲法與修憲權責、對墨西哥的關係、以及加入美國與否等議題。前州長史密斯在親信慫恿下率先參選，剛回到德克薩斯的奧斯丁也自信滿滿的投入選舉，然而奧斯丁在獨立戰爭最關鍵的時刻缺了席，許多初來乍到的殖民者對他不熟，加上他在土地問題上惹了不少糾紛，聲望反倒不如以往。
戰爭英雄休士頓直到8月中才表態參選，他獲得以拉斯克為首的眾多參戰老兵支持，親美反墨的態度也得到選民欣賞，支持度遠遠超越兩位競爭者；就連史密斯也有意退選，轉而支持休士頓（但他依然拿到不少票）。
1836年9月5日，德克薩斯第一屆總統大選開始投票，休士頓後發先至，毫不意外的囊括近八成選票（4374票），前州長史密斯屈居第二（743票），躊躇滿志的奧斯丁只落得第三（587票）；副總統一職則被「聖哈辛托的利刃」（the Keenest Blade of San Jacinto）拉馬爾以2699票搶下。在憲法與外交的議題上，選民們毫無異議的通過了憲法，但否決了國會的修憲權力；休士頓的勝選則代表他的兩大外交政見將獲得執行：尋求包含首要假想敵墨西哥在內的列國承認並建立正常外交關係、儘速與美國談判合併事宜。
第一屆德克薩斯國會於10月3日於哥倫比亞（Columbia，今西哥倫比亞West Columbia）召開，這座鄰近布拉索里亞的小鎮是德克薩斯今年的第五個首都（布拉索斯河畔華盛頓、哈里斯堡、加爾維斯頓、貝拉斯科、哥倫比亞），且不是最後一個。14位參議員與29位眾議員同日就職，臨時大總統伯內特也發表了卸任演說，不忘提醒他的繼任者與國會，德克薩斯仍是個債台高築的國家，獨立戰爭期間應允贈送給志願者的土地也尚未交付，這些都是十分棘手的難題。
休士頓於10月22日誓就職，他的政府成員包含副總統拉馬爾、國務卿奧斯丁、財政部長史密斯、戰爭部長拉斯克、海軍部長費雪（Samuel Rhoads Fisher, 1794 – 1839）、司法部長亨德森（James Pinckney Henderson, 1808 - 1858）、郵政局長巴爾（Robert Barr, 1802 - 1839）、首席大法官科林斯沃斯（James Collinsworth, 1802 - 1838）等，也在幾個月內陸續走馬上任。
費雪來自賓夕法尼亞，1830年起定居馬塔戈達，並獲選為當地的代表。亨德森原是北卡羅萊納的律師，曾擔任民兵上校，在德克薩斯獨立戰爭期間於密西西比組織了一支志願軍，抵達德克薩斯時戰爭雖已結束，但他的學識與交際能力仍深獲伯內特和休士頓倚重。科林斯沃斯是休士頓的田納西老班底，曾擔任檢察官與律師，1835年時來到馬塔戈達，也是德克薩斯獨立宣言的簽署者與憲法的起草者之一，並在伯內特臨時政府中代理國務卿，試圖透過他和美國總統傑克遜的私交談判合併事宜。
新氣象
新的國旗與國徽也在緊鑼密鼓的設計，第一代的德克薩斯國旗並非著名的「孤星旗」，而是一面藍底金星旗，這面旗幟的設計者是伯內特，在國會表決中勝過了奧斯丁和薩瓦拉的提案，使用到1839年初才被取代。德克薩斯海軍旗也出自伯內特之手，旗幟以13道紅白橫紋為底，左上角為藍底白星，海軍旗早在獨立戰爭期間便開始使用。國徽的設計同樣十分簡潔，僅有一枚孤星，外圍以「德克薩斯共和國」（Republic of Texas）字樣環繞。
德克薩斯第一代的國旗與國徽設計都十分簡單，這是考量到他們隨時可能併入美國，因此沒有必要花費太多心思；但隨著合併談判陷入僵局，德克薩斯人才浮現更改國旗與國徽的想法，著名的孤星旗應運而生。
在國家的行政規劃上，德克薩斯共和國劃分了23個縣，大體上仍維持著墨西哥時代的行政邊界。共和國的西邊國界為格蘭德河、東邊為薩賓河，墨西哥當然不會承認，依然以努埃瑟斯河當作德克薩斯與科阿維拉的邊界。美國雖然同意也以薩賓河為界，但細節部分還是派出了測量專員共同洽談，只是當談判大功告成時，德克薩斯已經是美國的一部份了。至於北邊廣闊的大平原與行蹤飄忽的原住民，那又是另一個待解的難題。
首都的位址也是爭論的焦點，參議院屬意形勢安全的納科多奇斯，眾議院則傾向以政治意義重大的聖哈辛托為都，兩邊一時僵持不下。此時，紐約的開拓者奧古斯都（Augustus Chapman Allen, 1806 – 1864）與約翰．艾倫兄弟（John Kirby Allen, 1810 – 1838）在報紙上刊了一則消息，他們在水牛灣與白橡灣（White Oak Bayou）匯流處購置了一片土地，並建立了名為艾倫渡口（Allen's Landing）的小聚落，只有12位居民。艾倫兄弟宣布將這座村莊更名為休士頓，作為對新總統休士頓的致敬，並對國會展開遊說，希望共和國在此營建新都。
艾倫兄弟的提議博得休士頓本人和國會的支持，德克薩斯共和國政府於1837年4月正式遷都休士頓，艾倫渡口現在位於休士頓城的正中央，被譽為這座城市誕生之地。
