千京秀（柳俊烈 飾演）雖眼盲，醫術精湛，
旁人欺他看不見，事事佔他便宜，肉販以次級品充上肉賣給他，又偷斤減兩。
千京秀眼盲心不盲，拿著荷葉包裹的肉就明白肉販夫妻的奸詐，他笑笑不揭穿。他忍耐這些無理對待，都是為了保護先天心臟不好的弟弟。
宮中來人尋找醫者入宮，一堆人濫竽充數，
替大臣把脈胡亂說病情，唯獨千京秀耳聽咳嗽聲，
步伐拖沓沉重，呼吸急促，清楚說明病者狀況，
並即刻施以針灸術，穴位下針準確，勝過明眼人。
御醫館筆頭李馨益（崔武成 飾演）非常滿意千京秀的醫術，
命他明日進宮入醫館當職。
初入醫館需輪值夜班，一個月內都不准回家。
為了讓弟弟有足夠藥劑延命，並償還藥材店的欠款，
千京秀留下生活費和藥物隨領路人醫官萬植（朴明勳 飾演 ）進宮。
燈火俱滅，旁人伸手不見手指時，千京秀卻能看見眼前事物，
夜間當班時，別人呼呼大睡，
千京秀臉貼著桌面給弟弟寫家書，或是整理藥材抄醫書。
王孫石鐵（李柱原 飾演）幼時與父母分離，大受刺激夜夜嚎啕大哭，
照顧他的嬤嬤，宮女手段粗暴，害得石鐵夜夜尿床，十歲了尿床症還治不好。
石鐵來醫館玩耍搗蛋時，萬植說出他的糗事，千京秀替他把脈，開藥治療。
不久，丙子年戰亂成為清國人質的昭顯世子（金聖喆 飾演 ），
世子嬪姜氏（趙尹瑞 飾演）被釋放回國，
宮中表面歡天喜地，籌備盛大儀式迎接世子夫婦和護送的淸國使臣及護衛隊清兵。
離國十年的兒子歸來，仁祖大王（柳海真 飾演）是很開心，
當世子提出向清國學習棄舊改革，崇尚西洋科技，壯大國家，
一班大臣紛紛附和贊成，仁祖心生疑慮，寵妃趙昭容氏（安恩真 飾演）吹耳邊風，
強烈懷疑世子與右相崔大監（趙成夏 飾演）聯手，將逼迫王退位由世子取代，
慫恿仁祖裝病不上朝接見世子與使臣，給他們個下馬威，
世子覺得父親讓使臣難堪，大不智，父子因而生嫌隙。
長途跋涉，舟車勞頓世子舊疾復發，李馨益命千京秀為世子施針治療。
世子恢復期間，發現千京秀能視物，好奇追問，
千京秀據實稟報，自己白天眼盲看不見，黑暗處能見眼前物，遠處影像。
世子對他這症狀覺得有趣，把從清國帶回的放大鏡送給他，及治療心疾症的珍貴藥材。
千京秀供職滿月可休假返家前一晚，侍奉世子夫婦的徐尚宮（金藝恩 飾演）
趕來醫館呼救，世子病情轉壞，李馨益親自拉著千京秀奔向世子寢殿，
跪在後面忙著遞送熱毛巾的千京秀在燭火熄滅時，
看見李馨益對世子醫治匪夷所思過程。
他去而復還，確認世子狀況，
沒想到世子已無呼吸心跳，七竅皆出鮮血！嚇得他迅速爬窗離去。
徐尚宮已高聲呼叫：世子死了！有人看見不明人物從世子寢殿跳窗而出，
世子之死太過離奇，必是遭人謀害。
宮中陷入大亂，即刻關閉宮門，搜查腳踝有傷的人！
《晝盲神探》以朝鮮仁祖時代為背景，
虛構盲人針灸師捲入從清朝歸來世子猝逝事件，
帶出宮中爭奪權力，暗殺親骨肉黑暗面。
根據《朝鮮王朝實錄》中〈仁祖實錄〉的記述，
昭顯世子當夜的死狀為『舉體盡黑，七竅皆出鮮血』，
編導大膽編寫王害怕兒子奪位，命御醫毒殺世子。
千京秀為保住性命本不願如實說出實情，想到世子的善待，
先對姜嬪說出實情，姜嬪向仁祖舉發李馨益，
沒想到招來殺身之禍，等意識到李馨益是聽命仁祖，為時已晚。
權力迷人，手握大權的人不願不捨交棒，連親子之情都可捨棄，
果然，自古皇家無親情。
柳俊烈將卑微命賤貪生怕事小民演得絲絲入扣，
柳海真將貪權怕死，面目醜陋心思狠毒的王，詮釋的讓人咬牙切齒。
結尾前兩段故事出乎意料大反轉，真是拍案驚奇！
