女高中生酒寄彩葉（永瀨安奈 聲演 ），為了考上好大學，離家獨自在東京租屋一邊上學，一邊打工，忙得精疲力盡，學業成績仍非常優異，老師告訴她，依她的成績第一志願沒問題。
休假日彩葉只能在家躺平，睡到飽。
紓壓娛樂就是看月見八千代（早見沙織 聲演 ）的直播，她管理「月讀」線上虛擬空間。彩葉在「月讀」除了看八千代唱歌跳舞，也會參加遊戲戰鬥奪寶活動，賺取虛擬幣購買日常用品。
某個週五夜晚，彩葉拖著疲憊的步伐回家，她家門口電線桿光線閃耀，出於好奇伸手觸碰，門開了，裡面有個哇哇哭泣的嬰兒。
彩葉以為眼花作夢，但千真萬確，電線桿裡有嬰兒，她抱出嬰兒後，電線桿不再閃閃發光。她喃喃地問：你是輝耀姬嗎？
正常程序撿到嬰兒要送去派出所，彩葉擔心警察不會相信她的話，把嬰兒帶回家照顧，購買嬰兒用品差點花光她的存款。
照顧嬰兒太辛苦，彩葉決定週一把女嬰抱去派出所。
這神奇女嬰一夜翻倍成長，兩天就長成美少女，週一早上長得比彩葉高了。
她是來自月球的輝耀（夏吉優子 聲演），傳送過程出了差錯，才會出現電線桿裡。
輝耀成了彩葉的妹妹，這個妹妹很麻煩，她看電視節目學習知識，用自己的方式改變彩葉的節儉生活。
在超市任意買食物，做了滿桌豐盛的菜。
彩葉邊吃內心邊流淚，吃這麼好的代價就是花光她的存款。
輝耀安慰彩葉，妳不是很喜歡八千代嗎？我們可以一起參加舞台表演，獲勝就能賺到錢不是嗎？
兩人組隊參加攻城戰鬥遊戲，剛開始一路過關斬將，後來遇到最強大的男生組，陷入苦戰。
《超時空輝耀姬！》前半段故事很有趣，在「月讀」虛擬世界和「黑瑪瑙」拚搏勝負競賽時，劇情進入鬼打牆，看著看著，忍不住打哈欠。
輝耀是來幫助彩葉脫離貧困，後來她學會寫程式，又做直播主，賺很多錢，兩人搬離那個老舊公寓，住進大房子。
任務圓滿完成，可以回去月球，約好兩人要再見面。
輝耀和同事交接工作，回地球途中太空艙撞到隕石，她回到8000年前還沒有人類的地球，她變做一隻軟綿綿的海蛞蝓，就是那隻八千代旁邊的海蛞蝓。
猜到了嗎？輝耀從8000年前一路來到現在，還創造出「月讀」，她是輝耀姬，也是不死海蛞蝓，同時還是月見八千代，從遙遠遙遠年代一路走來，一直等，總算在「月讀」等到彩葉。
人和人的相遇，是這個世界上最不可思議的事。有緣的人，即使相隔千里，也會相遇，相反地，沒有緣分的人，即使在附近住了多年，也會一直擦身而過。
能和有緣人相遇的人生充滿幸福。
