新亞書院一直以雙十節為校慶，校內也會懸掛青天白日滿地紅旗，然而1960 年開始，在港府施壓下，掛旗不再，校慶亦改在9月28日孔子誕辰。
錢穆曾解釋為何要以雙十節為校慶，他說：
我堅定信仰中國文化有價值，它決不會使我們無價值。同時，我還堅信我們必將重回大陸，這一信念從那裏得來？乃是從我一輩子努力在要求

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雙十；以致辛亥革命精神，在當前世代，已奄奄一息，一眾「革命先烈」(國共兩方)可謂癡心錯付，枉費心機。