行政區劃
三個直轄府,由吏部直接任免府知事
鳳陽府
北京府
南京府
二十一個道及兩個自治督護府
南區都督府,下轄
福建道-治所福州府
廣東道-治所廣州府
廣西道-治所桂林府
貴州道-治所貴陽府
雲南道-治所昆明府
中區都督府,下轄
江南道-治所鎮江府
浙江道-治所杭州府
安徽道-治所鳳陽府,後遷安慶府
江西道-治所九江府
湖廣道-治所武漢府
四川道-治所成都府
北區都督府,下轄
河北道-治所天津府
山東道-治所濟南府
山西道-治所太原府
陝西道-治所長安府
河南道-治所洛陽府
東北都督府,下轄
遼東道-治所遼陽府
遼中道-治所長春府
遼北道-治所哈爾濱府
西區都督府,下轄
甘肅道-治所蘭州府
青海道-治所西寧府
安北都護府:北元控制區域(韃靼、兀良哈、瓦剌、女真等)
安西都護府:甘肅道敦煌府以西區域
政治體制
中央單位
參考唐代的三省六部與明代的內閣制,主要機構為內閣院、中書省、監察省、尚書省,另外還有數個職權較小或是功能較為單一的省或寺或府,例如專責皇城所有庶務的內殿省、專責經史子集與文書檔案管理的秘書省、專責皇帝家務事的宗人府、負責司法的大理寺
尚書省為最高行政單位,但不設尚書令,通常由吏部尚書兼任,另外還有戶、禮、兵、刑、工、財,共計七部
中書省為最高詔令單位,負責頒發由皇帝與內閣院同意的詔令及統領百官,設中書令一人、副手為中書左右使兩人或數人不等
監察省為最高監察機構,負責覆核由中書省所發出的詔令、監察全國百官與政府歲出歲入,設御史大夫一人、副手兼監察三府的御史中丞六人或數人、審計使一人、審計左右使兩人或數人不等,在之下則是負責各地方單位的監察御史
內閣院為皇帝的諮詢單位,原先各地的奏摺會先經由內閣院加註意見後再送給皇帝作為最後裁決,但因為事情太多,部分奏摺可由內閣院、中書省與相關部會會銜,經監察省覆核後直接頒布,例如六等以下的官員任免調動,內閣院成員並無官銜高低之分,皆稱為大學士,成員人數至少五人,最多九人且不可為複數,最資深的成員稱為首輔,其餘人等稱為次輔,所有議案必須由成員投票做成決議才能送給皇帝批閱或送交中書
地方單位
採道-州/府-縣三級制
為了方便控制及加強行政效率,除安北與安西都護府是有實際派遣官員外,其餘各區都護府均不派任官員。
每一道均設有三位一級主管:布政使(負責民事)、指揮使(負責軍事)、按察使(負責司法)
州府縣的最高民事官員均稱為知事
此外遇有大事需跨道處理,通常會派設觀察史/經略史/招討史等虛銜官員統一處理
軍事制度
兵部為軍令機關,掌管武官選用、兵籍、軍令、軍隊調動等,下設參謀司、情報司、訓練司與後勤司及三府(京師、京都、鳳陽)鎮守府,後因叛亂事起,鎮守府擴充為遼東、三邊(宣化府、大同府、延綏府)、河套、京師(北京)、蘭州、京都(南京)、武漢、四川、兩廣、西南等十個鎮守府與安南、朝鮮、琉球等三個駐外鎮守府。
五軍都督府為軍事統領機關,設有七名都督但互不隸屬,可直接向兵部會報裁決,七名都督分別為北、中、南、西、東北、安北、安西共七位,掌管各道的衛所
鎮守府與五軍都督府互不隸屬,鎮守府史的官銜需加上「檢校兵部侍郎」,才可跨過都督府調動當地的駐軍。
兵制效法明代衛所制,
各道的駐防兵來源則為戶部所劃分的「兵戶」,平時為五戶抽兩丁,役期十年,前七年編入各衛,後三年則轉入各道的團練所內,最後除役,這兩丁不可來自於同一戶,其他三戶要負擔被抽中之戶的徭役與四分之一的賦稅。
原先三府時代,鎮守府兵源來自於招募、各道衛所補充以及囚犯,後擴充為十三大鎮守府時,兵源除了來自於招募與囚犯外,各道衛所皆改隸於鎮守府,而騰出來的空缺則由團練所代替
軍隊的基本編制是營,一個營的兵員為五百人,三個作戰營加一個輔助營為一旅,三個作戰旅加一個直屬營構成一個衛,所以一個衛的兵力大約為九個作戰營及四個輔助營(含直屬營)共約六千五百人左右
每一個道常設是一個衛,但會隨著道的地理位址有所不同,沿海及邊疆各道所編制的「衛」數量會較內地還要來的多,內地的衛也有可能會不滿編。