【第一篇：香格里拉的少年】
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_____________________U.C.0088年2月22日，幽谷、迪坦斯、阿克西斯的三方會戰「格里普斯戰役」結束，幽谷代表聯邦軍取得勝利，迪坦斯勢力瓦解，一部份投降於幽谷、一部份逃亡火星，而另一部份則在後續幾日於培曾小行星自立「紐迪賽斯」並發動叛亂，但這部分屬於「鋼彈前哨戰」的故事，本篇不介紹。
戰力依舊龐大的阿克西斯勢力，在戰後立刻接管了Side3，並於0088年3月1日由阿克西斯總帥「哈曼•坎恩」發表復興吉翁的宣言，接著以「Neo Zeon(新吉翁)」的旗號，派遣數支鎮壓部隊前往各Side占領據點，格里普斯戰役才剛結束不久，緊接著「第一次新吉翁戰爭」開始，也就是後來俗稱的「哈曼之亂」。
……
故事起點發生在Side1殖民地「香格里拉」，當時剛結束戰爭的「阿卡馬級」強襲用宇宙巡洋艦1號艦「阿卡馬」，為了暫時維修及補給而來到此殖民地停留，同時前作故事的主角「卡密兒•維丹」因為在最終戰役時，被當時迪坦斯的最後對手「帕普提馬斯•西羅克」，在臨死前用盡精神力帶走卡密兒的意識，導致卡密兒陷入了精神崩潰變成廢人，而阿卡馬此次前來也是「布萊德•諾亞」艦長為了送他到當地的最高級醫院治療。
另一方面，居住在香格里拉貧民區透過撿殖民地外廢鐵回收生活的青少年，也就是本篇故事的主角「傑特•亞希達」在進行日常工作時檢到了一座逃生裝置，本以為可以帶回去賣錢，沒想到打開艙門卻發現裡面坐著一位迪坦斯的駕駛員，該駕駛員在傑特與夥伴爭論時醒來，他就是前作登場並數次讓卡密兒苦戰的經典駕駛員「亞贊•蓋布爾」。
亞贊在格里普斯戰役中透過逃生裝置倖存下來，並恰巧被傑特救回香格里拉，不久後亞贊換上傑特老爸的外套並與傑特他們開始計畫潛入停靠在港口的阿卡馬。
中途他們搶了一輛開往港口的物流車，並在港口管制門發現了阿卡馬的成員，也就是前作的女主角之一「花•園麗」，當時花正準備駕駛醫療車送卡密兒去醫院，但卻因此被亞贊他們劫持，亞贊搶走了一張通行證，藉此讓物流車通過管制門前往阿卡馬的所在地，在貨物艙內傑特也挾持著花一同前往，而運送卡密兒的醫療車則交由其他夥伴送往醫院。
亞贊一行人找到阿卡馬之後，透過車內廣播以花當人質向阿卡馬談判，此時亞贊駕駛工程用MS打算奪取一旁的MSZ-006(Zeta鋼彈)但卻被阻撓，而傑特看到Zeta鋼彈後也打算搶走拿去賣錢，場面因此陷入混亂，就在亞贊攻擊了阿卡馬的機組員「三枝」之後，這種殺人舉動震驚了傑特一行人，於是場面演變成傑特駕駛Zeta鋼彈對抗亞贊，甚至還追出殖民地上空。
最後成功將亞贊撂倒，而布萊德等人也追了過來，布萊德駕駛工程用MS並以纜線絆倒了Zeta鋼彈，打算逮捕傑特，但傑特夥伴們利用炸藥轉移了布萊德的注意，傑特也趁機搭上車逃走。
……
在殖民地內部發生這些事件的時候，外頭一艘隸屬新吉翁軍的「安多拉級」巡洋艦接近，上頭是本作經典角色之一「馬修瑪•謝羅」率領的鎮壓部隊，他們打算奪取這座香格里拉殖民地。
而香格里拉的市長在收取新吉翁的黃金賄賂後，同意讓安多拉級入港，此時收到情報的阿卡馬打算與新吉翁錯開，因此藉由另一個通道駛進殖民地內部，打算從另一頭港口離開，但此舉仍被眼尖的新吉翁查覺，因此馬修瑪親自駕駛AMX-101(卡爾斯J)出擊。
先前逃逸的傑特等人不死心，打算在潛入阿卡馬偷取鋼彈，但在路上卻看到駛近殖民地內的阿卡馬，於是傑特獨自駕駛工程用MS追了上去並成功潛入阿卡馬。
不久後，馬修瑪找到了阿卡馬並飛到了艦橋前，威脅若不投降便要展開攻擊，此時辛塔與庫姆聯合傑特取得炸藥攻擊了卡爾斯J，卡爾斯J因此墜落地面。
花為了迎敵駕駛故障的MSA-005(梅塔斯)出擊，而傑特除了偷取Zeta鋼彈以外也打算救援花，此時布萊德回想起過去阿姆羅與卡密兒的情景，打算測試傑特的能耐，因此答應引導他出擊。
在一連串誤打誤撞的戰鬥下，傑特意外的擊敗卡爾斯J，迫使馬修瑪撤退，接著再度逃走。
當晚，阿卡馬在布萊德的指揮下，利用殖民內廢鐵山掩埋阿卡馬的艦體作為隱匿掩護。
……
隔日，馬修瑪為了奪取阿卡馬而派遣部隊在廢鐵山附近設置炸藥陷阱，傑特一行人也為了再次奪取Zeta鋼彈而搜尋阿卡馬的蹤跡，兩方人馬在前往垃圾山的路上狹路相逢，傑特為了報仇利用繩索登上了馬修瑪的卡爾斯J，兩人在駕駛艙裡頭打了起來，但最後傑特被踢下MS而暫時撤退。
接著兩邊都來到了阿卡馬的所在地附近，傑特與夥伴成功找到阿卡馬並潛入艦內，結果行動都在布萊德的預料內，傑特雖然搶到了Zeta鋼彈離開，但他的夥伴都被阿卡馬制服。
而駕駛Zeta鋼彈跑出艦外的傑特，剛好遇到一樣駕駛卡爾斯J前來攻擊阿卡馬的馬修瑪，兩人再度展開纏鬥。
馬修瑪在戰鬥時下令引爆事先設好的陷阱，在殖民地開了一大洞，結果導致兩機都被吹出殖民地外。
經過一番肉搏戰，傑特成功以Zeta鋼彈的踢擊擺脫了馬修瑪的卡爾斯J。
由於駕駛艙氧氣外露再加上夥伴被捕，傑特只能聽從布萊德的指示回到阿卡馬，在這之後，布萊德提議以穩定薪資與正常生活，希望傑特與他的夥伴們順勢一起作為機師後補員協助阿卡馬。
隨後再度放了他們，並給他們幾天的考慮時間。
眾人幾乎都覺得加入軍隊能改善生活，唯獨傑特對這種被使喚戰鬥的感覺感到不愉快。
