一代健保的困境
健保1995年開辦，醫療服務使用提高，醫療院所在論量計酬支付方式下，醫療服務量與檢查檢驗的次數都急遽增加。相較於急重症及住院支付偏低，導致大型醫院不斷擴張一般門診的服務，影響醫師選科的偏好，增加培養醫療人才的困境。在民眾方面，相較於健保開辦前，就醫與藥品的利用增加，導致就醫次數及醫療費用的快速成長，更有藥物過度利用的問題。另外在健保在設計時就留下費基不健全、財務責任不明的問題，收入與支出缺乏連動性，再加上隨著時代與科技進步，人口快速老化、醫療科技越來越進步，醫療本身的花費越來越高。
1998年因為健保財務的困境，開始提出總額支付制度，試圖控制醫療支出，以解決健保收支不平衡的困境。但反而造成醫療院所面臨更大的成本壓力與經營困境，有醫療服務品質下降的可能性。再加上健保牽扯政策與民意，無論任何方面的調整都是大工程，因此健保署在2001年開始著手討論二代健保的設計，以改善一代健保所遇到的困境與難題。
二代健保如何解決困境
一代健保困難包括：健保支出過高、收支缺乏連動、保險費基侷限於薪資、保費負擔欠缺公平性、沒有評定醫療品質的標準、社會參與不足、欠缺合理的醫療資源分配機制。因此，在設計二代健保時，針對上述提出的問題著手提出建議與改善的方案。
在財務方面的困境，健保過去的支出始終大於收入，導致財務困難，二代健保修法強調並在健保法中明文規定需有收支連動機制。並且將原本監理保險業務、負責健保收入的監理委員會，和醫療費用協定與分配、主管健保支出的費用協定委員會整併為全民健康保險會(簡稱健保會)，由健保付費者代表、醫療供給者代表、學者專家、公正人士共同組成，全面性的考量醫療給付與保險收入後，針對費率進行審議。
保險費基的方面，原本僅侷限於「經常性薪資」，經常性薪資之外的所得並未計繳健保費，導致投資營利、利息等資本利得都未算入健保費的計價。因此二代健保設計除了原本的薪資所得之外，針對特定項目扣取補充保險費，針對超過四個月投保金額之獎金、股利所得、執行業務收入、租金收入、利息所得、兼職所得等特定項目，計算保險對象之補充保費。也就是說，被保險人的保險費從原本的一般保險費，改為一般保險費加上補充保險費。
鑒於一代健保時期，醫療服務因為支付制度的緣故，著重在服務量而有服務品質疑慮。二代健保在修改健保法時，明訂應公開之項目，包括重要會議資訊、參與代表之利益揭露、醫療科技評估結果、機構醫療品質資訊、機構保險病床使用情形、醫院財報、重大違規事件。公開以上重要資訊，除了期許讓健保與醫療服務的資訊透明化之外，也期許能增加民眾參與，無論是保險費率、給付範圍、支付標準等等，都有提供資訊的管道，也讓保險付費者能參與醫療服務與費用的討論，為此，健保法甚至有明定，審議與協議重要事項前，應先蒐集民意，並得辦理公民參與活動。
在醫療資源分配機制方面，除了調整對弱勢群體的保障，包括保費補助、欠費協助、保障特殊身分未付保費不鎖卡，同時調降部分負擔減輕弱勢群體的就醫負擔。另外在久居海外無參與健保，回國立即加保就醫，形成平時不繳健保費，有需要醫療資源時才回國看病的亂象，二代健保修改健保法，限縮返國立即參加健保之條件，從原本只又有加保紀錄返國就能加保改為「兩年內曾有」加保紀錄，返國才能加保。以杜絕拒絕參與風險分擔，卻想一起享有低價醫療的投機者。
二代健保上線
2000年8月，為求健保永續經營，健保署委託國家衛生研究院成立全民健康保險體檢小組，並於2001年2月提出體檢報告。同年，便以二代健保為名展開改革規劃。2004年到2005年，二代健保規畫小組研擬全民健康保險法修正草案，並於2006年送請立法院審議。但因為二代健保制度一直有來自各界的聲音，在長時間的討論與檢討後，衛生署重新研提二代健保改革的健保法修正草案，才於2010年陳報行政院審查，並函請立法院審議。最終，全民健康保險法修正草案於2011年經立法院三讀通過，並以總統令公布。
2011年健保法修法完成，但因修法過程中各界對於二代健保新制始終存有不同意見，二代健保進入籌備狀態，期間不斷溝通與宣導，並蒐集各界意見，才終於在2013年正式實施二代健保。
二代健保的核心理念
二代健保的核心價值是公平、效率、與品質。並期許以責信制度運行，「責信」指的是「個人或組織對外部作為負起責任，內部責任則是持續修正並追求組織的使命、目標及績效。」也就是說，除了需要達成使命，也需要對利害關係人交代並加以溝通。亦即，在二代健保中，強調達成核心理念，同時強調健保署、民眾與醫療服務提供者三方的溝通和責任。
實際做法是期許能夠達到權責相符、擴大參與，因此二代健保進行資訊揭露的改革，公開醫療服務的品質資訊與財務報告，舉辦公民活動，重要的協議場合增加付費者代表，並要求保險人應確保健保財務收支連動。
在核心理念上，二代健保擴大原本僅以經常性薪資計算的費基，擴大費基並增加計收補充保險費，已達成二代健保對公平的要求。另外，將監理委員會與費用協定委員會整併為健保會，將分別管理收費與支出的委員會整合，以提升二代健保在收支方面的控管。另外，以就源扣繳收取補充保險費，精簡繳交與收取健保費的作業流程，以上都是為了二代健保運行的效率進行的調整。最後是品質方面，二代健保在支付制度上，力求從原本的論量計酬逐漸轉為以品質為導向的支付制度，包括論質計酬、論人計酬與論病例計酬，期許能以醫療品質而非以服務量決定醫療服務提供者的收入。另外也強制要求醫療機構公開品質相關指標與財務報告，以供被保險人參考與比較，並讓同儕之間產生品質上的競爭，互相砥礪與進步。
目前我們使用的健保就是二代健保，2013年正式實施以來，當然有過很多討論與與檢討，並在這段期間不斷累積經驗，作為三代健保的基石，以期許未來可以設計出更符合需求、也更加完善的健保政策。
