102年1月1日二代健保正式實施，新制健保上線，各界有許多不同意見，其中最多紛歧的討論如下：
健保會運作相關議題
二代健保在修法的時候將側重收入面監理的全民健保監理委員會及負責支出面協定分配的全棉健保醫療費用協定委員會合一整併成全民健康保險會，統籌保險費率、給付範圍、及年度醫療給付費用總額協定等重大財務事項的審議。有減少保險收入或增加保險支出時都應同時審議資源配置與財務平衡方案。
全民健康保險會的組成有原本的監理委員會、費用協定委員會，還有爭議審議委員會，負責審議保險爭議事項。健保費由健保付費者代表、醫療供給者代表、學者專家、公正人士共同組成。整體考量醫療給付與保險收入後，針對費率進行審議。
二代健保實施後，普遍認為健保會的委員名額與分配有達到規劃時擴大各界參與的目的，但在實際運行上，檢討報告指出，可以再加強健保會委員對任務的認識，負起參與會議與表達代理類別意見的責任，增進委員參與議案討論的專業能力與議事效率。另外，也需要釐清健保會與其他保險醫療給付會議間之關係，以更進一步整合並落實收支連動機制。
補充保險費等財務議題
二代健保基於公平與財務的原因，對健保收入進行重大的改革，除了原本以「經常性薪資」計算的一般保費之外增加補充保險費，針對超過四個月投保金額之獎金、股利所得、執行業務收入、租金收入、利息所得、兼職薪資所得等特定項目，計算保險對象之補充保險費。
二代健保的檢討報告指出補充保險費制度雖然能解決現行相關問題，但未來仍應該更進一步擴大計費基礎、提高計費上限、整合一般與補充保險費，並研議更健全的計費制度。
受刑人納保及醫療相關議題
一代健保時，受刑人不參加全民健保。二代健保修法時，基於公平的原則與Health for all的精神，增訂受刑人為第四類第三目之保險人，並以法務部及國防部指定之單位為投保單位。二代健保實施後，儘管起初有遇到實務運作上的困難，但也透過多次行政協調解決，目前運行順暢。
外籍人士保費負擔及出國停保制度之檢討
一代健保的規定是設有戶籍或領有居留證件且在台居留滿四個月，可以加保全民健保。不受此限之例外有設有戶籍且曾有加保紀錄者與本國被保險人在台出生之新生兒。
二代健保修法時將投保等待期延為六個月，亦即設有戶籍滿六個月，或領有居留證件且在台居留滿六個月才可以加保全民健保。另外不受此限的例外條件為，設有戶籍且有加保紀錄者，但因為過去此法條被投機人士利用，回國才加保看病，因此修訂為兩年內曾有加保紀錄才能使用二代健保。
二代健保改革的檢討報告書認為，在這方面的改革，基於社會共同體及健康合理保障的納保原則，在台有社會連帶性之居民，不論國籍都應參加全民健康保險。另外應該量合理健康保障，在台出生的新生兒，無論是否本國籍，自出生日起都應參加全民健保。
醫療科技評估之運用
二代健保規劃進行醫療資源配置時，應該將醫療科技評估的結果作為是否將新醫療科技、新藥品或新醫療技術納入健保給付範圍或刪除舊療法的參考依據。隨著醫療科技的持續進步，民眾對保險給付範圍也有所期待，然而健保的財務收入有限，需要有客觀的評估流程與標準確認是否採納新醫療科技、新藥品或新醫療技術。
醫療科技評估的運用關於醫療資源配置的調整，以逐步減少低效益的給付項目、引進高效益的給付項目，減少醫療服務或藥物的浪費，提升醫療給付效益與品質。
藥品價格調查與調整
健保對藥品的給付方式是採用定價給付，只要藥品是同成分、同品質，就採用同樣的價格給付。藥品本身存在著原廠藥和學名藥的差異，學名藥是指原廠藥的專利權過期後，其他合格藥廠可以以同樣成份與製程生產已核准之藥品，且其在用途、劑型、安全性、療效、給藥途徑、品質、等各項特性上，皆可以與原廠藥完全相同。原廠藥與學名藥成分雖然相同，但醫院進貨的價格卻存在著差異，因為學名藥的成本相對原廠藥便宜，因此醫院與藥廠之間有洽談的空間，造成藥價差的問題，也因為成本價與給付價之間的價差，形成有利可圖的情形，發生的頻率也就跟著上升，最後形成了藥價黑洞。
二代健保針對藥價的問題提出了改善的方案，首先是訂定藥品的費用目標，藥品超出的額度要由醫療給付費用中扣除。接著是針對學名藥的定價進行調整，規定依照市場交易情形調整藥品價格，以解決藥價差造成的問題。
除了針對藥品價格的調查與調整之外，期許未來健保改革能在醫療藥品利用上做更進一步的管理，如健全藥歷與雲端資料庫的建置與運用、強化藥費管制措施，以達到減少重複用藥以及不適當的用藥與檢查。
抑制資源不當耗用相關議題
健保實施以來，一直都有資源不當耗用的問題，二代健保修法時針對詐領健保費加重處罰、也針對浪費醫療資源的輔導與限制制訂方案，另外還有無效醫療的問題也進入討論的範圍。
二代健保實施過後，檢討報告書認為可以由醫政與健保主管單位以區域為單位，統整各區域的醫療資源與目標，避免部分醫療資源過度增設，確保醫療資院是很確實符合區域的需求，而不會供過於求而導致供給誘發需求的狀況。
另外檢討報告也建議，可以藉由醫療科技評估工具或先進國家已具共識之臨床醫學或經濟效益評估證據，作為評估給付的增修，也可以作為有效或無效醫療的定義，並且能夠逐步減少低效益的處置、引進高效益的給付項目，減少醫療服務或藥物的浪費，提升醫療給付效益與品質。
特材差額負擔與自費相關議題
醫療科技持續進步，且發展快速，許多醫療特才進步得也很快，這同時意味著，舊時的訂價會不符合新時代的價格，因此健保的給付也會跟不上越來越進步的特材與它的價格。
因此健保有訂定八大類特材可以在健保資源有限的情形下，可以選擇使用差額負擔或全額自費。差額負擔就是指如果病患需要使用醫療特材，可以使用健保給付的醫療特材，也可以選擇補差額選用更好的特材。全額自費就是指，健保無法給付使用特材的情況下，可以選擇自費使用該特材。
這樣的規定有好有壞，好的是民眾可以依照能力與使用意願，自行決定使用何種特材。但壞處是醫療具有高度專業性，在醫療處置的選擇過程中醫療提供者與病患之間存在著資訊的差異，病患選擇的特材，常常會是醫師提供的選項或建議，因此醫師的選擇與醫療院所的定價就會成為這之中爭議之所在。目前最大的問題在於：是否有醫療科技評估制度配合，能夠挑選出適當的、合理的醫療特材與費用？健保之外的價格是否需要訂定收取的差額上限？協商的代表是否具有衡平性及資訊是否透明？仍然是二代健保之後需要關注的議題。
二代健保開始實施至今已經即將邁入第九年，期間儘管有許多議題與討論，但仍然在修正與調整中行進，期許未來能推出更健全的下一代健保，提升醫療服務的效率，也讓健保能夠永續經營下去。
