‘蒲島隧道’
這本書的故事是以「蒲島隧道」本身為主體，「蒲島隧道」並不是大家隨處可見，無時無刻環繞著火車通過時那震耳欲聾鳴笛聲的鐵路隧道，而是在雜草遮蔽，不見光日，位於鐵路支線旁的「知名」隧道，隧道裡充斥著紅色*鳥居，總是佈滿不知被誰點著的火把，一般人看到的話大概會偷喵一眼然後以時速三十公里的速度拔腿而逃吧。
傳說中只要進入蒲島隧道就能夠「得到任何想要得到的東西」，但是隧道內外的時間不同，在裡頭的1秒等於外面的40分鐘，利用一天作為單位換算的話，裡頭的1天等同於外面的6.5年，時間的扭曲彷彿可以通往未來似的，著實令人嘖嘖稱奇。
*鳥居：日本神社的建築之一，傳說是連接神明居住的神域與人類居住的俗世之通道，屬「結界」的一種。
‘青春年代'
在塔野薰(男主)就讀高中期間班上來了一位留著長黑直髮.四肢纖細，擁有銳利眼神並且優於大部分女明星完美臉蛋的轉學生，花城杏子(女主)，剛來班上時她總是獨自一人在座位上，一個人看深奧的教科書，一個人吃著再普通不過的便當，給人一種高冷並且散發出難以親近的氣息，我想班上有這種人應該是在平常不過的事了吧(至少在我看來是如此);而班上也有一位名叫川崎小春的校霸，小春的身旁總有許多令人厭惡的不忠實小跟班，她可愛的模樣與平時的作為相差甚遠，使喚別人跑腿買東西 (此本小說的男主角就是一個最常被她指名的工具人)、欺負新來的轉學生......這些行為在薰的班上頗為常見。
傳聞中她有一個三年級的混混男友，作為學校的最高年級再加上凶狠的外表，讓別人對川崎深怕不已，沒有人敢招惹她，但誰也沒想到她會被一個默默無名，從都市來的轉學生羞辱打巴掌，就連她的混混男友找花城單獨出去理論(說是理論就是想要教訓她)卻反而被花城拿著原子比猛戳太陽穴的過人氣勢而趕走，令人打從心底感到舒暢。
'死而復生的超級願望'
塔野家自從塔野華伶 (塔野薰的妹妹) 在五年前去世以後就如同缺了一角的黑白拼圖，被人當作不及格的劣質品丟棄在路旁，母親不告而別，離家出走，父親總會不時在深夜時分，如同許久未修復的鐘擺一般不規律的左搖右晃而倒在自家地板上，運氣好的話還會提供一堆嘔吐物給乖兒子當作照顧老爸的獎品。
上述我有提到華伶在塔野薰就讀12歲時就去世，但並沒有提到為何她會離開人間，其實華伶是因為要與薰一同抓獨角仙，卻不甚失足而從樹上墜落死亡。
薰這幾年來在心底一直對華伶，更對自己過意不去，如同一道永遠無法跨越的柵欄一般，明明只是將腳抬高放下，如此簡單之動作卻連一個高中男生都無法做到，沒有盡到保護妹妹的責任才導致她失足，認為自己無法與普通人畫上等號，必須對妹妹的死負起責任，必定要時時惦記著華伶，不能讓她消失在我的記憶中，若是我與普通人一般生活著，肯定會被老天爺看見而遭受懲罰的。
或許是兄妹兩人難以割捨的思念使薰看到了許久未見的光芒，一個能夠令華伶死而復生的希望，夜晚，當薰獨自一人經過鐵道支線時，不經意瞄到身旁有一條貌似未曾開闢過的小徑，並且從雜草與雜草間的微小空隙中發現了一處不知盡頭的通道(當薰發現蒲島隧道之前已經聽過有關於此隧道的都市傳說，但他當時未曾聽說有關時間差的資訊)，當他穿越以固定間隔排列的紅色鳥居時居然出現了華伶去世時找了許久卻怎麼樣也找不出的紅色涼鞋以及喜衣(小時候眷養過的一隻鸚鵡)，眼前出現許多只存在於記憶中的事物，再加上離開隧道後外面世界的時間線與自己所預期的相差甚遠(薰認為自己才進去不到兩小時，外面的世界卻已過了整整一星期))，種種令人不解的因素加上與不經意聽聞的消息幾乎相符，讓塔野薰不得不認為「它」就是蒲島隧道。
‘短暫的幸福’
當薰在隧道中驚訝地看著眼前不可置信的景象時，身旁卻突然冒出一個栩栩如生的熟悉臉孔，臉上貼著與學長打鬥而留下紗布的花城，但是花城怎麼會突然出現在蒲島隧道裡，她既未曾出現在薰的兒時記憶中也不曾與塔野家有任何關連，唯一的可能性只有：跟蹤？ 花城在薰踏上鐵道時就一直隨著他進入蒲島隧道內，她那精明的頭腦也從不善於說謊的薰問出了有關它的種種資訊，沒想到平時在校內表現優異並且聰明靈巧的花城杏子居然會相信薰所說的一切，宛如剛出生的小嬰兒般對未曾見過的人事物感到無比興奮，不假思索地相信他所說的一字一句，著實有趣。
自從這次相遇之後花城與薰因為此隧道的原因，自然地與彼此相處時間變多了，甚至一同三度造訪蒲島隧道，兩人不只發現它的真正面貌，更準確地算出在隧道內外的時間差(出現在第一段的內容)，甚至想要將蒲島隧道的未知面具徹底地揭開，說白話一點就是從隧道入口跑到隧道出口，但是沒有人知道隧道到底有多長，時間差的原故加上先前探索時兩人推論出的實際長度與現實長度不符，若是未做好萬全準備就茫然地進入隧道後果不堪設想，一個是為了拯救妹妹，一個是為了成為自己心目中特別之人，兩人貫徹自己心中的強烈念頭而不惜代價進入蒲島隧道。
然而到了約定當天卻只有花城獨自一人，撿起位於隧道口的瓶中信(之前花城畫的四格漫畫被雜誌編輯看中，因此薰在信中寫道他認為花城現在最為重要的事是往職業漫畫家的方向前進，而不是因為自己想拯救妹妹的計畫而泡湯，畢竟沒有人擔保數年甚至數十年出來隧道後有人還喜歡「傳統」的漫畫風格)，望著貌似薰正奔向隧道內部的虛假殘影，心想著：我會等你的，不管多久。
‘扭曲的未來'
由於時間扭曲的原因，薰必須在未知長度的隧道內以奔跑型式前進以外，也不知道該如何配速(因為不知道終點)，還必須時時刻刻保持清醒，提醒自己眼前浮現的不過是僅存在於小時候的幸福家庭劇本，並不是發生於現實世界的悲慘故事，對於身理上以及心理上都造成前所未有的壓力。
即便如此薰還是如同傻子一般進行不知何時才會結束的馬拉松，即使因為長時間跑步而造成腿部劇烈疼痛，也不因此而停下腳步，如同星星閃亮般高掛在灰藍陰暗的天空中，不因數百萬光年的距離而失去光芒。
故事的最後薰終於見到了許久為曾見的妹妹華伶，想當然而薰一心只想把華伶帶回不知道已過了幾年的「未來世界」，沒有比能夠看到華伶圓潤又時時充滿腮紅般的可愛模樣還要幸福的事了，但是華伶卻主動將出口關閉並且留下一段話：哥哥也要活在當下，她希望哥哥能夠像花城一樣創造屬於自己的理想國度，而不是顛覆存在於世界的真理，希望他可以與花城一樣有理想並且過上自己選擇的人生道路並且活在當下，而不是因為對自己的愧疚而使薰只活在「華伶所在的世界」，這樣對自己，對花城，對薰才是唯一也是最好的解決辦法。
蒲島隧道的存在並不是使人能「得到任何想要的東西」，而是「拿回失去的東西」。
不逃避現實，接受並且面對既定的事實，更重要的是如何面對現實後調整好心態而朝著理想邁進，這才是此本小說想要傳授的人生之道。
