麻醉風暴第二季延續第一季的原班人馬以及人球案,而進一步加入新的人物以及牽涉更多更廣的社會醫療議題。頂盛及捷運的爆炸案炸出的是醜陋龐大的利益關係,康聯醫院院長朱權綱為了醫院評鑑,為免康聯被降級,而被迫答應立委萬大器的要求,購買高價醫療器材,以及成立創傷小組,萬大器藉此收受不正當的回扣。此外,萬大器亦曾經威脅陳顯榮掩蓋AM2德利康假藥,而使之仍能夠於市場上流通,其幕後指使者是更大尾的衛福部部長吳偉胤。吳偉胤與歐博士狼狽為奸,甚至他勢力龐大還於檢調單位中有自己的內線,而這似乎還不是利益關係金字塔的最頂端,在吳偉胤之上應還有一個神祕的"老大"存在。社會上各個行業、各個角落都充斥或大或小的利益勾結,該劇揭露的是這種普遍的亂象,而比這種利益勾結更嚴密、更龐大的還所在多有。社會不乏亂源,只要有人的地方,就必有黑暗與醜陋。
然而,社會雖有黑暗與不公,亦有光明與正義。葉建德與沈柔伊合作,沈柔伊與同事阿勇以及熊森醫師的幫助下,一同慢慢挖掘出AM2德利康、人球案的種種內幕,最後靠著Hank高超的網路駭客技術,成功將吳偉胤等人的黑幕公諸於世,這種結合高科技的劇情喬段亦是該劇有創意的地方。沈柔伊是醒世代的記者,年輕有理想,在嗜血媒體的環境下,還掙扎著固守其身為記者的操守,為的就是求個真相,使壞人的劣跡無所遁形,還受害者一個公道。但是,堅持正義亦是需要付出代價、冒一定風險的,在生命遭受威脅下,這種堅持又更加的令人尊敬。熊森是康聯醫院的年輕醫師,但晚上就身兼饒舌歌手,其反叛不羈的個性,源自於其父親當年於人球案被無情拒收而致死。他不願遵守SOP,給家屬過多的期待與保證,帶給他不少麻煩。可是他有一顆作為醫者的救人本心,即便眼前躺著的是當年間接害死他父親的陳顯榮,還是盡全力去救治,不辜負自己作為醫者的職責操守。除了沈柔伊與熊森,蕭政勳也是溫暖的來源。經過第一季去除心魔、解開心靈枷鎖後,第二季的蕭政勳成熟穩重,在創傷小組中帶給大家溫暖及穩定的力量,也因此,當十一二集,他因為血腫壓迫腦幹而最終回天乏術,乃至熊森在演唱會中追思蕭政勳,無不讓人動容。
第二季重點是創傷,因為爆炸案而受到身心理創傷的病患、被家屬丟雞蛋而心理創傷的熊森、在約旦爆炸案受到身理及心理創傷的蕭政勳、被貪欲權利所蒙蔽而有道德品格創傷的吳偉胤等人以及扭曲不健全、創傷滿布的醫療體制等等,到處都是創傷,滿目瘡痍。麻醉風暴二寫實的揭露這許多值得人省思的社會醫療議題,同時又不會生硬說教,而是透過真實的人性自然的反映出來,讓人隨著劇情的進行,慢慢的去察覺、關注到表面冰山下不為人知的重重黑幕。