麻醉風暴第二季延續第一季的原班人馬以及人球案，而進一步加入新的人物以及牽涉更多更廣的社會醫療議題。頂盛及捷運的爆炸案炸出的是醜陋龐大的利益關係，康聯醫院院長朱權綱為了醫院評鑑，為免康聯被降級，而被迫答應立委萬大器的要求，購買高價醫療器材，以及成立創傷小組，萬大器藉此收受不正當的回扣。此外，萬大器亦曾經威脅陳顯榮掩蓋AM2德利康假藥，而使之仍能夠於市場上流通，其幕後指使者是更大尾的衛福部部長吳偉胤。吳偉胤與歐博士狼狽為奸，甚至他勢力龐大還於檢調單位中有自己的內線，而這似乎還不是利益關係金字塔的最頂端，在吳偉胤之上應還有一個神祕的"老大"存在。社會上各個行業、各個角落都充斥或大或小的利益勾結，該劇揭露的是這種普遍的亂象，而比這種利益勾結更嚴密、更龐大的還所在多有。社會不乏亂源，只要有人的地方，就必有黑暗與醜陋。
然而，社會雖有黑暗與不公，亦有光明與正義。葉建德與沈柔伊合作，沈柔伊與同事阿勇以及熊森醫師的幫助下，一同慢慢挖掘出AM2德利康、人球案的種種內幕，最後靠著Hank高超的網路駭客技術，成功將吳偉胤等人的黑幕公諸於世，這種結合高科技的劇情喬段亦是該劇有創意的地方。沈柔伊是醒世代的記者，年輕有理想，在嗜血媒體的環境下，還掙扎著固守其身為記者的操守，為的就是求個真相，使壞人的劣跡無所遁形，還受害者一個公道。但是，堅持正義亦是需要付出代價、冒一定風險的，在生命遭受威脅下，這種堅持又更加的令人尊敬。熊森是康聯醫院的年輕醫師，但晚上就身兼饒舌歌手，其反叛不羈的個性，源自於其父親當年於人球案被無情拒收而致死。他不願遵守SOP，給家屬過多的期待與保證，帶給他不少麻煩。可是他有一顆作為醫者的救人本心，即便眼前躺著的是當年間接害死他父親的陳顯榮，還是盡全力去救治，不辜負自己作為醫者的職責操守。除了沈柔伊與熊森，蕭政勳也是溫暖的來源。經過第一季去除心魔、解開心靈枷鎖後，第二季的蕭政勳成熟穩重，在創傷小組中帶給大家溫暖及穩定的力量，也因此，當十一二集，他因為血腫壓迫腦幹而最終回天乏術，乃至熊森在演唱會中追思蕭政勳，無不讓人動容。
第二季重點是創傷，因為爆炸案而受到身心理創傷的病患、被家屬丟雞蛋而心理創傷的熊森、在約旦爆炸案受到身理及心理創傷的蕭政勳、被貪欲權利所蒙蔽而有道德品格創傷的吳偉胤等人以及扭曲不健全、創傷滿布的醫療體制等等，到處都是創傷，滿目瘡痍。麻醉風暴二寫實的揭露這許多值得人省思的社會醫療議題，同時又不會生硬說教，而是透過真實的人性自然的反映出來，讓人隨著劇情的進行，慢慢的去察覺、關注到表面冰山下不為人知的重重黑幕。
