短短六集，劇情卻十分緊湊完整，充分揭露醫療體制的畸形以及因此導致的各種問題、弊端。
故事由一場不尋常的惡性高熱為開端，涉入其中的麻醉醫師蕭政勳，為此被迫暫時停職。看似好心的保險員葉建德幫助蕭醫師查出醫院的單挫林竟然是過期品，蕭政勳因此而獲得清白，仁欣醫院院長陳顯榮則為此下台。然而，劇情往下發展卻發現這場意外，竟然是葉建德策畫的，目的是報復陳顯榮當年在人球案中將葉建德與林宏任推上風口浪尖，最後使得兩人都當不成醫生
一場惡性高熱意外牽扯出醫院為了省錢而重複使用已經過期的藥品之弊端，牽扯出兒子為了詐領保險金而害死自己媽媽的髮指行為，更牽扯出醫院高層因評鑑壓力等體制問題而被迫做出各種扭曲無奈的行為。蕭政勳長期工作壓力大，青少年時的錯誤記憶使他背了愧疚感許多年；葉建德不甘心大好前途，卻被老師所犧牲了，甚至連他的朋友都因此葬送生命；陳顯榮一路爬到高位，為了醫院前途而屈服於體制。他們都是心靈被麻痺的，無論是因為道德枷鎖、仇恨與權力
麻痺的身體經過一段時間能夠恢復自由，但麻痺心靈是能夠解放就解放的嗎? 蕭政勳透過心理醫生楊惟瑜找到他心結來源，而最終能夠解開心結。陳顯榮下台後，當個單純的醫生，或許在歲月的淘洗，不斷治療病人的過程，能夠慢慢救贖他的罪惡感? 至於葉建德呢? 在面對病人的生死存亡，而激發的救人意識，那單純的醫者仁心或許才是能夠將他心靈從仇恨解鎖的唯一鑰匙
麻醉風暴是一場由麻醉引起的風暴，而背後牽涉的是心靈被麻醉的人們，以及被麻醉而不自由的醫療體制 !
