日治時期頭七年台灣人民的武裝抗日雖未令日軍大量傷亡，但卻大大增加日本治理台灣的成本，日本甚至一度想放棄台灣，將台灣賣給法國等其他列強。相較之下，英國統治香港時當地雖有反抗事件，但都很快就被平定，其他亞非拉美大洋洲殖民地狀況也不比香港好多少，那為什麼會有這種差異呢？下面分項詳述之。
台灣地勢起伏大且河流阻隔台灣南北交通
各位可以看台灣的地貌及河流地圖，基本上大甲溪以北是以丘陵台地的地貌，地形上利於打游擊戰，即便濁水溪以南以平原為主，但東西向的河川卻形成有效的阻隔，不利日軍南下與補給。
台灣原始森林多
相較於歐亞北非傳統古文明發展區因文明發展早，導致該地多處森林已遭大量砍伐，別說中國大陸、印度與西亞氣候較為乾燥的地方，就連日韓等氣候利於森林生長的地區都出現大量的禿山。相較之下台灣開發得非常晚近，不僅內山，就連西部地區仍保有相當面積的原始森林，而原始森林豐富除了利於藏匿，也導致第三個原因產生。蚊蟲與熱帶傳染病盛行
台灣原始森林廣布令台灣的生態系保存完整，也導致台灣毒蛇蚊蟲多，除了增加背其叮咬中毒的風險，也令瘧疾等蟲媒傳染病橫行，進一步削弱日軍的戰鬥力。
清代頻繁民變與械鬥發生增進台民作戰能力
其實這只是清廷官方的說法，實際上當時台灣社會不同的村落間為了搶水搶土地變時常發生戰爭，而當時所使用的武器也不僅僅是刀箭等冷兵器，槍枝甚至大砲也時常出動，在如此頻繁的戰爭中，除了增進台民自製武器的能力，更加強台灣人布陣、進退與埋伏等軍隊非常需要的能力。
武裝抗日受控
1898年2月26日，首相伊藤博文任命兒玉源太郎為第4任台灣總督，並任命後藤新平為民政長官，以作為兒玉源太郎的得力助手。兩人於該日正式走馬上任。
兒玉源太郎重用後藤新平，後藤新平也對兒玉源太郎畢恭畢敬，所以兩人合作非常融洽。兒玉源太郎曾數次因為要擔任其他職位，向日本政府推薦後藤新平擔任台灣總督，但是按照日本當時的內規，台灣總督必須是將領，兒玉源太郎甚至想要建議日本政府取消這個規定，可是都被後藤新平婉辭了。
後藤新平面臨的最大問題還是抗日游擊隊。在乃木希典時代，對抗日游擊隊採取的策略是「三段警備法」，在抗日游擊隊出沒的地區，由軍隊與憲兵管轄。在平地與市街地，由警察管轄。介於中間的地區，則由警察與憲兵協力管轄。
這個「三段警備法」表面上看起來很合理，其實非常不合理。因為軍隊與警察，不但指揮系統不同，想法也南轅北轍，甚至經常感情不合。對滲透到住民之中的游擊隊，正規軍根本無用武之地。軍隊一聽到游擊隊出現，趕過去時，游擊隊早已消失。於是軍隊開始懷疑當地住民，而難免施行暴力，反而遭來民眾恨意。
後藤新平與兒玉源太郎看出其中缺點，決定廢除「三段警備法」，他們決定讓警察負起治安全責，後藤新平對軍隊演講說：「你們的職務是在治理台灣，不是在征討台灣！」
從此，後藤新平的策略是讓警察深入民眾，孤立游擊隊，並且對游擊隊招降。後藤鑑於台灣義民抗日活動頻繁，便把乃木希典總督試行的「土匪招降策」在全台各地推行，但較具爭議的是他也對抗日分子毫不手軟，特別是在招降抗日分子後還是進行槍決，最著名的是1902年（明治三十五）4月25日，在斗六、林圯埔、崁頭厝、西螺、他里霧、內林等「歸順式場」中，將被誘降而來的「歸順匪徒」全部屠殺。當天日本政府以自導自演的騷動為藉口，在儀式會場上「臨機處置」或其他方式「斷然處置」的，當場擊斃200多名台灣人。據後藤新平在所著的《日本殖民政策一斑》中自承死亡數，「叛徒多達一萬一千九百五十人」。經歷此全台大獵捕後，到了1902年，幾乎已經看不到抗日游擊隊的蹤影。
總督府搭配警察與保甲制度，公權力得以深入民間後，台灣才進入真正的現代國家社會，在此之前台灣跟中國春秋戰國時代或歐洲中世紀諸侯割據的情況是極為相似的。
