【R語言】Affymetrix平台CEL檔轉txt/ csv檔

這裡要介紹的是如何在R語言中將AffyMetrix平台所產出的.CEL檔轉成.txt檔或.csv檔。
首先要先分清楚手中的檔案是出自於哪一種版本、平台，這裡會介紹Affymetrix GeneChip®與Affymetrix Clariom™ Arrays這兩個平台所產出的.CEL檔該如何轉檔。

Affymetrix GeneChip®
以下有幾個套件需要下載安裝:

install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)

BiocManager :: install("affyPLM")
library(affyPLM)

安裝好以上套件後，就可以開始轉檔啦
setwd("path//~//~//~//~") ##將路徑設定在檔案所在地

Data <- ReadAffy() ##ReadAffy()讀取.CEL檔

eset.rma <- rma(Data) ##rma()預處理.CEL檔中的數據

exp.rma <- exprs(eset.rma) ##exprs()提取表達基因表達矩陣

write.table(exp.rma, file = "TEST.txt", sep = "\t", quote = FALSE, col.names = NA) ##將提取出的表達矩陣儲存為.txt檔，使用制表符分隔

write.csv(exp.rma, file = "TEST.csv", row.names = TRUE) ##或可將將提取出的表達矩陣儲存為.csv檔

Affymetrix Clariom™ Arrays
以下有幾個套件需要下載安裝:

install.packages("BiocManager")

library(BiocManager)

library(oligoClasses)

library(oligo)

安裝好以上套件後，就可以開始轉檔啦

cel_files <- list.files(path = "//~//~//~//~//", pattern = "\\.CEL$", full.names = TRUE) ##將路徑中的.CEL檔取為變數cel_files

raw_data <- read.celfiles(cel_files) ##讀取路徑中.CEL檔

eset <- rma(raw_data) ##對.CEL檔做log2預處理

expression_data <- exprs(eset) ##提取表現量

write.table(expression_data, file = "expression_data.txt", sep = "\t", quote = FALSE, col.names = NA) ##將檔案轉成.txt檔

write.csv(exprs(eset), file = "expression_data.csv", row.names = TRUE) ##將檔案轉成.csv檔