13世紀蒙古西征至高加索地區，喬治亞王國無力抵抗，在損失王國東半疆土之後，喬治亞女王魯速丹(Rusudan)被迫向蒙古帝國稱臣。喬治亞女王魯速丹將死之際，為確保其子大衛六世(David VI)的繼承權，特命其前往欽察汗國，以獲得拔都的支持。不料大衛六世剛出國門，魯速丹便已過世，國內貴族於是另舉其侄大衛七世(David VII)繼位。由於大衛六世與大衛七世分別擁有欽察汗國與伊兒汗國的支持，因而雙方相持不下，最終喬治亞王國在歷經多年內戰後，於1259年正式分裂為伊梅列季王國與喬治亞王國，統治伊梅列季王國的便是大衛六世的後代。
伊梅列季王國數傳之後，傳位給巴格拉特三世(Bagrat III)。巴格拉特三世生於1495年9月23日，為伊梅列季國王亞歷山大二世(Alexander II)與塔馬爾(Tamar)的長子。關於巴格拉特三世童年的資料留存不多，但可以確認的是，在其童年伊梅列季王國正處於鄂圖曼土耳其帝國與其喬治亞盟邦卡爾特利王國的戰爭威脅之下。
1510年4月，伊梅列季國王亞歷山大二世在與來犯的鄂圖曼土耳其帝國作戰之後，於庫塔伊西病逝。時年14歲的巴格拉特三世因此繼承王位。然而，從他繼承王位起，他就不得不面對其三弟瓦赫唐二世(Vakhtang II)對其地位的挑戰，為了安撫瓦赫唐，巴格拉特三世一度與瓦赫唐二世共治。不過到了1512年，瓦赫唐二世在莫希西為巴格拉特三世所敗，從而流亡至卡爾特利王國。在卡爾特利國王大衛十世(David X)的干預下，巴格拉特三世與瓦赫唐二世達成和解。
正當伊梅列季王國處於內戰之際，鄂圖曼土耳其帝國與另一個喬治亞邦國薩姆茨赫公國結盟。1512年，在薩姆茨赫王公姆切卡布克一世‧賈切利(Mzetchabuk I Jaqeli)的支持下，鄂圖曼土耳其帝國大軍向伊梅列季王國首都庫塔伊西進逼。巴格拉特三世很快便遭到擊敗，在失去首都庫塔伊西之後，他被迫躲入不得不在梅斯赫季山區，以避鋒芒。鄂圖曼土耳其帝國在這次入侵，將庫塔伊西洗劫一空，並摧毀鄰近的村落，還將埋葬歷代喬治亞國王的蓋拉蒂修道院焚燬。
伊梅列季國王巴格拉特三世為報復鄂圖曼土耳其帝國的行徑，因此積極整頓兵力，並號召各地兵馬前來集結，隨後他便展開反擊。至當年冬季，他終於將鄂圖曼土耳其帝國軍隊圍困於澤卡里山口，使之斷絕補給，最終迫使鄂圖曼土耳其帝國放棄入侵，收兵返國。
鄂圖曼土耳其帝國軍隊退去後，伊梅列季國王巴格拉特三世開始恢復首都庫塔伊西與國境內其他地方所遭受的破壞。在約瑟夫‧法涅利澤(Joseph Phanelidze)的幫助下，巴格拉特三世買下並重建蓋拉蒂修道院，並將之委託給約瑟夫‧法涅利澤及其後代。此外，為了使法涅利澤家族得以維持蓋拉蒂修道院，還將蓋拉蒂周圍的莊園與土地賣給約瑟夫‧法涅利澤。
不過，雖然擊退鄂圖曼土耳其帝國的入侵，巴格拉特三世還需要面對王國西北部的阿布哈茲與明格里亞港口遭到齊吉人跨海襲擊的問題。齊吉人是切爾克斯部落的一支，當時受到克里米亞汗國的支配，而克里米亞汗國則是鄂圖曼土耳其帝國的附庸國。因此在鄂圖曼土耳其帝國入侵伊梅列季王國的同時，齊吉人也受命參與行動，他們跨海騷擾，擄掠眾多喬治亞人，將他們賣到土耳其的奴隸市場。為了進一步掌握教會與因應伊斯蘭教在阿布哈茲的擴張，巴格拉特三世在蓋拉蒂修道院重建後，便將伊梅列季教區首府由比奇溫塔，內遷至蓋拉蒂。1519年，巴格拉特三世任命馬拉齊亞‧阿巴希德澤(Malachia Abashidze)為教長。
伊梅列季國王巴格拉特三世為了鞏固其在喬治亞諸邦的領導權，在鄂圖曼土耳其帝國退去後，開始積極懷柔各方貴族。1512年，明格列利亞王公利帕里特二世‧達迪亞尼(Liparit II Dadiani)去世，巴格拉特三世承認其子馬米亞三世‧達迪亞尼(Mamia III Dadiani)的繼承權，並依照慣例任命其為內政部長。與此同時，古利亞王公喬治一世‧古列利(Giorgi I Gurieli)也於同年去世，其子馬米亞一世‧古列利(Mamia I Gurieli)在成為巴格拉特三世的附傭後，被任命為王室軍隊統帥。另一方面，為了表彰在入侵期間的忠誠，他將拉恰授予丘奇特‧齊赫澤(Choochit Chkheidze)。
鑑於鄂圖曼土耳其帝國與齊吉人在阿布哈茲從事奴隸貿易，為了阻止奴隸貿易活動的猖獗，伊梅列季國王巴格拉特三世決心加以打擊。巴格拉特三世先事召集阿布哈茲教會領袖商議，並下令對參與奴隸貿易的人處以死刑。不過這種嚴刑峻罰的方式，未能有效杜絕奴隸貿易。為了從根源阻止，巴格拉特三世於1533年1月，與馬米亞三世‧達迪亞尼、馬米亞一世‧古列利聯手，對齊吉人發起攻勢。1月30日，他們在加格拉附近的海面交戰，將齊吉人擊敗。但在次日，部分格列利亞貴族卻因在阿布哈茲貴族桑迪亞‧伊納爾-伊帕(Tsandia Inal-Ipa)的慫恿下，背叛伊梅列季國王巴格拉特三世，導致大敗。馬米亞三世‧達迪亞尼因此陣亡，而馬米亞一世‧古列利也遭到俘虜。最終，巴格拉特三世派遣阿布哈茲貴族瑪拉基亞一世(Malachia I)前往交涉，終於將被俘的馬米亞一世‧古列利贖回，並取回馬米亞三世‧達迪亞尼的遺體。巴格拉特三世此番失敗，標誌著東方正統教會對阿布哈茲西北部的統治結束，此後伊斯蘭教便在鄂圖曼土耳其帝國的支持下在阿布哈茲傳播開來，使得當地逐漸伊斯蘭化。而巴格拉特三世採取的杜絕奴隸貿易法令，最終隨著巴格拉特三世的去世，而被擱置不理。
在對喬治亞內部事務上，伊梅列季國王巴格拉特三世向與卡爾特利王國保持著緊張的關係。此前，卡爾特利國王大衛十世於1513年趁著鄰國卡赫季國王喬治二世(Giorgi II)新亡，其子萊萬(Levan)年幼無法執政之機，入侵卡赫季王國，逐走萊萬，自行兼領卡赫季王位。1518年，萊萬在波斯帝國薩法維王朝沙阿伊斯瑪儀一世(Ismail I)的幫助下，返回爭位，自此雙方交戰不休。1520年，巴格拉特三世決心介入兩國糾紛，於是聯合古利亞王公馬米亞一世‧古列利、薩姆茨赫王公卡瓦卡瓦爾三世‧賈切利(Qvarqvare III Jaqeli)入侵卡爾特利王國，迫使卡爾特利國王大衛十世承認卡赫季國王萊萬的地位，並與喬治亞諸邦組成軍事同盟，使喬治亞諸邦在經歷長期的分裂之後，又一次出現諸邦和諧的局面。而這樣的景況，於1525年伊梅列季國王巴格拉特三世率領卡爾特利國王大衛十世、卡赫季國王萊萬一同前往前往耶路撒冷時，喬治亞諸邦一致的象徵得以再現。
1525年，卡爾特利國王大衛十世退隱至修道院，並將王位傳與其弟喬治九世(Giorgi IX)。次年，已經出家的大衛十世去世，其子盧爾薩布一世(Luarsab I)在迎娶巴格拉特三世之女塔馬兒(Tamar)後，巴格拉特三世決定介入卡爾特利王國內部之爭。1527年，巴格拉特三世入侵卡爾特利王國，廢黜喬治九世，擁立女婿盧爾薩布一世繼位。盧爾薩布一世為報答岳父巴格拉特三世之助，便將普羅內河以西的土地，讓予伊梅列季王國。由於此處包括幾處要地，因而造成兩國關係的緊張。1530年代，隨著鄂圖曼土耳其帝國的擴張，其軍事壓力日益加諸於喬治亞諸邦，為取得盧爾薩布一世的軍事支持，巴格拉特三世不得不將這片土地歸還盧爾薩布一世。
1534年夏季，鄂圖曼土耳其帝國與波斯帝國薩法維王朝為爭奪希爾萬而戰，戰火因而波及大不里士，鄂圖曼土耳其帝國蘇丹蘇萊曼一世(Suleiman I)率部渡過薩姆茨赫河，薩姆茨赫王公卡瓦卡瓦爾三世‧賈切利在大軍進逼之下，轉而與之同盟。受到鄂圖曼土耳其帝國進逼的影響，巴格拉特三世於是召集其軍隊，準備防範鄂圖曼土耳其帝國的入侵。
1535年，伊梅列季國王巴格拉特三世召集軍隊，並聯合明格列利亞王公萊萬一世‧達迪亞尼(Levan I Dadiani)與古利亞王公魯斯塔姆‧古列利(Rostom Gurieli)一同入侵薩姆茨赫公國。8月12日，巴格拉特三世在莫爾賈克海提之戰中擊斬薩姆茨赫王公卡瓦卡瓦爾三世‧賈切利，從而吞併薩姆茨赫公國，卡瓦卡瓦爾三世‧賈切利之子凱霍斯洛二世‧賈切利(Kaikhosro II Jaqeli)因而流亡至伊斯坦堡，投奔宗主鄂圖曼土耳其帝國。巴格拉特三世在取勝之後，便從新征服的土地中各撥一部分給卡爾特利國王盧爾薩布一世，以改善與他的關係。
雖然伊梅列季國王巴格拉特三世取得勝利，但鄂圖曼土耳其帝國並不打算任由其附庸國敗亡。1536年7月4日，埃爾祖魯姆貝勒貝伊穆罕默德汗(Mehmed Khan)入侵薩姆茨赫，這是鄂圖曼土耳其帝國首次吞併喬治亞諸邦的領土。
隨著鄂圖曼土耳其帝國的入侵，鄂圖曼土耳其人也掠奪喬治亞的教堂與村莊。為了鄂圖曼土耳其帝國不斷地襲擾，伊梅列季國王巴格拉特三世於是前往波斯帝國，謁見沙阿塔赫瑪斯普一世(Tahmasp I)，試圖透過向其稱臣，以換取對波斯帝國對其在薩姆茨赫作戰的軍事援助，然而最終此議遭到塔赫瑪斯普一世拒絕。
1543年，鄂圖曼土耳其帝國將軍穆薩‧帕夏(Musa Pasha)率軍重返薩姆茨赫，最終迫使伊梅列季國王巴格拉特三世投降。當鄂圖曼土耳其帝國凱旋後，巴格拉特三世立即撕毀停火協議，收復遭到鄂圖曼土耳其帝國佔領的土地。1545年夏，鄂圖曼土耳其帝國派出埃爾祖魯姆與迪亞巴克爾總督率軍對抗伊梅列季王國。巴格拉特三世於是再次向其盟友請求援助，但由於此前明格列利亞王公萊萬一世‧達迪亞尼在莫爾賈克海提之戰曾給予援助，事後卻未分得半分土地，因而拒絕參戰。伊梅列季國王巴格拉特三世於是只得伙同、卡爾特利國王盧爾薩布一世與古利亞王公魯斯塔姆‧古列利在索科伊斯塔村迎擊鄂圖曼土耳其帝國，不過最終喬治亞人遭到失敗，從而丟失了對薩姆茨赫的控制權，鄂圖曼土耳其帝國因此將凱霍斯洛二世‧賈切利任命為薩姆茨赫的阿塔貝格。
喪失對薩姆茨赫的控制之後，巴格拉特三世意識到只有統一西喬治亞，他才有機會與鄂圖曼土耳其帝國相抗衡。1546年，巴格拉特三世邀請明格列利亞王公萊萬一世‧達迪亞尼至霍尼參與和會，但巴格拉特三世卻趁著宴會之機，將其逮捕，萊萬一世‧達迪亞尼被囚後，巴格拉特三世立即發兵吞併明格列利亞公國，並邀請古利亞王公魯斯塔姆‧古列利參與行動，並與之分享萊萬一世‧達迪亞尼的領地。只是魯斯塔姆‧古列利懷疑巴格拉特三世的誠意，因此拒絕所請，並向其要求釋放萊萬一世‧達迪亞尼。另一方面，薩姆茨赫阿塔貝格凱霍斯洛二世‧賈切利也暗中賄賂霍菲蘭德雷‧齊赫澤(Khophilandre Chkheidze)，使之縱放萊萬一世‧達迪亞尼歸國。萊萬一世‧達迪亞尼歸國後，與魯斯塔姆‧古列利一同脫離臣屬於伊梅列季王國的地位，轉而投向鄂圖曼土耳其帝國的懷抱。失去喬治亞諸邦的支持後，巴格拉特三世決定轉而投靠波斯帝國薩法維王朝，因而當沙阿塔赫瑪斯普一世(Tahmasp I)入侵卡爾特利王國時，他便派兵助戰，以換取波斯帝國支持他們抵禦鄂圖曼土耳其帝國的入侵。
1549年，鄂圖曼土耳其帝國再度進逼喬治亞地區，並將古利亞公國治下的拉茲與阿扎爾地區納入版圖。魯斯塔姆‧古列利因而再次倒戈，請求伊梅列季國王巴格拉特三世與明格列利亞王公萊萬一世‧達迪亞尼給予援助。巴格拉特三世因此派遣弟弟瓦赫唐二世率軍500人助戰，巴格拉特三世同時命令瓦赫唐二世暗中阻止古利亞公國與格列利亞公國的軍事聯盟，瓦赫唐二世於是設法說服萊萬一世‧達迪亞尼，鄂圖曼土耳其帝國則進一步吞併巴統等要地，並進一步摧毀伊梅列季王國的領地。
經過此次挫敗後，魯斯塔姆‧古列利又一次宣布脫離伊梅列季王國獨立。巴格拉特三世的伊梅列季王國因而成為三個喬治亞王國中最弱的一個。在巴格拉特三世統治的最後幾年，他不得不面對鄂圖曼土耳其帝國與波斯帝國薩法維王朝的入侵。
1555年5月29日，鄂圖曼土耳其帝國與波斯帝國薩法維王朝於阿馬西亞議和，並相約瓜分外高加索地區，未能與會的巴格拉特三世驚訝發現自己的王國成為鄂圖曼土耳其帝國的勢力範圍，這表示他之前試圖挑起兩個伊斯蘭帝國交戰的外交努力全都付諸流水。隨後鄂圖曼土耳其帝國蘇丹蘇萊曼一世揮師入侵伊梅列季王國，並給伊梅列季王國帶來嚴重的破壞，缺乏外交援助的巴格拉特三世試圖入侵位於薩法維王朝勢力範圍內的卡爾特利王國及蘇拉米，以破壞鄂圖曼土耳其帝國與波斯帝國薩法維王朝在《阿馬西亞和約》中建立的國際秩序，不過最終巴格拉特三世的計畫失敗，被迫結束其軍事行動。
經過漫長的統治，伊梅列季國王巴格拉特三世最終於1565年去世，其王位由其長子喬治二世(Giorgi II)繼位。
