【第一篇：前導~墜落的月神V】
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_____________________由「哈曼•坎恩」率領「阿克西斯新吉翁軍」發起的地球侵攻行動，史稱「第一次新吉翁戰爭」，在地球聯邦軍「擬•阿卡馬」部隊的奮戰下，於U.C.0089年1月17日，因哈曼於Core3戰死而宣告終戰。
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原本因格里普斯戰役、第一次新吉翁戰爭而停駛的木星船團，在3月15日重新起航，地球聯邦陸陸續續進行戰後復原的工作。
5月1日，聯邦軍針對如阿克西斯這種大質量的小行星，制定了管理系統，並在8月25日加強對各殖民地的經濟制裁，打算繼續用這種老方法壓迫宇宙居民，但這錯誤的決策，再度為地球圈點燃了紛爭的火苗，反聯邦政府的聲浪再度籠罩宇宙殖民地。
趁著這股熱浪，U.C.0090年1月開始，聯邦脫離組織「EGM」，以及由夏亞追隨者自行組成的恐怖組織「NSP(New Summer Project)」等反聯邦勢力，紛紛開始活動。
2月3日，地球聯邦為了收留大量戰爭難民，在Side1邊境對殖民地「甘泉」進行了擴建工程，但為了縮短工期以及節省開支，最終將其他未完工殖民地與甘泉連結，在結構不穩定的狀態下，草率將這些難民送入殖民地中，但仍然沒有解決難民安置的問題。
而在這當中，於格里普斯戰役失蹤的「夏亞•阿茲納布爾」，在哈曼死後悄悄掌握新吉翁指揮權，並秘密潛伏於甘泉。
3月21日，面臨兵力吃緊以及龐大重建工作的聯邦軍，為了繼續維持軍事上的震懾力，特別建立了聯邦軍外圍的獨立精銳部隊「隆德•貝爾」，並交由從一年戰爭以來就一路參與前線戰事的「布萊德•諾亞」上校擔任司令官，其隊上更有如聯邦軍知名的傳奇王牌「阿姆羅•雷」上尉為首的眾多菁英作為隊員。
後來在這兩年間發生了如「機動戰士鋼彈 MSV-R 強尼•萊登的歸來」、「機動戰士Moon鋼彈 」、「機動野史鋼彈 Double Fake」等的故事，這部分會分別進行介紹，本篇以逆夏主要內容為主。
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U.C.0092年8月，聯邦軍將本部轉移至「西藏」的「拉薩市」。
12月13日，潛伏已久的夏亞終於崛起，成為了新吉翁的總帥，並積極的重建新吉翁軍戰力。
同時，12月22日，夏亞率領的新吉翁軍抵達了甘泉，在反聯邦氣氛高漲的甘泉居民歡迎下，新吉翁軍沒有發生任何衝突便順利接管了甘泉，並以此為據點展開了行動。
U.C.0093年2月27日，夏亞透過媒體電視正式對地球聯邦發起宣戰佈告，揚言要發動「地球寒冷化作戰」，並自稱為真正的新吉翁軍，同時否定哈曼發起的第一次新吉翁戰爭立場，稱哈曼為偽政權，自此「第二次新吉翁戰爭」爆發。
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一名逃家前往「印度」北部「瓦拉納西」進行新人類修行的少女，被身為地球聯邦政府高官的父親「亞迪納瓦•帕拉亞」委託的獵人組織找到，並抓回了其父親身邊，準備搶在戰爭爆發的初期，前往舊香港的航空發射場搭乘民航機飛往宇宙避難。
這名少女就是本作重要角色之一「葵絲•帕拉亞」。
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雖然新吉翁軍的宣戰已浮上檯面，但聯邦軍因為對夏亞的存活抱持懷疑，輕忽了其威脅性，導致了後續一連串失守。
3月3日，新吉翁艦隊從甘泉出發，對聯邦軍「月神V」發起鎮壓，隆德•貝爾前往支援月神V。
3月4日，在月神V被點燃引擎後，夏亞駕駛MSN-04(沙薩比)掩護其部下「裘尼•韓斯」的MSN-03(亞克托•德卡)撤退，並與駕駛RGZ-91(Re-GZ)的阿姆羅交戰，阿姆羅在纏鬥中對夏亞展開質問：
「為什麼要把這種東西墜落到地球？」
「這樣會讓地球寒冷化而無法再住人的！核子的冬天會到來阿！」
「居住在地球的人們，只會為自己著想，所以我要對他們發起制裁宣言！」
「人是可以隨便去制裁別人的嗎？」
「是我以夏亞•阿茲納布爾的名義去制裁的！阿姆羅！」
「你太自以為是了！」
「因為地球已經撐不下去了！」
最後，夏亞成功帶著裘尼撤退，而阿姆羅則回到隆德•貝爾旗艦「拉•凱拉姆」，並等待Side2的雷射砲支援。
不過遲來的雷射砲攻擊並沒有對墜落中的月神V造成有效的打擊，甚至還在發射中因為新吉翁擁護者們的潛入攻擊，直接癱瘓了控制室，導致發射終止。
這場行動帶著宇宙之民對地球聯邦滿滿的憎惡，讓新吉翁軍成功將月神V投往聯邦軍本部所在的拉薩。
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另一方面，在機場準備辦理登機的葵絲與其父親亞迪納瓦，因為是靠著聯邦軍參謀本部「約翰•鮑瓦」的人情，得以優先上機，因此在現場看到帶著約翰推薦信的「米萊•諾亞」一家被阻擋，亞迪納瓦私下讓管制人員通融，最後破例讓米萊一家選出一位乘客可以一同搭乘航班，而這位得以一同搭乘航班的人正是「布萊德•諾亞」之子「哈薩威•諾亞」。
哈薩威與葵絲就在這一架前往Side1「羅德尼翁」的宇宙民航機上認識。
而在地球軌道航線中，哈薩維他們的班機正好與墜落中的月神V擦身而過，他們目睹了月神V突入大氣層。
最終，月神V如夏亞計畫的，墜落至拉薩市，將整個拉薩地區連同古城一同化成虛無。
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在艦內的阿姆羅對於無法阻止這件慘事而感到憤怒，並不解道為何這兩年間幾乎調查了所有的殖民地，但卻無法掌握夏亞在組織軍隊的事。
於是，為了更進一步追上夏亞的行動，阿姆羅獨自駕駛「89式基座承載機」前往了月球。
