介紹完基本的營業稅申報流程後，我們今天來介紹營業稅申報中的一種特殊情形，總、分公司
目前已知的總分公司，指的是有不同的申報單位(這邊不同的單位，區分在於統一編號不同，如果是營業處分處，但是使用相同的統編，則視為一個單位)，而且彼此之間有總、分公司的情況，以營業稅的申報方式來說，分成兩種情形：
A.各自申報、各自繳稅：總繳代號僅需選擇單一機構報繳，無須理會其他設定，視同於兩家獨立公司
B.若有向國稅局請統一由總公司進行繳稅，分公司僅進行申報動作，才為以下敘述的總分公司
當您符合有總分公司，且有跟國稅局單位申請由總公司繳稅(簡稱總繳)，另外，總分公司還有一個額外的選項，就是"進銷項資料併總公司合併申報"，這個選項是否需要勾選，要看您在向國稅局申請總繳的時候有沒有一併申請，勾選與否會影響後續系統的操作步驟跟最後申報上傳的內容，建議確認清楚。
(進銷項資料併總公司合併申報的意思，就是將全部公司的進銷項，統一合併到總公司的進銷項媒體檔案內，等於總公司的TXT中，有全部公司的進銷項資料)
(請看申請的後國稅局提供的公文，仍不清楚建議洽詢管區國稅局協助確認)
我們分開來介紹：
1.有申請總繳，且"有"申請進銷項併總公司合併申報在申報營業稅程式操作時注意：
A.營業人基本資料設定時，總公司的總繳代號應選為"總機構彙總報繳"，而且要將"進銷項資料併總公司合併申報"這個選項勾選起來；分公司的總繳代號應選為"各單位分支機構分別申報"且填上總公司的統編，進銷併這個選項也要記得勾選
B.因為進銷併，我們需要透過系統轉出合併後的總公司進銷檔，所以步驟2的進銷項資料，需要有每一個單位的進銷項資料；當然，實際作業上可能是各分公司登錄確認好進銷項後才提供給總公司申報，所以如果您是彙總申報的操作者，可以透過系統工具列中的媒體檔匯入，進銷項資料，把各個公司的媒體檔匯進來系統中，但是匯入的時候要注意一點，就是要記得先匯總公司，再匯分公司，來，先匯總，再匯分，念3遍，很重要，因為操作順序錯了，資料就會有缺少
C.步驟4進銷項資料轉出時，只要轉出總公司，步驟5進銷審核時，也只需要審核總公司，但是，進銷項統計列印時，全部公司的統編都要看到(除非某分公司沒有任何進銷項，空檔情況下就不用產生統計表)
D.在進行步驟7申報書登錄時，當有申報總繳，總公司的申報書會變成有兩張不同的申報書，一張是彙總報繳，就是包含全體公司的進、銷項總數字，系統也是透過這些總數字，計算您最後應該要繳納多少營業稅；另外一張是各單位分支機構分別申報，這張申報書只有會"總公司自己"本身的進銷項，而且稅額計算的欄位金額都是0；
操作時建議先從分公司開始登錄，逐一確認各分公司的數字是否正確； 再輸入總公司的統編時，系統會出現讓您選擇，一樣建議先從各單位分別報繳開始，輸入完畢後系統會詢問您是否要登錄另外一張，選擇YES後就可以跳另外一張彙總申報書
E.在進行步驟9申報書轉出時，每個統編單位都需要轉出申報書檔(路徑記得與步驟5統一)
F.步驟10、步驟11審核需要全數通過
G.步驟12繳稅方式只需要登錄總公司要使用的繳稅方式(分公司不需繳納，無須操作)
H.步驟13申報上傳，如果使用單家申報上傳，請"每一個統編"都要記得上傳
2.有申請總繳，但"沒有"申請進銷項併總公司合併申報，在申報營業稅程式操作時注意：
A.營業人基本資料設定時，總公司的總繳代號應選為"總機構彙總報繳"；分公司的總繳代號應選為"各單位分支機構分別申報"且填上總公司的統編
B.因為沒有申請進銷併，所以進銷項資料沒有必要匯入到申報系統中，如果需要匯入，也沒有特別需要注意先後順序
C.如果資料是透過系統建檔，步驟4轉出進銷項媒體檔的時候，要轉"全部"的公司(每個統編都要打一次，或統編欄位留空白，系統會轉出全部已建檔的資料)；步驟5進銷審核時，每一統編都要進行審核，而且可以產生統計表
D.步驟7以後的操作就跟上面完全相同了
看完介紹，我們來看一下實際操作的相關畫面(與一般申報相同的部分就不show了)
1.在營業人基本資料部分：
這邊有幾點提醒：
A.因為分公司需要輸入總公司統編，所以在系統建檔營業人基本資料時，需要先建立完總公司基本資料，才能建立分公司基本資料，否則就會出現以下這個畫面
B.在建立分公司的時候，因為有輸入總公司統編，所以"直接扣抵法"跟"進銷項資料併總公司合併申報"這兩個項目，會跟著總公司的設定，簡單來說，如果總公司有勾選直接扣抵法，就算分公司不勾選直接扣抵法，存檔後您會發現，系統還是自動將這個設定勾選...恩，延伸的情況就是，如果這兩個設定有要異動，需要先修改總公司，再修改分公司，否則您會發現，不管怎麼改，資料還是異動不過來(勾選怎樣都無法取消，或怎樣都無法勾選...通常是分公司)
2.如果您是屬於進銷項資料併總公司合併申報，在進行步驟五進銷審核時，只要審核總公司，如果資料沒有重大異常，在進銷項統計列印時，會同時看的到總公司、分公司的資料(如果進銷項沒有合併申報，跟一般申報單位操作相同)
3.在申報書登錄時，建議先從分公司開始做起，畢竟總分公司最麻煩的一件事情就是彙總申報書的數字不正確，從下往上確認，那一家的資料錯誤應該可以比較快速找出問題：
A.輸入分公司統編後，系統會帶出相關資料，不同的是，右上方的註記欄會勾選各單位，而且申報書的頁簽中，沒有稅額計算的欄位
B.當您輸入的是總公司統編，系統會先出現提示訊息讓您點選，還是建議先從各單位開始，這裡的各單位分別報繳，指的是"總公司自己本身的申報資料"，不含分公司的部分，所以畫面會跟分公司的申報書操作一樣(沒有稅額計算)
因為沒有稅額計算，只需確認相關欄位資料正確，輸入"總公司本身"使用的發票份數，即可按新增進行存檔作業，新增成功後系統會出現這個提示(這訊息只有在第一次申報書還沒有資料的時候會出現)
當您點Yes，系統就會自動切換到另外的申報書，以剛剛的操作範例，因為我們先選擇各單位，所以系統會切換到彙總申報，沒有出現上面的訊息的話，也可以再次輸入總公司統編，選擇彙總報繳
彙總申報的申報書，帶出來的進銷項數字，就是總公司+分公司全部的進、銷總數字，且根據這些數字進行應納稅額計算；另外，提醒一下，雖然是總公司的彙總申報書，但系統帶出的使用發票份數的提示，還是只針對總公司這個統編的使用發票數，並不會幫您加其他分公司使用發票，須請您自行計算後填入(其實系統不會檢核數字正確性，有銷項資料的情況下，只要使用發票份數不為0，即可通過，但各管區是否有意見，就看各稅局的作法了)
接下來的其他操作，都跟一般的申報單位相同，這邊就不重複，比較特別的是，您在步驟12的繳稅方式，是看不到分支機構的分公司的選項的(因為不需要繳稅)
最後，再次提醒：
1.即使是總繳，分公司自己還是需要上傳申報(就算沒有進銷也要)；
2.營業人基本資料的進銷項資料併總公司合併申報會影響到系統最後上傳資料情形，所以務必確認清楚：
A.有勾選進銷項資料併總公司合併申報：系統上傳分公司資料時，即使路徑下有，也不會上傳分公司的進銷項TXT檔案
B.沒勾選進銷項資料併總公司合併申報：系統上傳分公司資料時，會一併上傳分公司的進銷項TXT檔案
(以前有案例，因為使用者的營業人資料設定跟當初向國稅局申請的情況不一致，導致上傳的資料多餘或缺少，因此建議這個項目要弄清楚，免得申報期後還要被國稅局追著跑....)
恩，總分公司介紹到這邊，恭喜大家看完這長篇大論
