2003年伊拉克戰爭中的MIM-104愛國者遠不如它在1991年首次上陣時那樣引人注目，因為伊拉克已經在聯合國監控下銷毀了飛毛腿飛彈，伊拉克失去對聯軍內陸基地最可靠的攻擊手段。不過伊拉克仍然擁有諸如Ababil 100等長程地對地火箭。伊拉克在聯軍斬首失敗後立刻對科威特發射了5發火箭作為報復。但美軍在海上的柏克級驅逐艦希金斯號(USS Higgins)在火箭升空的兩秒內發現目標並定位起飛點並傳輸給空軍進行反擊，14秒內生成攔截方案並傳送到陸軍27個PAC-3飛彈連中的一個。很快的兩架F-16對發射點進行了轟炸，PAC-3則攔截全部的火箭。
最終愛國者在攔截來襲彈的表現上可說是不錯，聯軍評估結論是PAC-3攔截了伊拉克所有火箭和大部分飛彈，少數例外的是2枚CSSC-3反艦飛彈，這些飛彈從法奧半島低空飛向科威特，而附近的愛國者飛彈連都在偵查高空，忽略了低空威脅，所幸CSSC-3精度過差，一枚命中海堤，一枚命中沙漠，沒有造成損失。此外有4發火箭或飛彈因系統評估不構成威脅而未進行攔截，這套分析機制被認為是可靠的，其中1發升空後不久自爆，2發落入水中，1發命中沙漠。
然而，真正讓愛國者再度成為話題的，卻是它引發的幾次誤擊事件。
第一起誤擊發生在3月23日，1架英國皇家空軍的龍捲風GR4(呼號Yahoo 76)在完成對巴格達空襲後返回科威特路上被擊毀，兩人陣亡。Yahoo 76當時剛返回友軍空域，也尚未和科威特的空管員聯繫上。而當Yahoo 76準備返回機場時未遵循安全走廊返航，且在短時間內降低了高度，導致愛國者的電腦將其識別為一枚反輻射飛彈。
根據事後調查指出，該架龍捲風的IFF設備雖然有符合規章的檢查，但愛國者飛彈連並沒有收到模式4的IFF答覆；而雖然聯軍規範下也可用模式1回復，但愛國者飛彈連的數據庫沒有記錄模式1代碼比對，需要飛彈連用數據鏈接收其他單位分享的代碼後手動顯示比對 - 然而該飛彈聯的通訊套件還沒運抵，只能通過鄰近飛彈連的無線電中繼和飛彈營聯繫，自然也無法接收模式1代碼。
沒有通訊套件帶來的問題還不只如此，僅憑無線電帶來的另一大問題就是飛彈連無法接收空域圖像進而更好的理解周遭空域動向，進而影響飛彈連操作人員對Yahoo 76真實身分的判斷力。同時雖然其他同樣在追蹤Yahoo 76的美軍預警機接收到僚機Yahoo 75的IFF回復，很快將Yahoo 76判斷為友軍單位並將他們的軌跡整合到空域圖像上，然而肇事飛彈連不僅因為沒有數據鏈無法共享空域影像，也由於無線電傳輸的延遲問題，他們選擇盡快做出反應以至於來不及接收友軍的否認。
英軍調查單位亦指出愛國者擁有強大而齊全的數據庫紀錄了全世界幾乎所有已知反輻射飛彈飛行剖面特徵，但這導致的副作用是友軍飛行器飛行剖面正好與某一款飛彈相符機率很高。雖然營指揮部可以通過共享已知的伊拉克反輻射飛彈特徵資訊到飛彈連數據庫進行更精確的篩選，但肇事飛彈連沒有和營指揮部的數據連線，而營指揮部也沒有提供篩選對象的目錄讓肇事飛彈連手動對數據庫進行篩選。
在不到24小時候第二起誤擊發生，該事件發生在納杰夫(Najaf)附近，1架F-16CJ在執行SEAD壓制任務時遭到雷達追蹤，系統標示為未知威脅，飛行員隨即發射一枚AGM-88 HARM飛彈命中雷達 - 然而這是一組愛國者飛彈，雷達被擊毀但值得慶幸的是無人傷亡。有說法指出當時該飛彈連遭到敵軍砲兵打擊，組員在設定成自動交戰模式後就疏散到外頭尋找掩護了。而儘管愛國者在判斷來襲目標為反輻射飛彈且即將命中時，系統會強制關閉雷達，然而他們面對的是AGM-88，該型飛彈電腦會將目標數據存儲到慣性導引設備，如果雷達關機的太晚飛彈仍有一定概率可以憑藉慣性導引毀傷目標。
而這背後還有個略帶諷刺的巧合:愛國者的雷達被設計為獨立運作無須人員職守操作的，其搜索結果統一傳送到AN/MSQ-104接戰控制中心(engagement control station，ECS)處理。而考慮到HARM同為雷神所開發，很可能雷神公司設計之初就是基於反輻射飛彈威脅才刻意採取這種設計，當然雷神工程師肯定也不會預料到這項設計首次發揮功能的場合是面對自己的另一項著名產品時。
飛行員也指出，F-16CJ雖然擁有強大的資料庫紀錄大部份華約國家雷達訊號以利分析識別，但卻不包含愛國者的，因此會將其判斷為未知威脅。
最為戲劇性的事件發生在4月2日，1架海軍的F/A-18C在完成轟炸返航過程中被愛國者擊落，飛行員當即陣亡，他的僚機則幸運避開。當時陸軍已經通過龍捲風的誤擊事件得到教訓並下令愛國者飛彈連必須和營指揮所聯繫共享資料，由營指揮所判斷可否交戰，而肇事的愛國者飛彈連探測到一個被判定為彈道飛彈的目標並立即回報，營指揮所下達了[讓發射器準備好]指令，結果愛國者飛彈連誤以為要切換成自動交戰模式 - 然後就自動交戰了。
事後調查團隊檢查周邊其他單位的紀錄發現，這個飛彈連交戰對象並沒有出現在其他飛彈連的雷達中。很可能是因為前線愛國者系統密度很高，飛彈連雷達很容易接收到鄰近雷達搜索時的脈衝訊號，導致生成假目標，這種情況在伊拉克自由行動期間多次發生，有時會很快被系統自動濾除，但有時來不及。雖然飛彈實際上也不是對準F/A-18而是針對假目標，但很顯然有主動雷達的愛國者3型在找不到不存在目標的情況下會自己挑一個搜索範圍內的目標打 - 也就是F/A-18。
更為嚴重的是，2架F-15E又被召喚到當地搜尋墜機點和飛行員生還跡象，然而他們未被告知F/A-18是損失於友軍防空系統，因此認為當地仍有生還的伊拉克防空單位威脅。當他們靠近時看到地面上的火光，立即判定是敵軍防空火力並準備發動空襲。雖然當時正處於第5軍管理的FSCL線內，飛行員試圖先和第5軍聯繫確認是否為友軍地面活動，但卻沒能聯繫上。於是他們呼叫鄰近的E-3轉發攻擊請求到CAOC；但預警機在確認地面態勢之前就判斷F-15E有立即性危險，直接授權攻擊，F-15E隨後投放了GBU-12導引炸彈。
然而這火光實際上來自第5軍的39砲兵團1營D連陣地的MLRS，更不幸的是為了避免被伊拉克軍發現，該連當時關閉了紅外線頻閃燈，可通過紅外線設備看到的熱成像識別板也未被F-15飛行員看到 - 而其他單位的使用經驗表明這項設備有效距離很短，AH-64可以在3公里外看到，但其他單位通常只能在1公里以內看到，高速噴氣機則幾乎無法識別。這起意外造成陸軍3死6傷。
這些擊落事件的背後還有著更多沒有發生真正悲劇的意外，後來CAOC甚至建議飛行員不要只用IFF的軍事專用模式4發送加密識別訊號，還要同時用模式2發送非加密識別訊號，這可以避免重複Yahoo 76的IFF模式4故障後就毫無備份的問題，但會也導致敵人可能接收到這些無加密也無指向性的識別訊號。
在第二次誤擊後空軍的不滿和質疑爆發了，他們直接表示愛國者不應在沒有空軍直接授權情況下開火 - 那怕系統發現一枚反輻射飛彈正直衝他們而來。他們受不了回到友軍空域後甚至還要比在敵軍空域時更加提心吊膽的擔心又被這些精度、反應速度和抗干擾能力遠在以往面對的舊式蘇聯防空系統之上的愛國者誤判後攻擊。當然這種授權限制導致的後果就是愛國者幾乎不可能及時攔截像彈道飛彈或長程地對地火箭這類速度極快的目標，值得慶幸的是戰爭也到了尾聲，伊拉克沒有機會發動更多反擊。
許多聯軍飛行員都認為愛國者的威脅甚至要大於任何伊拉克防空系統。而且由於愛國者經常需要伴隨地面部隊的推進而移動，但重新佈署後又往往會先完成進入戰備狀態後才連接空中圖像或者向聯合空中行動中心回報他們的新位置，結果愛國者經常不知道他們附近的友軍航空動態，而航空單位也不知道愛國者此刻在哪裡。而為了提升發現目標後的反應速度，很多愛國者防空單位會設定在自動交戰模式，缺乏人為介入識別的空間。結合前述的識別問題，IFF經常從最後保險成為唯一保險 - 不幸的是IFF並不是百分之百可靠。
誤擊事件後美軍反省的方向不是IFF的可靠性，而是更高層次的問題 - 他們該對電腦寄予甚麼程度的信任?
反思的根源是愛國者設計之初的賣點，愛國者是一套追求高度自動化且數位化的武器系統，只須設定好防禦區、供友軍航空器通過的安全走廊與雷達掃描方向後，系統就會自動分析空域內所有搜索到的目標。在早期愛國者只有半自動與自動兩種控制模式，而兩者的唯一差異也僅僅是半自動模式下TCA必須手動指定交戰對象並按下開火鍵，其他無論是目標類型識別與敵我判斷、交戰必要性、火控方案、是否進行後續射擊、是否關閉火控雷達(如果判斷為反輻射飛彈攻擊時)等流程完全由電腦完成。
愛國者的自動化程度帶來的另一個問題是作戰系統自動化程度導致人員縮減得相當精簡，其AN/MSQ-104只需保持3人值守，分別是負責TBEQ的目標指定的戰術控制助理(TCA)、負責和其他愛國者飛彈連與單位聯繫的通訊員，以及負責識別目標以及監督TCA的戰術控制官(TCO)，這對系統的多目標交戰能力至關重要，但也導致有限的操作人員經常無法有效監控並在發現異狀時介入。
愛國者的自動化交戰邏輯是基於國家反彈道飛彈防禦性質的衛士計畫(Safeguard Program)相關成果發展的。而國土反彈道飛彈防禦針對的是錯漏一發後果都難以承受的核洲際彈道飛彈，因此它的設計邏輯更要求反應速度和精度，而非精細的識別。
實際上愛國者服役之初它的目標判斷機制以及誤擊風險就已經陸續展現問題，1988年的演習中美軍模擬了IFF和無線電受到強烈干擾環境下空軍與愛國者共處同一交戰區域時的情境，結果讓人憂慮 - 在失去IFF輔助時愛國者有高達一半機率向友軍發射飛彈，而當IFF重新投入運作後誤擊機率才降低到6%。
儘管如此，美國陸軍遲遲沒有去深入研究並改善，反而一昧的要求操作人員追求時效的快速決策，並無條件信任愛國者的自主交戰能力。這在假想的歐洲第三次世界大戰環境是有必要的，正常人不可能具備同時分析和應對數十乃至上百個目標的能力，即便誤擊率上升也是可接受的犧牲。
然而在空域幾乎完全被美軍牢牢掌控的波斯灣則不然，愛國者帶來的誤擊風險，以及航空單位為了便於識別而在效率上做出的犧牲，相較於它所需要攔截的少量來襲彈而言則顯得不太合算 - 更不用說這些來襲彈全都缺乏可靠且高精度的導引設備，或根本沒有。
最終陸軍也接受了一個事實，即不能一昧地認為電腦必然比人類更可靠。電腦的分析與決策過程往往是根據預先設想的作戰環境制定相關邏輯，但設計時的作戰環境往往太過有限且友善，難以反應更加複雜的實戰運作環境。隨後愛國者的修改和升級項目之一就是允許操作人員介入與監控電腦決策過程，同時也在訓練上鼓勵訓員介入以便更好的理解他的武器在想什麼。
