森林裡有一座小學，外觀恰似融入森林的大自然般，土黃的矮牆，殘破不堪的大門，高掛在牆上的校名也斑駁不已，就連樹藤也恣意地將它纏繞其中。而眾人早已忘記它原先的名字，改稱它為「森林國小」。
對那些學生而言，森林也是學校的一部分：翠綠的樹葉、鮮豔的花朵、甜美的果實、冰涼的溪水……等，偶有風兒吹過，嘩地吹亂頭髮、舞動樹梢，動物們也一同玩耍，時而闖入校內觀課。那些孩子甜膩地說動物是他們的好朋友，動物們或許也如此認為，毫不害怕。只有一個孩子，名叫小文，可真讓牠們頭疼。
小文就讀森林國小三年級，是班裡的開心果，總為班裡帶來歡笑，就連原先火冒三丈的老師，只要小文一開口，皺緊的雙眉與憤怒便會消失的無影無蹤。然而，小文卻也是校內最有名的調皮鬼。有一回，校長偶然發現，用心種下的樹木竟結了一窩鳥巢！全校都很開心這新生命的成長，也更加小心呵護，小文呢？他竟在某日將樹給砍了！校長氣得連話都說不好，顫抖的雙唇努力吐出：「你……你竟然把樹砍了！那些孩子還在上頭呀！你知不知道自己幹了什麼！」小文卻嘻皮笑臉的回答：「我可沒傷了鳥，那些小傢伙早就被我移到那棵樹了，喏！還活著吧！」校長顧不得斷了兩截的樹木，急忙檢查枝頭上的雛鳥們。老校長對於小文這些調皮的行徑也感到束手無策，不禁輕嘆：「你這調皮的小傢伙呀！總有一天會吃到苦頭的。」
這天，小文發現路旁有許多的小蝸牛，他急忙衝回家中，拾了一把鹽巴過來，將它撒在蝸牛身上。看著蝸牛身上的水分不斷析出，恰似融化般，正午的豔陽打在那攤黏液上，閃耀著點點光芒，與一旁土黃的空殼形成對比，小文也忍不住讚嘆。突然，有位老奶奶敲了敲小文的頭頂，嘶啞的聲音喊道：「小丫頭，別欺負牠們，這些小生命多可憐吶！」他卻頭也不抬地說：「那又怎樣，這些傢伙這麼小，少個一隻兩隻，也不會有人注意到。再說，這多有趣啊！」老奶奶搖搖頭，不知從何拿出一支筆，在小文的左手背上打上紅色的大叉叉，小文嚇得急忙抽出手，老太太卻早已消失的無影無蹤，只剩不遠處傳來的聲響：「等你成功幫助透明人後，魔法才會解開。」小文心想：哪來的怪老太婆，更何況，透明人又看不見，要怎麼幫？
遇到這番怪事，他早已失了興致，只想早點回家清洗雙手，然而，這一路上，許多人像是沒看見小文似的，又是踩到他的雙腳，又是將他撞倒在地上，彷彿他是空氣般的存在，連一聲道歉也沒說，頭也不回的繼續行走。小文費了一番力氣才回到家中，他急忙地去洗了雙手，儘管雙手早已刷的通紅，那「塗鴉」仍不受影響，且雙手竟呈現半透明狀，只得隱約看見輪廓！在他無意間抬起頭時，鏡子裡竟也沒有映出他的身影。他變成透明人了！
小文開心極了！連忙跑去偷玩鄰居哥哥家中的電動，再跑去高級餐廳裡享用美食，總之，那些平常不被允許的事，他幾乎都做了。
再次回到家中，天色早已昏暗，他開始著急：爸媽會不會擔心我？我會一直這樣嗎？然而，當他一打開門，只見爸媽、老師、鄰里住戶們都聚集在他的家中，小文不斷叫喊著，卻始終沒人聽見。只見爸爸憤怒的說：「小文那孩子肯定又是去哪惡作劇了！到底什麼時候才能學乖！別老是都大費周章去尋找，太慣他了，別理他，肚子餓就會回來了。」小文只覺得好生氣、好生氣，便拿起石子打破窗戶、踢倒垃圾桶、打開家中大門，試圖讓外頭寒冷的北風進門。
奶奶拿出報紙，擋住窗戶的破洞，悠悠地說：「今年的風還真大呀！窗戶是不是被吹來的小石子給打破的呢？」
妹妹扶起掉落的垃圾桶，撿起散落一地的垃圾說道：「是誰又把垃圾丟這麼滿啦！怪不得會倒，真是的，肯定又是臭小文。」
媽媽關起大門說道：「這門鎖也沒壞著，怎麼會打開呢？唉……看來真是小文那傢伙在惡作劇。」
小文心裡一陣寂寞：難道，沒人在乎我嗎？
隔天一早，小文決定前往學校，「總會有人發現我的吧！」他在心中默默祈禱著。然而，仍舊沒有人發現他，甚至，他發現：少了他，教室依然充滿歡笑。他不得不接受事實：他變成透明人了。
「那個人也是我們班的嗎？」一位女生坐在教室的角落，她有著一頭烏黑的長髮，膚色蒼白的看不見一絲血色，雙眼的澄澈似森林中那股清泉，而窗外透入的陽光卻照不到那個位置，使她顯得更為沉鬱。原來她叫做小空，只是她的存在感非常低，就連老師也不時忘記她的存在，更不用說班內的同學了，多和小文一樣：從未發現她。
這堂課，老師要求同學兩人一組進行活動，班裡有33位同學，老師將其中一組調為3人一組，小空又再度被遺忘。小文忍不住走到小空的座位旁，在她桌上那凌亂的紙張上寫下「你不和老師反應嗎？」小空愣了一會，緩緩寫下「不用，我習慣了，你是誰？」自此，他們便開始一來一往的在紙上留言。
「我是透明人，你會害怕嗎？」
「好酷！我才不怕，況且，沒有比孤單更令人害怕的事了。聽說我們班的小文不見了，大家都去找他，但如果我不見了，也沒人會發現吧……」
「才不會！一定有人會發現的。」
「可是，這班上也沒人認識我啊！」
「說不定你說的那個小文知道啊！」
「也許吧？但他不見了。不過沒關係，現在有人認識我。」
「誰？」
「你，透明人先生。」
他們每天都在學校裡聊天，小文也更加了解小空，但小空仍然沒有和其他同學互動，總是隻身一人。又過了好幾天，小文忍不住問：「你不試著和其他人交朋友嗎？」小空寫道：「可是，我會怕，如果沒有人理我該怎麼辦？」
「去吧！我會陪著你的。我相信你可以的。」小文寫下。良久，小空寫下：「我如果成功了，你還會在嗎？我們還能聊天嗎？」她以非常細微的聲音說：跟你當朋友我真的很開心，我不要你消失啊……。小文清楚聽見了，也愣住了，胸中有一股難以言喻的波動，他不明白，他顫抖的寫上：我不會消失，我們會再次見面的，一定會的，我們是朋友啊！
不知從何時起，他手上的叉叉早已淡的快看不見了……。
