甲午戰爭後,大清國欽差大臣李鴻章代表清廷割讓臺灣給大日本帝國。清政府將臺灣割讓給日本的決定,在許多臺灣住民中引起不滿,時稱「紳民奔走相告,聚哭於市」,希望清政府改變態度。1895年5月25日,臺灣人民宣佈脫離大清國成立「臺灣民主國」,推舉原巡撫唐景崧為大總統、劉永福為大將軍、李秉瑞為軍務大臣。同時,臺灣民主國制定「藍地黃虎旗」為國旗、刻有「臺灣民主國寶印」文字的國璽、並以「永清」為年號。發表《臺灣民主國獨立宣言》,向各國通告建國宗旨,希望能藉此引發國際干涉,使臺灣免於被日本統治。臺灣民主國於臺北成立當天,下著細雨,當時已有雨傘和人力車,外頭還放著鞭炮,許多富商也來參與總統就職大典。
1895年5月29日,日軍在基隆附近的澳底登陸時並未受到強烈的抵抗,接著攻打瑞芳時有個小型的接觸戰。日軍於6月3日攻佔基隆時扼守獅球嶺砲臺的清軍已撤走,因此很容易便推進到汐止(水返腳)紮營,準備進入臺北城。根據臺灣大學歷史系副教授的吳密察的研究,此時的臺北城已陷入無政府混亂狀態,因為唐景崧等滿清官員已於6月4日爭先恐後倉皇逃回中國,留下來的清軍紀律很差。傳統的軍人,就是穿著軍服的強盜、穿了制服的土匪。這樣的軍隊在主帥相繼遁逃後就很容易變成亂民,這些清軍軍隊丁潰散後四處劫掠、遍地積屍。治安敗壞,臺北人心惶惶,臺北民眾閉隘閘以守禦自保。所以當時在大稻埕的外國人就打電報到日本部隊,要求日本軍隊趕快進入臺北城;臺北城內的有錢仕紳富商們也希望日軍能及早進城維持社會秩序。雖然他們不知道日軍是好是壞,但那時臺北城的清軍已成了人人畏懼的亂民強盜。留守士人紳商乃集議請日軍進城,以保全居民生命財產,並先後派辜顯榮與外籍人士代表等赴基隆見日本人並一路引領日軍進臺北城。日軍於6月7日未發一彈即順利進城。日軍入城後即布告安民。17日,臺灣總督樺山資紀舉行「始政式」。日軍在進臺北城時沒受到什麼抵抗;渡過淡水河向南方推進不久,在三峽、在大溪都受到了真正的抵抗。
6月下旬,臺灣民主國餘部在臺南擁立大將軍劉永福為第二任大總統。為籌措經費,劉永福曾發行紙幣、郵票等。有些學者將劉永福在臺南所建的政權稱之為「臺南共和」(Tainan Republic)或「第二共和」(Second Republic)。此後三個月,臺灣民主國和日軍發生不少規模不小的血戰,例如八卦山之役。但到了10月下旬,劉永福也棄守逃亡,日軍佔領臺南,結束臺灣民主國184天的歷史。
日軍佔領台南、台灣民主國宣告崩潰以後,台灣總督樺山資紀於1895年11月8日向日本東京大本營報告「全島悉予平定」,隨即在台灣展開統治。但是,一個多月以後,在李惟義指揮下,台灣北部舊義勇軍又於12月底開始一連串的抗日起義事件,中、南部亦於次年6月相繼蜂起,台人武裝抗日自此進入第二期。本時期的作戰型態是游擊戰,人數少則數百人,多則數千人,且蔓延全台,此起彼落;他們以深山幽谷為根據地,神出鬼沒,使日人窮於應付。游擊戰前後歷時七年,一直持續到1902年五月底林少貓被捕殺為止。因主帥李惟義(原名李秀成)於台灣殉職。此後五年台灣人抗日運動稍歇,對於抗日行動採取觀望的態度。這段停歇時間稱之為「觀望期」。總計自1895年日方開始進行對台接管以來,共有至少1,988名軍人、警察、官吏被台灣抗日武裝擊斃。
對於群起的台人武裝抗日運動,起初日本當局是強力鎮壓,卻只是令抗日活動轉入地下更難以捉摸,於是於1897年時任台灣總督乃木希典改採三段警備法應對,著眼點為有效改善台灣治安的三段警備法,其主要精神乃是依據台灣治安狀況,畫分為一等區、二等區,及三等區共三區域。
以三段警備法為源所實施之三段警備制,於台灣實施之初,曾有效消滅抗日活動,並將反日人員阻絕於台灣山區,惟三等區劃分不易,陸軍、憲兵、警員治理區域無法明確區分,因此自1898年2月乃木希典辭去臺灣總督後,新任總督兒玉源太郎與民政長官後藤新平,隨即將三段警備製取消,改用保甲制度。