台灣發展氫能的挑戰不小：
1. 氫氣的來源問題：台灣目前氫氣大部分是靠SMR(蒸汽甲烷重組）將進口的天然氣透過高溫蒸氣轉換為氫氣，平均每產生1CMH(立方米/小時）的氫氣會有約1公斤的碳排放；只有少部分是採用電解水的方式產生氫氣、此部分目前用台電工業用電、每產生1CMH氫氣約耗5度電（等同2.5公斤的碳排）。
2. 氫氣的壓縮儲存及運送成本很高：如果可能的話 氫氣供應會盡可能靠近用戶端，例如某半導體公司南科廠的氫氣是直接從附近的氣體廠直接拉管線供應，以及在特定廠區週邊設置電解水製氫機等。另外、氫氣壓縮超過10大氣壓的話，會被列為丙類危險性作業場所。
3. 氫氣的安全顧慮：氫是自然界中最小的分子、MIE約0.02毫焦耳、意味著當氫氣洩漏累積濃度超過4%(40000ppm)以上時 很容易產生爆炸危險；儲存槽、閥件管線因外力撞擊或氫脆等現象造成裂縫時容易外洩，因此 日本、韓國及歐洲等國家在設置加氫站時都面臨不小的民意反對。
在許多工業生產製程(例如 半導體EUV，粉末冶金熱處理...等)，氫氣被用作保護氣體，製程中消耗的氫氣不到 1%，而剩餘的99% 則被排放掉，最終經由Scrubber燃燒或稀釋後排至大氣中造成浪費、碳排與安全顧慮。以EUV先進製程使用的ASML NXE3800機器為例，一台氫氣使用量接近800slm(等於48CMH)，以運轉一年稼動率 95%來估算、100台一年總共約使用4000萬立方米氫氣，這些氫氣來源若是採用電解水製氫技術的話 則製氫過程需要耗電約2億度的電。將EUV製程排放含有氮氣等其他雜質的廢氫 (通常氫氣純度應該還有60%以上) 加以回收並純化成5N純度的氫氣 (99.999%等同氣體廠供貨的純度) 後再利用，純化後的氫氣用來發電的話 每1立方米可產生約1.2kWh的電力(約3~4 NTD的經濟效益)，如果回收給製程使用的話每1立方米氫氣可產生至少30 NTD的經濟效益。
氫能適合在有多餘綠電來製造綠氫的國家，台灣綠電不足、地狹人稠 發展氫能會很辛苦。台灣是半導體製造重鎮、尤其是先進製程會使用及排放大量氫氣，如能利用廢氫回收純化處理技術、可再利用這些廢氫促進循環經濟與節能減碳，也可減少天然氣使用以及製氫場地興建面臨民意抗爭的問題，是一個可以考慮的方向。
