相信對於大多數今天的（都會、網路）讀者而言，百合和洋蔥沒有什麼關係。百合是一種花，盛開時像朵喇叭昂然挺立，盡情展現自我，洋蔥則是一種食物，內藏會讓人流淚的秘密物質。
百合是百合，洋蔥是洋蔥，兩者似乎沒有特殊的「植物與植物」關係，何必同框討論？
百合和洋蔥
仔細研究百合，就可以發現百合花是從「鱗莖」上長出來的。這種莖的外部生有一層又一層的鱗片狀葉子，有輸水功能的莖則在中心，而且通常埋在地下。所以我們到花市買切花時，多半都沒有看到鱗莖。
至於洋蔥，在植物學的分類上，我們就是吃它的鱗莖（或稱球莖），所以在菜市場我們也很少有機會看見洋蔥的花。（注：根和莖的差別是在功能，所以是一種功能分類。根的主要功能是定著、莖的主要功能是往上長。）
但是，十八世紀的博物學家注意到了洋蔥和百合都有鱗莖，所以當他們著手準備將植物好好分類時，他們決定將某些植物先依某些特徵放在一起，百合和洋蔥就這樣被送作堆。之後，再繼續往下細分，好讓最後每一種植物都可以有一個「拉丁學名」。
這樣做有什麼好處？
最簡單的答案是：當時環遊世界的人們發現很多植物明明是同一種植物，卻在各地會有不同的名字。
這種現象到現在仍是如此。以（台灣所稱的）洋蔥為例，北京人稱其蔥頭、甘肅人稱洋蒜、新疆人稱皮牙孜，這對喜愛收集各地植物研究然後一起研究的博物學家來說，可真是困惑！
到底要怎麼稱呼這些看起來像發胖的水滴，而且一被切開，就會使人的眼睛開始閃爍淚光的食物呢？
「學名制」的好處讓各地不同的「植物學人」一聽到「植物的學名」就知道他們是同一種的，只是在各地有不同的「名稱」而已。
林奈最初的分類系統同時還將植物依不同的分類標準，分成五層分級結構：綱、目、屬、種、和變種。基本上，今天通用的植物分類形式也仍是採取這種分級結構，只是層次不同而已。
如前所述，在沒有DNA技術的時代，百合、洋蔥、韭菜和大蒜就因為都有「鱗莖」所以都被放在「百合科（目）」中。然後再依「花和果的型態」，往下細分成不同的「屬」。
洋蔥因此在一開始的植物分類系統被歸類成「百合科」下 的「蔥屬」。
這就是「百合」和「洋蔥」曾經同科的因緣，但今天大多植物分類系統將「蔥屬」從「百合科」獨立出來，放到「石蒜科」之下。「百合花」和 「洋蔥」的關係感覺又遠了些。
換句話說，在植物分類系統剛成立時，「百合科」曾經因為「鱗莖」成為很大的科，現在則因為「分類標準」的改變，少了很多屬，也少了很多種。
至於「獨立」的理由，有很多原因，但從 DNA 分析的角度，大致就是他們在某一個時間點上踏上不同的演化之路。
基本上，從林奈之後，分類學就成為生物學中一個重要的分支 ，「植物學人」藉由不同物種在分類系統的層級，來了解不同植物的關係和演化之路。
這問題有點像是問「橘」和 「枳」的關係。
至於，「橘」和 「枳」是什麼關係？
以「植物與人」的觀點來回答，有一個解釋就是「失敗的嫁接關係」。因為「同為芸香科」，所以很像，所以從前有人試圖以枳樹為砧木嫁接橘樹，再把樹帶到淮河以北去種。只是（被嫁接的）橘樹不耐寒就死了，倒是枳樹還活著，在北方存活了下來，讓晏子以為「橘越淮為枳」。
不過，現在的嫁接和育種都進步很多了，所以人類可以創造出的新品種比以前多得多，他們會不會在「自然的狀態下」創造更多變種，其實也很難預測。
另外，如前所述，不同的植物分類系統牽涉不同的分類標準，但基本都是有層次的，所以使用上，一定要搞清楚指涉的層次，才不會「各說各話」。
例如，我們一般日常講的「百合花」，指的多半是「百合屬」開的花，而不是「百合科」開的花。就像洋蔥一樣，「百合」也有很多名稱，不過，被分類在百合屬（Lilium）下的花冠都成喇叭狀，還算容易辨識。
不過，中藥裡面的「百合」，指的是「百合屬」「鱗莖」上一瓣瓣的「厚葉」，不是指百合屬的花。而且，中文裡「百合」也是因爲其「鱗莖」的外觀由眾多鱗片抱合而成，有「百年好合」之意而命名。
（圖片說明：百合是很容易煮的料理，可以改善因為肺虛和憂鬱引發的失眠問題）
百合的鱗業
總的來說，我們可以說，植物因為「定根」以後就沒法輕易移動，所以其適應環境的策略與動物不同，從此走上不同的演化之路。但是，人與植物相遇後，又會把植物帶來帶去，創造出不同的新變種和新名詞，所以植物的分類要比動物的複雜困難多了！
當然，對人而言，比「植物」的分類更困難的是「國」的分類。
以「中華民國」為例 ——
如果我們把「中華民國」和 「中華人民共和國」都先放在「中國」這個科目下，然後再往下細分，其實相當容易理解歷史上這兩個國家的特殊關係。（至於，現在這兩方願不願意接受這樣的分類架構，重啟和談，那就是另外的議題了。）
也許，更困難的是到底要如何將尚未成立的台灣國和似乎還在的中華民國放在同一個科目下呢？可以將「尚未成立的台灣國」、「似乎還在的中華民國」、還有「中華人民共和國」都先放在「中國」的科目下，以後再慢慢分類嗎？還有，如果現在尚未獨立的台灣國的人民不願意接受中華人民共和國捐贈的疫苗，那現在似乎還在的中華民國的國民可以表示自己願意打中華人民共和國生產的疫苗，請中華民國的政府接受捐贈嗎？