跟隨飯田桑尼宗佑（桑尼·麥克倫登 飾演 ）趕到市區外大樹下，
果真找到傳說中小小神社，據說，這看起來破舊的小神社非常靈驗，
於是三人說好許下同樣願望。
這小神社其實是妖怪世界舊書店，圖鑑小妖( 釘宮理惠 聲演)收到孩子們強烈願望，
喜出望外向店主（神木隆之介 飾演）報告。
店主看著收到願望清單，指示圖鑑小妖通知孩子們來拿圖鑑準備接受妖怪試煉。
三十歲了，仍沒固定工作的葉山瑤子（新垣結衣 飾演 ），經人推薦到小學當代課老師。
一樹、桑尼、太一就是她班上的學生，調皮的太一替她取綽號「姑且老師」。
第二天放學，一樹告訴太一作了奇怪的夢，
夢中披著白被單不到膝蓋高的妖怪，通知要救湊，趕緊到書店去。
太一大吃一驚，他也作了相同的夢。
出現他們背後的桑尼說：那不是夢，妖怪真的來了。
三人去到大樹下時，神社不見了，出現間書店，討論、張望後，
壯膽踏入，在桌面看到妖怪圖鑑，
店主看見他們樂呵呵要說明遊戲規則，三人卻向見鬼似地滿屋子亂跑。
瑤子走進書店是制止孩子們，不該隨意跑進店裡，放學應該回家啊。
四人卻在窄小店內穿梭奔跑，費了好大功夫才走到外面。
當他們各自回家後，才知事情嚴重了，現在他們所處的地方，不是原來的世界，
看似一模一樣，但空間會自行移動組合，有的建築物還是扭曲的。
三人想到向大人求救，目前唯一看見的大人就是瑤子老師，
最受老人家喜歡的桑尼，立刻說：老師是葉山奶奶的孫女，我知道她家在那裡。
瑤子正為不明情況疑惑，看他們來，只能走一步是一步。
更教一樹他們驚訝的是，因受傷在醫院與死神拔河的橘湊（吉村文香 飾演），
居然健康出現眼前。
桑尼支支吾吾問湊，身體沒事了？她完全不懂桑尼問話。
孩子們嫌棄瑤子老師每天都煮咖哩飯，
碎碎念時，圖鑑小妖出現了，他來催促三人趕緊完成妖怪圖鑑任務，時間有限。
搞半天，一樹慌慌張張拿走圖鑑，根本沒聽店主說明遊戲規則。昏倒！
吃了五盤咖哩飯的圖鑑小妖就誠心誠意告訴他們，
如何完成收服指定妖怪任務，救回湊。
圖鑑顯示第一個就是圖鑑小妖，
被收服的妖怪可依指定完成一項任務，就可以離開圖鑑。
圖鑑小妖回答問題，指點如何尋找到山彥(杉田智和 聲演)， 一反木棉( 下野紘聲演)，
百目(大冢明夫 聲演)，雲梯怪，替身妖怪及最強大妖吉茲里(田中泯 聲演)。
在瑤子老師帶領下，他們要同心協力尋找妖怪，然後封印入圖鑑內。
於是五人小組在妖怪世界展開冒險之旅。
《妖怪圖鑑》是充滿趣味的少年成長奇幻冒險電影，
一樹為救回喜歡的女生湊，遇到困難習慣退縮的他，
這回豁出去跟最強大妖吉茲里纏鬥，鬥智鬥勇。
被捲入妖怪世界的瑤子放棄可許願，全心助一樹打敗吉茲里，
請求幫忙扭轉空間，回到鷹架倒下壓住湊的前幾分鐘。
雖然回到現實世界，就會忘了在妖怪世界經歷的冒險，
但，凡走過必留下足跡，總有人記得那些與妖怪對戰的過程。
因為是小孩收服妖怪，沒有血腥，完全在搞笑，每隻妖怪都可愛又蠢呆。
