西元1801年，年幼的朝鮮純祖繼位，曾祖母貞純王后垂簾聽政，發動「辛酉迫害」，掃蕩西學。學者丁若銓因信仰天主教、崇尚西學而被流放至黑山島（兹山）。遠離朝堂的丁若銓，漸漸對魚類產生興趣，尤其遇見家貧好學的少年張昌大後，多次為昌大對魚的細心觀察與豐富知識感到訝異，兩人經過一番價值觀的碰撞，終於說好交換各自所知，丁若銓教昌大讀書與理學，昌大協助丁若銓完成《兹山魚譜》。韓國電影《兹山魚譜》的故事，便是從本書的「序」開展，描繪丁若銓的真實人生。
關於這部電影的思想碰撞，與其說是衝突，在筆者看來更像是人生階段的對影與牽引。在朝鮮正祖獨召丁若銓，提醒他推廣西學，要小心被反對者陷害之前，曾經問他：你為何為官？當時的丁若銓回答：我若不出仕，如何能輔佐聖君？儘管為正祖所譏，但若這段不只為預言成真，同時呈現丁若銓亦曾懷有以儒學經世濟民的理想，那麼對照後來昌大成功躋身兩班，卻無法適應「為官之道」的結果，雖然際遇不同，但因堅持內心的信念，而產生迷惘、受挫，卻是無異。電影前段丁若銓遭受迫害之前，對程朱理學感到不足，進而信仰天主教、涉獵西學，試圖尋找出口的思想轉折，或許亦來自於相同的挫折；但從他會應付正祖所問、會改口叛教以求活命、會多次利用黑山島的官員以達目的來看，丁若銓實懂「為官之道」，只是更懂得如何善用仍不違本性。
昌大的人生際遇，其實是人成長後初次面對世界、實踐人生價值的初次挫折。年少時，我們對理想懷有天真的嚮往，也意圖在成就理想的過程中，樹立自我價值。昌大一心想要得到「君」、「父」的肯定，理想價值是藉由從政去「立功」，正如他所言：「我想活得像個體面的人。」但那個理想價值畢竟未經淬礪，只能以其良心、讀聖賢書、性理學的過程中去探索──卻遭到了牴觸：他要立功得到君、父的肯定，就必須違背良心，違背所學──而性理學卻是他努力學習、想翻轉命運的工具。他真正要違背的，僅是良心而已。
在遭遇內在價值與外在肯定的巨大衝突後，我們都必須回過頭重新審視自己的理想價值。丁若銓被流放時，亦是相似的處境，他的內在價值不為當世見容，卻又不願放棄著書立言、重回朝廷的理想──
「我所期望的，是沒有兩班賤民之分、沒有嫡庶之分、沒有主奴之分、沒有國君，那種世道的想像。」
相較於丁若鏞仍以治國為主、對君臣之道懷抱理想的大量著書（也因此比丁若銓更早結束流放），卻在世道之下無人使用而成空談，丁若銓的書則更以「實用」、「記錄」為主。昌大所言的萬世真理，往往不適用、不符合現實而成空話甚至幹話；但當下觀察與記錄，卻可能為歷史、為自然、為生活留存珍貴的經驗，不只當代，對後世同樣實用。只要好的知識都要運用，即使不被周圍的人理解，但「魟魚要走的路只有魟魚知道，鰩魚要走的路只有鰩魚知道。」「在朝中當官的書生最重要的品德就是堅持。」丁若銓實踐理想的方式，就是寫實用的《漂海始末》、《兹山魚譜》，去實踐「國家的主人是人民」的信念。
因此在電影的最後與開頭，各是丁若銓、張昌大搭船的畫面，只是前者孤獨一人、前途茫茫，而張昌大有理解他的妻子兒女在旁──固然丁若銓抱憾江海、昌大辭官、師生未能見到最後一面，但張昌大的挫折，正與被流放的丁若銓相似，而這次，他有老師足跡在前──
「如鶴一般活著固然好，但像就算沾滿了淤泥和污水也來者不拒的兹山一樣，做一個沒沒無聞的人，應該也是有意義的吧。」
因此全片黑白的畫面，在此刻變為拂曉的藍、遼闊的海。昌大終歸是幸運的，他將會知道在與世不容當中，如何實踐內在價值，當一個真正體面的人。
