駐日美軍位在沖繩縣宜野灣市的普天間基地（普天間飛行場），飽受沖繩民眾反彈，日本當局決定擴大名護市邊野古的駐日美軍「史瓦普營區」（Camp Schwab），填海造陸打造「邊野古」駐日美軍基地（下稱「邊野古基地」），將普天間飛行場的起降業務轉移到邊野古。然而，邊野古基地預定地東岸後續發現地盤不穩，必須修改工程設計，在沖繩縣府批准施工計畫變更案之前，中央政府不能繼續在東岸施工。
雙邊經過一番攻防，日本中央政府在 10 月 5 日正式向福岡高等法院那霸支部提出「代（為）執行」訴訟，呼籲在 10 月 20 日前第一次開庭便結審。一旦日本中央政府勝訴，這將是 2000 年修改《地方自治法》以來，首次由中央政府代替地方政府執行地方政府業務。
就目前的局勢看來，沖繩縣府屈居下風，高等法院非常可能判沖繩縣府敗訴，讓日本中央代替沖繩縣府批准邊野古基地工程變更案，直接開工。就算沖繩縣府決定上訴最高法院，在判決出來之前，日本中央可以「代為執行」繼續施工。⬆️ 國土交通省前往高等法院提出「代執行」訴狀
修法以來兩次「代執行」訴訟都和邊野古有關
日本自 2000 年修改《地方自治法》後，由地方政府主責的業務分成「自治事務」與「法定受託事務」，「自治事務」是地方政府的權限，「法定受託事務」則是中央政府委任地方政府負責業務，所以當地方首長怠於處理「法定受託業務」時，日本中央政府可以向法院提出「代執行」訴訟，要求法院讓中央政府拿回這件業務的主導權，代替地方政府執行。
這次邊野古基地填海造陸工程變更案，就屬於「法定受託事務」。
由於「代執行」相當於日本中央政府（國家）剝奪地方自治權，中央與地方不再是對等關係，所以「代執行」是不得不的最終手段。也因此，自從 2000 年修法以來，在今年以前，日本中央政府只有提過一次「代執行」訴訟，而且當時的爭點也是邊野古基地問題。
當年日本政府停工、雙邊達和解
當時（2015）時任沖繩縣知事的翁長雄志駁回前任知事批准的填海造陸工程案，對此，日本中央政府向法院提出「撤銷翁長雄志駁回批准」的訴訟案。最終，高等法院駁回日本中央與沖繩縣的訴求，而日本中央政府與沖繩縣府在隔年（2016）達成和解，日本中央即刻停止施工，並沒有走到日本中央「代替沖繩縣府執行」這一步。
⬆️ 2015 年日本中央向福岡高等法院那霸支部提出「代執行」訴訟
⬇️ 2015 年時任沖繩縣知事的翁長雄志回應中央提「代執行」訴訟
普天間基地與邊野古填海造陸
回顧邊野古填海造陸的源頭，就得談到沖繩縣宜野灣市的普天間基地。
普天間飛行場緊臨民宅，當地民眾飽受飛機起降的噪音困擾、墜機事件頻傳，再加上 1995 年 9 月駐日美軍強暴國小女學童案這根稻草，引爆沖繩縣民反美軍基地情緒。
沖繩縣民不滿沖繩主權回歸日本後，沖繩仍有大量美軍基地，駐日美軍在日本境內的分佈不成比例沖繩縣面積佔日本全國 0.6%，卻有 7 成駐日美軍機構都在沖繩。沖繩縣民希望減少或移轉沖繩境內的駐日美軍基地，在這個背景下，緊鄰民宅、被譽為「世界上最危險基地」的普天間基地（普天間飛行場）就成了勢必得移的對象。
然而，沖繩縣民希望移轉普天間基地，不等於要移轉到沖繩縣內其他地方，甚至是在邊野古填海造陸。2019年沖繩縣民的公投案，就有 7 成民眾表態反對在邊野古填海造陸，建設新的美軍基地來取代普天間基地。這場縣民公投雖然不具法律約束力，但仍可看出沖繩縣民反對「以移轉普天間基地的民意在邊野古填海造陸蓋基地」的民意。
填海造陸的司法攻防戰
沖繩縣府在 2013 年通過沖繩防衛局提出的填海造陸計畫，邊野古填海計劃正式開工。然而，沖繩防衛局施工內容和原定計劃不同，工期也沒有如期完工，原因在於邊野古「史瓦普營區」東岸海域地盤軟弱，不能按照原定計畫直接填海造陸，必須要先強化地盤才行。
為此，隸屬於防衛省的沖繩防衛局在 2020 年 4 月向沖繩縣府提出強化地盤的追加工程，但沖繩縣府覺得沖繩防衛局過去沒有做好地盤調查，之前工程進展又和原定差太多，沖繩縣府不信任沖繩防衛局，在 2021 年 11 月決定【不承認】沖繩防衛局提出的追加工程。
國土交通大臣的裁決與「是正指示」
面對沖繩縣做出【不承認】追加工程的決定，防衛省依據《行政不服審査法》在 2022 年向主責工程的國土交通大臣提出不服審查請求，國土交通大臣在去年 4 月做出（1）取消沖繩縣【不承認】追加工程的裁決、（2）〖是正指示〗（是正の指示＝改正命令）沖繩縣必須承認追加工程。沖繩縣不服國土交通省的裁決，向法院提訴，高等法院在今年 3 月判沖繩縣敗訴。
而後，沖繩縣再上訴到最高法院。最高法院在今年 8 月 24 日決定不受理沖繩縣取消【不承認】裁決的上訴，最高法院 9 月 4 日也判「取消是正指示」一案是沖繩縣敗訴，也就是中央政府（國土交通省）做出〖是正指示〗是合法的。
從「是正指示」到「代執行」
國土交通省有了法院背書〖是正指示〗是合法的，就可以繼續要求沖繩縣追認邊野古填海造陸地盤強化工程。國土交通省在 9 月 19 號和 28 號分別下達「勸告」和「指示」的最後通牒，限期要求沖繩縣知事玉城 Danny 承認邊野古填海造陸地盤強化追加工程。
但玉城 Danny 在 10 月 4 日時限截止時表明，在沖繩主流民意反對「在邊野古填海造陸取代普天間基地」的情況下，他難以批准邊野古地盤強化追加工程，國土交通省最終走到提起「代執行」這步。
如果法院同意讓中央「代執行」的可能影響
即將展開的「代執行」訴訟爭點將是：如果繼續放置邊野古填海造陸建設案不管，不趕緊蓋邊野古基地，是否會危害到公眾利益？
不過按照最高法院今年 8 月 和 9 月的判決結果，接下來的「代執行」訴訟，最終可能也會做出對日本中央有利的判決。
破壞中央與地方分權的平衡
目前有超過 100 名行政法學專家 連署批評，最高法院 9 月 4 號的判決有問題。原因在於，最高法院的判決內容，完全沒有討論到沖繩縣為什麼拒絕批准邊野古地盤強化追加工程。
最高法院避談問題核心，只著在沖繩縣府【拒絕承認】追加工程後，防衛省提出不服審查請求後，國土交通省是否能做出裁決和〖是正指示〗。隸屬防衛省的沖繩防衛局，還有國土交通省都是日本中央行政組織，如果只討論沖繩防衛局／防衛省是否能向國土交通省提出審查，國土交通省是否能因此做出裁決，根本沒有觸及問題核心，只是一味擁護日本中央政府的主張，破壞中央與地方分權的平衡。
「代執行」制度上的問題
香川大學三野靖教授則指出，邊野古填海造陸問題，現在日本中央和沖繩地方不同調，日本中央認為這是國政問題，沖繩縣則認為是否批准工程是地方自治權管轄範圍內的問題，這已經超越行政事務框架下可以處理的問題，而應該透過政治手段來解決。現在如果走向「代執行」，就是以行政救濟剝奪地方首長權限，違反地方分權的理念。
也有專家擔心，一旦這次法院批准讓中央「代執行」，大開讓中央政府介入地方自治的先例後，以後不只沖繩縣，而是日本所有地方政府都該擔心，萬一地方和中央不同調，中央是否會用類似方式，繞過問題核心，讓法院為自己背書？
邊野古南側填海造陸工程幾近完工
現在邊野古基地南側填海造陸工程，自 2018 年 12 月開工以來，今年 3 月底已經完成 92%，可望在近期完成南岸填沙工程。但問題最大的其實是東岸。
東側海域珊瑚生態系遭破壞
東岸不只地盤軟弱，還是重要的珊瑚棲地。
邊野古東側的大浦灣海域，共有 5,300 種以上的生物棲息，當中包括 262 種瀕危物種。環保團體指出，現在東岸還沒開始填海造陸，但進行中的護岸工程，已經造成東岸海域生態的破壞。
日本當局有意將原本棲息於大浦灣海域的珊瑚移植他處，目前 2018 年 7-8 月移植到他處，展開 5 年觀察計畫的沖繩微孔珊瑚（Porites okinawensis），移植了 9 個群體，7 群已死，1 群出現白化，只剩 1 群健在。普天間飛行場替代方案的環境監視委員會便指出，不管是移植的珊瑚，還是留在原本棲地的珊瑚，都在迎接死亡。
填海造陸用的土砂疑混有沖繩戰遺骨
用於填海造陸的土砂也是個問題。原本沖繩縣防衛局 2013 年提交的申請計畫指出，會使用細砂率約在 10% 前後的砂石，但 2018 年開始在南側填海造陸時使用的砂石，細砂率卻是 40%。細砂率越高，將砂石投入海中時，就越容易出現混濁，造成對環境生態的影響。
另一方面，邊野古填海造陸的砂石取自沖繩本島南部地區。沖繩本島南側正是二戰末期美軍登陸沖繩激戰的重要戰區，便有市民團體反對，使用混有沖繩戰遺骨的土砂進行填海造陸。
