民國104年(2015年)6月13日,蔡英文「點亮臺灣希望行腳」來到金門,參加了蔡氏宗親會為其準備的瓊林宴及其相關選舉造勢活動。她強調,如果下一次民進黨有機會執政的話,一定會再一次重新規劃、思考金門下個階段的發展願景,讓金門的產業和發展都能有系統、全面性往前大步邁進。
民國105年(2016年)9月10日,蔡英文至瓊林蔡氏宗祠祭祖,並巡視水頭碼頭小三通現況。蔡英文聲稱,「沒有金門的小三通,就沒有兩岸的交流」,她呼籲兩岸從小三通的歷史經驗中出發,堅持兩岸和平往來,持續善意的互動,為兩岸人民謀求更大的福祉。