猶加敦共和國
里奧格蘭德共和國垮台後，墨西哥境內的聯邦派叛軍只剩下偏遠的猶加敦共和國（Republic of Yucatán）仍在抵抗。猶加敦在1821年向西班牙發起獨立戰爭，隨即併入甫成立的墨西哥第一帝國；當帝國被推翻後，猶加敦一度恢復獨立，並在1823年12月23日加入墨西哥合眾國，成為聯邦的一員。但隨著墨西哥漸趨集權，猶加敦的聯邦主義者也開始擔憂，尋求再次獨立的呼聲不斷蔓延。
當德克薩斯宣告獨立的消息傳來，而臨時政府的副總統薩瓦拉（Lorenzo de Zavala, 1788–1836）正是猶加敦出身的墨西哥裔流亡者，使得當地的聯邦派大受鼓舞，在1840年展開第二次獨立戰爭。
羅倫索．德．薩瓦拉，德克薩斯共和國臨時政府副總統。
為了防止事端擴大，聖塔安那委託梅里達出身的革命元勳金塔納．羅（Andrés Eligio Quintana Roo, 1787 – 1851）[2]前去談判，儘管猶加敦方面願意讓步，有條件重歸墨西哥以換取關稅及財政自主權，但聖塔安那態度強硬，依然要求猶加敦無條件服從中央，並徹底切斷與德克薩斯的聯繫，最終使得談判破裂，雙方戰火繼續延燒。
安德烈斯．金塔納．羅（又譯金塔納．羅奧），墨西哥革命元勳，經常來往於各個陣營之間充當和事佬。
1841年3月16日，猶加敦第二共和國宣告成立，共和國的旗幟[3]取代了墨西哥國旗，正副州長聖迪亞哥．門德斯．伊瓦拉（Santiago Méndez Ibarra, 1798–1872）、米格爾．巴爾巴查諾（Miguel Barbachano, 1807–1859）被推舉為領袖，他們雖然都支持獨立，卻分屬不同黨派：門德斯是溫和的聯邦派，代表坎佩切（西南部）地區的利益，巴爾巴查諾則是堅定的獨立派，代表梅里達（北部）地區，此外東南部及內陸鄉村還有著大批馬雅人。
猶加敦共和國國旗
米格爾．巴爾巴查諾（左）與聖迪亞哥．門德斯．伊瓦拉（右）
猶加敦半島形勢孤立，與墨西哥本土之間沒有道路相連，必須仰賴水運才能獲得物資；但貧瘠的共和國並沒有能力組織像樣的艦隊，除了爭取德克薩斯的援助外，也向鄰近的塔瓦斯科州（Tabasco）展開入侵，支持當地的聯邦派叛軍。該州是墨西哥南部的重要門戶，往東南可以控制猶加敦半島與通往瓜地馬拉的路線，往北則足以威脅首都和聖塔安那的根據地維拉克魯斯州，若塔瓦斯科失守，整個墨西哥南部局勢都將失控。
猶加敦半島的情勢圖
1840年9月，猶加敦軍隊在摩爾艦隊的支援下入侵塔瓦斯科，11月17日攻佔首府聖胡安包蒂斯塔（San Juan Bautista，今比亞埃爾摩薩Villahermosa）；但當他發現猶加敦方面付不出25,000美元酬金時，立刻向他們翻臉並砲轟沿海城鎮報復，直到對方答應付錢為止。
摩爾的勝利並未對德克薩斯抓襟見肘的財政有所助益，拉馬爾在這次行動結束後便撤回了艦隊，扣掉當年10月在阿卡斯島[4]（Arcas Island）尋找淡水而不慎擱淺損毀的聖哈辛托號，德克薩斯海軍只留下聖安東尼奧號與聖伯納德號繼續服役，其餘船艦皆暫時封存。儘管拉馬爾希望維持海軍存續，打算以每月8千美元價格將艦隊租給猶加敦，但因猶加敦與墨西哥方面也在討價還價，與德克薩斯直到1841年底才談妥條件。
12月13日，摩爾與副手詹姆斯．博伊蘭（James D. Boylan）率領奧斯丁號、聖伯納德號及聖安東尼奧號離開加爾維斯頓，前往劍麻港準備再次出擊，也錯過了新總統休士頓在這天的就職典禮與他發出的緊急命令。
1842年3月，摩爾終於接到休士頓發出的命令，要他立刻帶艦隊返回加爾維斯頓，而情況比他想像中的還要更糟──海軍官兵已經有好幾個月沒領到薪水了，不久前脫隊前往紐奧良維修的聖安東尼奧號爆發了叛亂，造成一名軍官被殺，叛變者則被美國政府拘捕。其餘船艦的狀況更是惡劣至極，扣掉本來就不適合作戰的波多馬克號（實際上已廢棄）和沉沒的聖哈辛托號，薩瓦拉號、華頓號和亞契號都被棄置在岸邊，其中薩瓦拉號更是早已擱淺，任其朽壞。
墨西哥軍隊在1842年下半對德克薩斯本土的襲擊雖然促使政府重新關注海軍，但依然沒有足夠的預算，摩爾好不容易籌到了35,000美元，勉強整備狀況較好的奧斯丁號及華頓號（使用了聖伯納德號與亞契號的裝備），加上從紐奧良歸來的聖安東尼奧號[5]組成艦隊一同前往猶加敦。休士頓反對這次行動，不斷派人勸說摩爾撤退；但摩爾可不希望自己一手打造的艦隊就這樣被賣掉，他向猶加敦政府重新爭取到每個月8千美元的資金，聲稱只要能保住猶加敦，就能讓德克薩斯免於墨西哥的威脅，反之亦然。
1842年8月，墨西哥軍隊登陸並占領了卡門島（Isla del Carmen），這座位於半島西南部的潟湖沙洲島是關鍵的水運節點；四千名墨西哥士兵不斷沿著海岸向北推進，奪取重要城鎮詹波東（Champotón）並開始圍攻坎佩切城。由於這座城鎮防守完善，加上摩爾艦隊的威脅，墨西哥軍隊遂解圍繼續深入，在梅里達北邊的特爾查克港（Telchac Puerto）登陸，直接威脅首都。
坎佩切灣海戰
為了阻止墨西哥軍隊的增援，摩爾艦隊一直在墨西哥灣四處襲擾。4月16日，摩爾在紐奧良休整時得知一支墨西哥艦隊正在猶加敦半島北部遊弋，其中包含兩艘主力艦艇──蒸氣鐵殼艦「瓜達露白號」（ARM Guadaloupe）與蒸氣護衛艦「蒙特蘇馬號」（ARM Montezuma）。這兩艘軍艦都是1842年下水的新船，由英國設計建造，各裝備兩門可以發射爆破彈的派桑砲（Paixhans Gun）與多門大小艦砲，且有英國軍官駐艦擔任顧問；瓜達露白號與蒙特蘇馬號的排水量分別為878噸與1,100噸，更勝600噸的旗艦奧斯丁號。
瓜達露白號蒸氣鐵殼艦，與蒙特蘇馬號組成1840年代墨西哥海軍的主要戰力。
由於戰力明顯落差，摩爾決定主動出擊，先發制人。4月29日，摩爾艦隊和猶加敦海軍（2艘雙桅縱帆船、5艘砲艇）在坎佩切外海發現了小型蒸汽船「重生者號」（Regenerador）帶領的運輸船隊，並得知瓜達露白號與蒙特蘇馬號為首的艦隊也在附近出沒，遂決定在此以逸待勞。
30日凌晨4時，蒙特蘇馬號與另外四艘縱帆船「鷹號」（Aguila）、「墨西哥人號」（Mexicano）、「伊曼號」（Iman）與「坎佩切人號」（Campecheano）正從南方接近，瓜達露白號則在艦隊後方尚未會合。經過數個小時的周旋，戰鬥在7時30分左右爆發，墨西哥的艦砲殺傷力強且射程遠，但命中率相當差，奧斯丁號被一枚爆破彈擊中，但砲彈貫穿了船身，反而使損害降到最低；然而德克薩斯的艦砲對鐵殼艦影響甚微，摩爾也不敢冒著被打成篩子的風險逼近對手。在四個小時的交戰後，雙方各自撤退，船艦無一損失，華頓號有2人陣亡、3人受傷，墨西哥方面約有20人傷亡。
實際上，墨西哥艦隊也是倉促成軍，水兵訓練不足且苦於黃熱病流行，協助指揮的英國顧問也染病死去，艦隊戰力大打折扣；暫時接替指揮的陸戰隊指揮官馬林（Tomás Márin）上尉將傷病員集中到幾艘船上休息，帶著剩下的艦隊重新展開封鎖。5月16日，雙方又爆發第二輪交戰，戰鬥的情況與第一回相去無幾，同樣沒有船艦損失，但受到的傷害也都加重了一些。重傷的華頓號已無法繼續作戰，奧斯丁號僅受輕傷但也打光了砲彈，德克薩斯與猶加敦聯合艦隊有20餘人傷亡；瓜達露白號則有一具發動機被擊毀，墨西哥方面損失近百人，被迫放棄對坎佩切海域的封鎖，這也是極少數木殼船艦力退鐵殼艦的戰例。
而在陸地上，猶加敦軍隊動員了上萬名馬雅原住民士兵增援，在梅里達近郊的帕卡布屯（Pacabtún）農場挫敗了墨西哥大軍，後路被切斷的墨西哥軍隊於4月24日投降（比坎佩切灣海戰還要早），暫時解除了燃眉之急。
摩爾艦隊以凱旋之姿回到加爾維斯頓，受到英雄式的歡迎，居民們甚至要拱他參選總統；但德克薩斯政府可不想讓摩爾好過，不但直接解除他的職務，還對他提出海盜罪的指控。摩爾毫不畏懼的站上法庭，也不負眾望的贏下了官司並得以復職。德克薩斯海軍剩下的四艘船（奧斯丁號、華頓號、亞契號、聖伯納德號）雖然遭到拍賣，但全被加爾維斯頓的居民集資買下，暫時免於解散的命運，然而她們再也等不到下一次行動了。
當德克薩斯加入美國後，德克薩斯海軍剩餘的船艦也隨之移交，其中除了狀況較好的奧斯丁號得以以訓練船名義加入美國海軍外，其餘三艘船都被出售拆解，奧斯丁號則持續服役至1848年才因艦體老化才退役。
儘管無法出海，摩爾往後仍持續為他的同袍們爭取權益，尤其是德克薩斯政府積欠的薪資，德克薩斯眾議院最終承認這筆債務，交付26,510美元給摩爾艦隊的官兵，但直到1856年、德克薩斯併入美國逾十年後才付清。摩爾晚年寓居紐約，但仍不忘和當上聯邦參議員的休士頓繼續打筆戰，並且向美國海軍力爭退休待遇。他於1865年過世，德克薩斯至今仍有一個郡以他為名。
在另一邊的猶加敦共和國，雖然墨西哥的軍事行動失敗，承認猶加敦的自治，並願意重啟貿易關係，但這項協議始終沒有實行，兩邊仍維持著僵局。猶加敦的經濟狀況脆弱、社會矛盾嚴重，不只門德斯和巴爾巴查諾兩陣營針鋒相對，原住民馬雅人也與猶加敦政府離心離德，在東南部自成一國。隨著墨西哥於1846年恢復聯邦制，猶加敦也開始考慮回歸，但卻遇上了美墨戰爭，遭到美國海軍封鎖的猶加敦病急亂投醫，以接受合併為條件向西班牙、英國要求援助，但都碰了釘子；隨後又寄望美國援引德克薩斯前例合併猶加敦，這項提案雖然得到總統波爾克（James Knox Polk, 1795 – 1849）和眾議院支持，但最終在參議院闖關失敗。1848年8月，猶加敦宣布併入墨西哥，再次成為墨西哥合眾國的成員至今。
第三海軍？
德克薩斯加入美國後，第二海軍也隨之整併而消失，從1846年起，除了南北戰爭期間短暫活躍的「德克薩斯海事部」（Texas Marine Department）[6]和二次大戰後象徵性存在的「海軍第一營」（First Naval Battalion）[7]之外，德克薩斯並沒有州級的海上力量。1940年代，聯邦政府與各州就海岸潮汐地帶的歸屬權展開一連串的法律爭執；德克薩斯州宣稱海岸低潮線外3里格（16.67公里）的水下土地（約9,885平方公里）屬於州政府管轄，這項主張源於1836年德克薩斯共和國的領土宣稱，在合併時也獲得聯邦政府同意。
1948年，甫當選的美國總統杜魯門推翻了競選時支持德克薩斯州保有水下土地管轄權的承諾，由於牽涉墨西哥灣石油開採的權益，這波爭端使德克薩斯州在1952年總統大選中倒向共和黨，相關的訴訟則一直打到1960年，才以州政府勝訴落幕。
在這場「20世紀聯邦與州政府之間最嚴重的衝突」之中，德克薩斯州州長老普萊斯．丹尼爾（Marion Price Daniel Sr., 1910 – 1988）於1958年成立了「第三海軍」（Third Texan Navy），但這個組織沒有任何軍事色彩[8]，只是一個紀念性質的社團，以退役的戰艦德克薩斯號（USS Texas）做為「旗艦」，社團成員則由州長任命擔任各級「軍官」。第三海軍目前仍以「德克薩斯海軍協會」（Texas Navy Association）的名義持續在社交界與學術界活躍著。
德克薩斯海軍軍旗（左）與現在德州海軍協會的旗幟（右）
[1] 在西班牙與墨西哥治下，原住民處於社會底層，受到克里奧略人與麥士蒂索人的層層剝削，猶加敦半島中部與東部的馬雅人受害尤甚。在第二次獨立戰爭期間，伊曼雖然宣稱要解放馬雅人，但口惠而實不至，壓迫不減反增，使得馬雅人在1847年大舉起事，展開將近七十年的階級戰爭。
[2] 猶加敦州東南部於1974年拆分出金塔納羅州，便是以他為名。
[3] 猶加敦國旗與墨西哥一樣採用綠、紅、白三色，綠底上的五顆星代表半島的五個分區：梅里達（Mérida）、伊薩馬爾（Izamal）、巴利亞多利德（Valladolid）、特卡斯（Tekax）、坎佩切（Campeche）。共和國重新併入墨西哥後，這面旗幟直到2023年才重新被訂為猶加敦州的州旗，儘管半島已被重新劃成三個州。
[4] 位於坎佩切城正西方約130公里的海上，由珊瑚礁與沙洲組成的小島群，總面積0.23平方公里，無人居住，是墨西哥灣上的一處重要的淡水補給站，今屬墨西哥。
[5] 後來於1843年10月時從加爾維斯頓駛往坎佩切的途中遭遇風暴沉沒。
[6] 由小型砲艇、巡邏船、補給船組成，主要在內河與沿岸活動，由南軍海軍部指揮。
[7] 鑒於德國潛艇曾入侵墨西哥灣，德克薩斯州政府於1948年成立「海軍第一營」，隸屬於州防衛隊（Texas State Guard），所屬艦艇只有一艘名叫「蘇莫里亞號」（Sumoria）的私人遊艇。
[8] 德克薩斯武裝力量由州政府軍事部（Texas Military Department）指揮，下分陸軍國民兵、空軍國民兵及州防衛隊三支，州防衛隊的前身即是共和國時期的民兵，目前有4個旅、2個航空聯隊及1個海上團。
