1936年，隨著中日關係惡化，自第17任總督小林躋造起，台灣總督復由軍方將領擔任。在這期間，日方推行對台灣人的皇民化運動、台灣產業的「工業化」、使台灣成為執行「南進政策」基地的「南進基地化」三大政策。在日治中期蓬勃開展的社會與文藝運動也逐漸停擺。
皇民化運動
自1936年8月日本確定南進政策，開始將台灣視為「南進政策」的基地，提升台灣的工業水準、發展軍需工業。此後一直到二次大戰結束的1945年為止，日本在台灣的殖民統治邁向了另一個階段，本時期可以稱為「皇民化時期」，是文官總督時代「內地延長主義」的強化版，以應對日本發動大東亞戰爭後全國逐漸進入戰時體制的需要。
1937年盧溝橋事變及日中戰爭的全面爆發，中華民國向國際聯盟提起訴訟，隔年，國際聯盟同意各別加盟國對日實施經濟制裁，日本經濟轉趨困難。因應戰爭需求必須動員台灣人，以總督府為首帶領地方政府及民間團體開始皇民化運動，除了取消原來允許的社會運動外，也積極從精神上同化台灣人的民族意識，「匡勵」漢民族及原住民原有的生活型態與文化，大倡全面日本化，並全面動員徵召台人參與戰時工作。皇民化運動分成二階段進行。第一階段是1936年底到1940年的「國民精神總動員」，重點在於「確立對時局的認識，強化國民意識」。通過各種思想宣傳與精神動員，致力於消彌台灣人的祖國觀念，灌輸大日本臣民思想。第二階段是1941年到1945年的「皇民奉公運動時期」，主旨在徹底落實日本皇民思想，強調挺身實踐，驅使台灣人為日本帝國盡忠。日本人為強化組織功能，成立各種奉公會團體，台灣人民被迫參加，將運動推向社會的最基層。皇民化相關事項年表
- 1936年（昭和11年）地方政府開始主導「正廳改善」運動。
- 1937年（昭和12年）4月，「台灣日日新報」漢文欄遭廢止。。12月1日，台灣神職會發表「正廳改善實施要項」，規劃統一主導「正廳改善」運動，台灣家庭要安置神棚和供奉神宮大麻。台北州首先開始實施「國語家庭」制度。
- 1939年（昭和14年）5月19日，台灣總督小林躋造公布「皇民化、工業化、南進基地化」三原則。
- 1940年（昭和15年）2月11日，日本舉行「皇紀二六〇〇年記念式典」。同日，總督府修改戶口規則，許可台灣人更改姓名。
- 1941年（昭和16年）4月19日，「皇民奉公會」成立。
- 1945年12月，「台灣省人民回復原籍有姓名辦法」公布，計畫「祖國化」在皇民化運動下變更為日式姓名者。
「正廳改善」運動
「正廳改善」為改變台灣傳統式廳堂配置及祭祀祖先習俗的運動。1936年（昭和11年）台南州東石郡鹿草庄的兩個村落進行「位牌燒卻儀式」（「位牌焼却の儀式」），之後焚燒祖先牌位的運動開始擴散，此時總督府採取旁觀者的立場。這項運動越演越烈，除了牌位之外，神像、佛像及掛軸等也成為被焚燒的對象。 為避免過度刺激台灣民眾，台灣神職會發表「正廳改善實施要項」，此要項採取較為穩健的方法，在台灣傳統的廳堂中心配置「神棚」（かみだな），使台灣民眾奉祀「注連繩」，並以皇民祭祀祖先的「祖靈舍」替換原本的祖先牌位。
「國語家庭」
「國語家庭」為各級地方政府為獎勵台灣人學習並使用日語所設立的制度。家族全員若是能夠說日語，可向各級地方自治體所設立的國語家庭審議會提出申請，審查通過成為「國語家庭」後，就能收到證書、獎章、「國語家庭」的門牌。 國語家庭除了可被視為榮譽外，也能得到許多優惠措施，如：「國語家庭」的兒童能夠進入程度較高的「小學校」及優先進入中等學校就讀；公家機關會優先採用「國語家庭」的成員；「國語家庭」較容易申請到各種營業許可。1942年（昭和17年）4月，全台灣有9,604戶「國語家庭」，總人數為77,679人，約佔當時台灣總人口1.3%。
臺灣總督府為推動皇民化運動，開始強烈要求台灣人說國語（日語），限制對原本語言的使用，推動對「國語家庭」（國語の家）的特惠政策；「寺廟整理」，裁併台灣傳統寺廟，放棄台灣民間信仰，鼓勵台灣人改信日本神道並參拜神社，同時也要每日向日本天皇的居所膜拜；發佈基於教育敕語的國家教育；要求一般人民對日之丸國旗的敬愛及齊唱《君之代》國歌。不過，台灣皇民化政策的強制性遠低於日本在朝鮮執行的皇民化政策。
「皇民奉公會」
日中戰爭爆發之際，台灣總督府擔心台灣「臣民」心向中國大陸導致抗日意識高漲，因此加速推動以「國語」政策為主軸的「皇民化」政策。這個政策為第18任台灣總督長谷川清於1941年（昭和16年）所發起的「皇民奉公會」。「皇民奉公會」為積極推動皇民奉公運動的中心機關。「戰時下發揮國家總力，為增強戰力不留遺憾，國民積極協力與肩負時局的熱情」不可或缺，「包括內地人、本島人、高砂族之全島民......高揚戰鬥意志、實踐決戰生活、強化勤勞態勢、完備民防衛、推進健民運動」為目的的官方實踐運動。即是大政翼贊政治體制的強化，推進台灣人同化的皇民化有兩個目的：訓練台灣青年男女及展開產業奉公，以負起鞏固後方的任務。總裁為長谷川總督，總督府總務長官擔任中央本部長，其下設置總務、宣傳、訓練、文化、生活、經濟等各部會；地方組織以既有之州、廳、市、郡、街、庄等行政機關為窗口，設置奉公會支部、分會、區分會、集落會、奉公班，各級組織之主管以各級行政機關主管兼任。奉公會設置以下外部組織：奉公團、商會奉公會、產業奉公會、青年團、少年團等，全部台灣人因而成為奉公會的會員。這樣的官方運動在國家總動員體制下，一方面受到來自日本大正翼贊運動影響的同時，台灣也對戰時日本軍支配下的南洋各地產生影響，如：「爪哇奉公會」並沒有冠上「皇民」之名，而是以「全島民親和的內在實踐推進軍政施策，挺身完成做為大東亞共榮圈一環爪哇住民的聖戰使命」為目的，與「皇民奉公會」有許多共同點。
小結
由於戰爭規模不斷擴大，所需兵員越來越多，日本當局也在1942年開始在台灣實施陸軍特別志願兵制度、1943年實施海軍特別志願兵制度、並於1945年全面實施徵兵制。上戰場替軍隊勞動的軍伕，其家宅可貼上「榮譽之家」的字樣。榮譽之家的子弟，升學也會受到特別眷顧。
其實這個時期別說台灣，就連日本也早已進入戰時體制，類似戒嚴的狀態，況且台灣當時的皇民化運動是以獎勵進行的，可是到了朝鮮半島若不配合的很有可能面臨牢獄之災。（更別提戰時日本本土還有所謂的特高到處抓反戰的人士）也就是說戰爭時期能活著不被抓去當兵就已經很不錯了，其他地方就不要奢望。
