修持 藥師佛的法門有以下十種功德：
第一，加冠晉祿福壽增長。
升職、升官，增長你的祿位、福報、壽命增加延長。
第二，眷屬如意資產富足。
很多人都欠缺。家裡沒有父親、沒有兄弟；父母親、兄弟姐妹都在，但是不和合、不團結、不同心。修 藥師佛法門可以增長這方面的福德，而且資產容易富足。
第三，產婦生小孩的時候，念《藥師經》、〈藥師咒〉、修密法 藥師佛的法門，就會順利平安地生產；生下來的子女聰明健康，身上沒有奇奇怪怪的大小病痛。
已經懷孕的婦女胎教怎麼做？多念 藥師琉璃光如來的聖號，多誦祂的經典，有受持 藥師佛的密法更殊勝，精進地修。
第四，可以消災免難，事事吉祥。
如果最近災劫很重，特別是影響健康。想諸事順遂，可以修 藥師佛法門。
第五，命終安穩隨願往生。
臨命終的時候，身心可以得到安穩。臨終一念關係到你投生到何方，所以臨終一念如果能得 藥師佛的加持，或平常專修 藥師法門而得到安穩，可以隨心願往生到你要去的淨土。
第六，轉女成男得道多助。
「轉女成男」有兩個，厭離女身希望來世成為一個男身，身體健康健壯好修行；或孕婦想求一個男的小孩。
「得道多助」是容易走在修行佛法的正確道路上，而且有很多的助緣。
第七、若在惡趣暫聞佛名即生人道，菩提不退。
如果不幸墮在「三惡道」地獄道、餓鬼道、畜生道，聽到 藥師琉璃光如來的聖號、藥師佛，可以轉生到人道來，對學佛修行的菩提道心不退轉。
戒殺放生、加持生靈也可以多念〈藥師咒〉、「藥師琉璃光如來」的聖號，也可以做 藥師佛的旌旗來加持生靈。
第八，入邪道者得歸正道，行小乘者令入大乘。
想要有一個正道的法門，可以求 藥師琉璃光如來，誦《藥師經》、持 藥師佛的咒語、修 藥師佛的密法，跟 藥師佛祈求。
「行小乘」就是皈依南傳佛教，想要增長大乘的福德因緣，可以修 藥師佛的法門。深層的意義，現在雖然皈依大乘或金剛密乘，卻沒有發大乘的慈悲心、菩提心，求 藥師琉璃光如來加持、修藥師佛的法門，會回小向大，令入大乘。
第九，毀犯齋戒還得清淨。
受八關齋戒或齋期有犯戒，修 藥師佛的法門，求 藥師佛的加持開赦，可以還復戒律清淨；修密宗守金剛三昧耶戒，常常跟上師 藥師佛作祈請，戒修不好、持不住，久而久之你就持住，就清淨，穩定向道。
第十，不遭挫折速成佛道。
學佛修行能夠勇猛精進，而且能夠快速地成就佛道。
這是 藥師佛法門的殊勝十種功德利益。
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