DNA. Counting DNA Nucleotides

更新於 發佈於 閱讀時間約 3 分鐘

題目:https://rosalind.info/problems/dna/


給一段ATCG序列,分別計算出A、C、G、T各別出現幾次


所以從頭到尾數一遍,使用一個dict()來紀錄出現次數。

最後,因為題目要求的順序依次是A C G T按照字母排序



但第一次寫

個人習慣上還是採ATCG命名,所以在印出之前使用sorted()來排序字母

s = "AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC"

counts = {'A': 0, 'T': 0, 'C': 0, 'G': 0}
for i in range(len(s)):
match s[i]:
case 'A':
counts['A'] += 1
case 'T':
counts['T'] += 1
case 'C':
counts['C'] += 1
case 'G':
counts['G'] += 1

for key in sorted(counts):
print(counts[key], end=' ') # 沒去掉最後一個空白字符

# print(" ".join(str(counts[key]) for key in sorted(counts))) # 去掉最後一個空白字符




(後來才發現ACGT按順序,這是主流風格,

因為FASTA格式、GenBank等生物資訊數據庫通常都按照 ACGT 排序


s = "AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC"

counts = {'A': 0, 'C': 0, 'G': 0, 'T': 0}

for i in range(len(s)):
match s[i]:
case 'A':
counts['A'] += 1
case 'C':
counts['C'] += 1
case 'G':
counts['G'] += 1
case 'T':
counts['T'] += 1

print(" ".join(str(counts[key]) for key in counts)) # 去掉最後一個空白字符
# print(counts['A'], counts['C'], counts['G'], counts['T'])



avatar-img
0會員
8內容數
這裡存放著 我在Rosalind生物資訊平台的解題過程。 歐印生科ㄌ。
留言
avatar-img
留言分享你的想法!
你可能也想看
Google News 追蹤
Thumbnail
題目敘述 Sort Array by Increasing Frequency Leetcode #1636 給定一個輸入陣列,請依照出現頻率的多寡從低頻到高頻排列陣列元素。 如果有兩個元素的出現頻率相同,依照元素大小從大到小排列。 測試範例 Example 1: Input: nums
Thumbnail
題目敘述 All Ancestors of a Node in a Directed Acyclic Graph 給定一個有向無環圖,請找出每個點的祖先,以陣列的形式返回答案。
Thumbnail
題目敘述 Distinct Subsequences 給定一個字串s和目標t,請問有多少個s的子序列可以完美匹配目標t ? 也就是說,有多少個s的子序列和目標t相等? 測試範例 Input: s = "rabbbit", t = "rabbit" Output: 3
Thumbnail
給定一個字串陣列,請把它們所共有的字元伴隨著出現次數輸出。這篇文章介紹如何使用字典統計出現次數,和字典取交集的方法來解決此問題。並提供了複雜度分析和關鍵知識點。
Thumbnail
Append Characters to String to Make Subsequence 給定兩個字串s和字串t。 請計算最少的字元串接數量是多少,串接在s的尾端,使得t是s的子序列。 測試範例 Example 1: Input: s = "coaching", t =
Thumbnail
本文章討論如何使用動態規劃和回頭查看技巧來計算最長遞增子序列的長度,並提供了相關的測試案例和範例。本文還包括了詳細的演算法和程式碼示例,以及時間和空間複雜度的分析。
Thumbnail
題目會給定一個陣列nums和一個目標值goal。計算子陣列總和=goal的數目有多少。演算法包含前綴和和字典的技巧,時間複雜度為O(n),空間複雜度為O(n)。
Thumbnail
題目敘述 題目會給定我們兩個字串。 第一個是指定順序的字串order。 第二個是輸入字串s。 要求我們依據order給定的順序,重新排列s。 如果出現order中沒有出現的字母,任意位置皆可。 合法答案可能不只一組,輸出其中一種即可。 題目的原文敘述 測試範例 Example
Thumbnail
題目敘述 題目會給我們兩個輸入,字串s和字串t,要求我們判定s是否為t的子序列(Subsequence)? 題目的原文敘述 測試範例 Example 1: Input: s = "abc", t = "ahbgdc" Output: true Example 2: Input:
Thumbnail
題目敘述 題目會給定一個整數陣列arr,要求我們判斷是否每個元素的出現次數都不同? 題目的原文敘述 測試範例 Example 1: Input: arr = [1,2,2,1,1,3] Output: true Explanation: The value 1 has 3 occurre
Thumbnail
題目敘述 Sort Array by Increasing Frequency Leetcode #1636 給定一個輸入陣列,請依照出現頻率的多寡從低頻到高頻排列陣列元素。 如果有兩個元素的出現頻率相同,依照元素大小從大到小排列。 測試範例 Example 1: Input: nums
Thumbnail
題目敘述 All Ancestors of a Node in a Directed Acyclic Graph 給定一個有向無環圖,請找出每個點的祖先,以陣列的形式返回答案。
Thumbnail
題目敘述 Distinct Subsequences 給定一個字串s和目標t,請問有多少個s的子序列可以完美匹配目標t ? 也就是說,有多少個s的子序列和目標t相等? 測試範例 Input: s = "rabbbit", t = "rabbit" Output: 3
Thumbnail
給定一個字串陣列,請把它們所共有的字元伴隨著出現次數輸出。這篇文章介紹如何使用字典統計出現次數,和字典取交集的方法來解決此問題。並提供了複雜度分析和關鍵知識點。
Thumbnail
Append Characters to String to Make Subsequence 給定兩個字串s和字串t。 請計算最少的字元串接數量是多少,串接在s的尾端,使得t是s的子序列。 測試範例 Example 1: Input: s = "coaching", t =
Thumbnail
本文章討論如何使用動態規劃和回頭查看技巧來計算最長遞增子序列的長度,並提供了相關的測試案例和範例。本文還包括了詳細的演算法和程式碼示例,以及時間和空間複雜度的分析。
Thumbnail
題目會給定一個陣列nums和一個目標值goal。計算子陣列總和=goal的數目有多少。演算法包含前綴和和字典的技巧,時間複雜度為O(n),空間複雜度為O(n)。
Thumbnail
題目敘述 題目會給定我們兩個字串。 第一個是指定順序的字串order。 第二個是輸入字串s。 要求我們依據order給定的順序,重新排列s。 如果出現order中沒有出現的字母,任意位置皆可。 合法答案可能不只一組,輸出其中一種即可。 題目的原文敘述 測試範例 Example
Thumbnail
題目敘述 題目會給我們兩個輸入,字串s和字串t,要求我們判定s是否為t的子序列(Subsequence)? 題目的原文敘述 測試範例 Example 1: Input: s = "abc", t = "ahbgdc" Output: true Example 2: Input:
Thumbnail
題目敘述 題目會給定一個整數陣列arr,要求我們判斷是否每個元素的出現次數都不同? 題目的原文敘述 測試範例 Example 1: Input: arr = [1,2,2,1,1,3] Output: true Explanation: The value 1 has 3 occurre