讓舉世震驚的盧安達大屠殺爆發後，情勢進一步失控，原本簽署了停戰協議的盧安達愛國陣線立刻撕毀協議，南下猛攻盧安達首都，並且對佔領區內的胡圖人展開報復性殺戮，形成在盧安達南方的胡圖人屠殺圖西人，而在北方則是圖西人屠殺胡圖人的慘況。領導盧安達愛國陣線的圖西族軍人，許多曾在烏干達軍中服役，並以烏干達軍人的身份，到西方國家受訓，同時烏干達政府還不斷違背承諾，將西方國家所援助的武器，偷偷轉交給盧安達愛國陣線等武裝組織，這都讓盧安達愛國陣線的部隊遠比一般的武裝民兵還要有戰力。由胡圖族所組成的盧安達政府軍根本不是盧安達愛國陣線的對手，很快就丟掉了盧安達首都。但盧安達愛國陣線攻下首都以後，卻忙著組成新的政府，瓜分權力，而沒有繼續南下，拯救陷於屠殺夢魘的南方圖西族人，其結果就是死亡人數節節上升，並沒有因為胡圖族政府軍的戰敗而終止。
在此同時，大量的胡圖族人擔心，新成立的圖西族政府，將會對他們展開報復性的屠殺，因此在胡圖族政府戰敗瓦解後，紛紛出逃到鄰國。保守估計有二百萬胡圖族難民逃離盧安達，其中多數逃到了相鄰的剛果民主共和國，當時剛果民主共和國的國名還叫薩伊，由獨裁者蒙博托統治。而令人沒有想到的是，胡圖族難民的外逃，卻埋下了第一次剛果戰爭的導火線。因為逃到薩伊東部地區的胡圖人，跟過去逃到烏干達的圖西人一樣，組成了武裝組織來保護自己的安全，並且時常跨過國境，進入盧安達攻擊圖西人。人數超過一百萬人的胡圖族難民除了造成人道危機外，也讓圖西人組成的盧安達新政府如芒刺在背。再加上這些胡圖人認為在圖西人背後撐腰的是烏干達，因此也威脅要攻擊烏干達，而讓烏干達與盧安達全力向當時的薩伊總統蒙博托交涉。圖西人組成的盧安達新政府還直接出兵，進入薩伊東部，與胡圖族武裝組織作戰，而引發薩伊的嚴重抗議。
薩伊鈔票上的獨裁者蒙博托
薩伊當時的總統蒙博托是個無能又腐敗的獨裁者，因不得人心而導致薩伊國內反抗勢力林立。他一開始曾想要遣返這些胡圖族難民，但當時遣返的結果就是導致這些胡圖族難民被屠殺，最後只能在國際壓力下終止遣返的工作。而既然無法遣返這些胡圖族難民，蒙博托就想不如趁機與胡圖族武裝組織合作，以提供他們政治庇護為代價，藉他們之力來打擊想要推翻蒙博托政權的各地反抗軍。但此舉卻讓烏干達與盧安達的新政府更感到不滿，最後直接介入薩伊的內戰，支持其中一個反蒙博托的武裝組織「解放剛果民主力量同盟」。這個組織的領導者卡比拉是個極左派共產主義份子，他不止獲得烏干達與盧安達新政府的資助，還得到辛巴威的支持，因為辛巴威總統私人在薩伊投資大量礦產，獲取暴利，並藉由與卡比拉的結盟，來保護他的產業，而這也讓卡比拉的實力大增。
卡比拉在一九九六年三月，揮軍朝薩伊的首都金夏沙推進，鄰近國家因為各種理由紛紛加入戰事，或是選擇支持卡比拉，或是其它的反蒙博托民兵部隊，形成了一場大混戰，史稱第一次剛果戰爭。蒲隆地捲入戰爭的原因與盧安達類似，而安哥拉是因為蒙博托長期支持安哥拉的反政府武裝組織，意圖推翻安哥拉政府，這讓安哥拉政府軍加入了反蒙博托的戰事之中。納米比亞則是因為其執政高層在剛果有許多商業投資，同時受蒙博托支持的安哥拉反政府武裝組織，也長期煽動納米比亞北方地區脫離納米比亞獨立，而讓納米比亞政府決定介入薩伊的戰事。但這幾國的部隊都是為自己的利益在打算，立場曖昧，很多時候不積極作戰，而反抗蒙博托政府的武裝民兵在與政府軍作戰時，缺乏統一的指揮，有時甚至還因為陳年宿怨而互相攻擊，讓原本腐敗不堪的薩伊政府軍得以喘息，讓戰事陷入了膠著。
戰事一直持續到一九九七年，卡比拉終於從混戰中勝出，兵臨首都金夏沙，蒙博托曾經希望與卡比拉和談，但是最後談判破裂，蒙博托倉惶出逃，臨走前還捲走政府的大筆財產。卡比拉在成功奪下首都金沙夏以後，立刻成立新的政府，並將國名改回剛果民主共和國，並拉攏收編其它的武裝民主組織，暫時維持住了國家的穩定，結束了第一次的剛果戰爭。這場戰爭估計有數十萬人死於戰火中，因戰爭而流離失所的人超過一百萬，另外死於飢荒、瘟疫與種族暴力的平民，則幾乎無法估算。但是第一次剛果戰爭並沒有結束剛果民主共和國的厄運，卡比拉面臨的是一個殘破不堪的國家，經濟幾乎已經破產，還欠下大筆外債，各派系雖然暫時停火，卻仍然為自己的利益而互相傾軋。而另外一個重大的問題，是參與戰事的各國部隊，並未在戰爭結束以後，從剛果民主共和國撤離，反而繼續駐軍以維持自身的利益。
其中介入第一次剛果戰爭最深的烏干達與盧安達兩國，在其首都金夏沙，駐有最多部隊，並處處干預卡比拉的政府，許多圖西人自恃扶持卡比拉政權有功，在卡比拉的政府內擔任高官或顧問，也引起剛果本地人的嚴重不滿。卡比拉自己也希望擺脫這些外國勢力的干預，因此從一九九八年開始，逐步拔除政府裡的圖西人官員與顧問，最後甚至下令在首都金夏沙的外國部隊要在限期內全部離開，此舉徹底激怒烏干達與盧安達。在雙方關係完全破裂後，烏干達與盧安達轉而支持在剛果東部的另一個新武裝組織，稱之為「剛果解放運動」。該組織主要是由班亞穆楞吉人所組成，這個民族與圖西人有濃厚的血緣關係，過去常被視為是圖西人遷移到剛果的分支。這個由班亞穆楞吉人所組成的武裝組織，在烏干達與盧安達的大力支持下，快速茁壯，很快就出兵西進，準備攻擊在首都金夏沙的卡比拉。
卡比拉面臨昔日的支持者反目，新的武裝民兵組織又已逼近首都，他選擇的解決方案與昔日的蒙博托幾乎一模一樣，與盤據在剛果民主共和國東部地區的胡圖族武裝組織結盟，並煽動說控制盧安達新政府的圖西族，正打算扶植同屬圖西族分支的班亞穆楞吉人來奪取政權，一旦班亞穆楞吉人成功，將會重演盧安達的慘劇，圖西人必定大舉屠殺胡圖族難民。這樣的宣傳立刻勾起胡圖人的恐懼與仇恨，胡圖族武裝組織開始與卡比拉合作，攻擊剛果解放運動的民兵部隊，而剛果民主共和國各地，也紛紛傳出有胡圖族難民攻擊圖西人或班亞穆楞吉人。卡比拉在煽動民族仇恨外，又進一步向國外求援，希望以前曾支持他的國家，能再度派兵進入前來助戰，而此舉將引發多個非洲國家都被捲入的第二次剛果戰爭，這一次的戰爭將遠比第一次的戰事還要血腥、殘忍數倍。（未完待續）
