第二次的剛果戰爭爆發於一九九八年，距離第一次剛果戰爭結束，才不過一年多的時間。卡比拉在與烏干達、盧安達兩國徹底翻臉後，回過頭去找在第一次剛果戰爭中曾支持他的國家。辛巴威、納米比亞兩國，曾因為執政者個人與家屬在剛果民主共和國的投資與利益，而在第一次剛果戰爭中支持卡比拉。在卡比拉再度求援後，為了繼續維持私利，宣布將支持卡比拉政權。同時還去遊說當時的「非洲南部發展共同體」組織，一同力挺卡比拉，以維持剛果民主共和國的穩定情勢。而這也導致「非洲南部發展共同體」的成員國一一捲入了第二次的剛果戰爭，其中安哥拉、蘇丹、查得等國先後派兵參戰，利比亞、南非雖未直接派兵參戰，但也間接參與了戰事。而烏干達與盧安達，則拉攏立場相近的蒲隆地，並團結由班亞穆楞吉人所組成的其它民兵組織，形成同盟，來一起對抗支持卡比拉的胡圖族部隊與國際聯軍。
剛果民主共和國的前總統卡比拉(Laurent-Désiré Kabila)
在第二次的剛果戰爭中，總共有九個國家直接派兵參戰，許多未參戰的非洲國家都或多或少被捲入這場戰事之中。而除了剛果民主共和國內部的各派系民兵全部參與戰事外，烏干達、盧安達、安哥拉、納米比亞等國的國內反政府武裝組織也紛紛參戰，在戰事最為熾烈的時候，有二十幾個武裝勢力合縱連橫，彼此攻擊或合作。因此這場牽動整個非洲大陸的大混戰，也被稱之為「非洲大戰」。而歐美等西方國家一方面不想捲入這場混亂中，另一方面在國際輿論壓力下，透過外交途徑或聯合國決議所進行的制裁，也都無法有效阻止戰事。在戰事一開始時，雙方的部隊互有勝負，但很快的由烏干達與盧安達兩國支持的班亞穆楞吉人民兵，就佔了上風，大半剛果民主共和國領土落入其控制之中。只是卡比拉並不認輸，反而靠著胡圖族武裝組織的數萬部隊與國際聯軍苦苦支撐。
因為盧安達大屠殺的恩怨，胡圖人視烏干達與圖西人組成的盧安達新政府，為不共戴天的仇敵，更厭惡血源上為圖西人分支的班亞穆楞吉人，因此選擇支持曾經與之為敵的卡比拉政權。胡圖人在剛果民主共和國的東部有百萬難民，因此不愁招募兵源的問題，其對付班亞穆楞吉人的手段十分兇殘，軍紀又極差，往往蓄意強姦婦女，綁走兒童，甚至屠村作為報復。居於弱勢的卡比拉，需要依賴胡圖族民兵來鞏固政權，因此也放任這些殘酷的行為，對國際輿論的批評置若罔聞。在一九九九年後，戰事陷入膠著，雙方陣營彼此對峙，也從正規的部隊作戰，變成了互相襲擾式的游擊戰，而將戰火帶入一般平民居住的鄉鎮之中，又因為互相以屠村做為報復，而使平民的死傷遠遠超過軍人的傷亡人數，被稱為是二十世紀末的最大人道浩劫。
持續漫長的戰事，大量平民的死傷，讓交戰的各方勢力難以招募士兵，胡圖族部隊還有難民可以招募，而其它的武裝組織與政府軍，就只能僱用國外的職業傭兵或無業遊民，甚至最惡劣的，就直接抓捕幼童，訓練成娃娃兵，這也引發國際社會的撻伐。一些參戰的外國部隊則因為戰事拖延太久，紛紛選擇撤軍。唯有在剛果民主共和國有龐大利益的烏干達、盧安達與辛巴威等國，一直維持大量部隊參與戰事之中，但辛巴威也因此負擔了龐大的軍事開支，最後幾乎拖垮國家財政。這些國家的部隊一方面與敵對勢力作戰，而更重要的任務是掠奪剛果民主共和國境內的豐富礦產資源。這場看似沒有任何希望的戰爭，一直持續到二○○一年，才開始出現轉機。
在二○○一年時，卡比拉遭到暗殺，卡比拉的支持者們擁立他的兒子小卡比拉繼任總統。小卡比拉執政以後，選擇與烏干達與盧安達和解，承認他們在剛果民主共和國的部份利益，以換取他們撤兵。當時國際情勢已經有所改變，烏干達與盧安達也希望擺脫介入剛果戰爭的惡名，再加上也已獲得小卡比拉的承諾，因此原則上同意撤兵。同時小卡比拉也同意給予班亞穆楞吉人平等的公民權利，以換取「剛果解放運動」組織的停火。就在小卡比拉與國際社會的全力斡旋下，其它各武裝組織也終於同意終止戰事，各國參戰部隊於次年全面撤出，慘烈的第二次剛果戰爭終於慢慢劃下句點，並在二○○三年簽訂了正式停火協議，長達五年的第二次剛果戰爭正式結束，卻遺留下一個殘破不堪的剛果民主共和國。
第二次剛果戰爭是場平民死傷人數遠遠超過軍人死傷人數的殘酷戰爭，死於戰火中的精確人數，可能已經永遠無法計算，但最少有四百多萬的平民死於戰火或種族暴力事件中，應該算是很保守的估計。再加上各國政府軍與各參戰團體的武裝民兵們，也有很慘重的傷亡，因此這場戰爭總共可能造成了五百萬人以上死亡，而這相當於剛果民主共和國當時總人口數的十分之一。同時戰火幾乎摧毀這個國家的所有基礎建設與經濟活動，國際組織悲觀地估計，可能要花費三、四十年的時間，才有辦法再回到戰前的水準。動亂與民生凋敝讓這個國家直到戰後十幾年間，仍然在苦苦掙扎中。由和平之家編纂的「失敗國家指數」，剛果民主共和國在二○一八年仍高居失敗國家的第六名，而一水之隔的剛果共和國，則早已走出二十名之外，領先許多非洲國家，會有如此大的差距，兩次的剛果戰爭當然是最為關鍵的原因。
在這兩場戰爭中，覬覦著剛果民主共和國豐富礦產資源的國家，雖然已在戰後紛紛撤軍，但其實仍透過扶持剛果民主共和國內部派系或武裝團體的方式，由代理人來掠劫瓜分利益。不過這些國家都不敵最新興起的外國勢力，也就是近年來積極在非洲擴張勢力的中國。其實中國遠在第一次剛果戰爭時，就已經悄然與卡比拉建立關係，因為卡比拉本身就是極左派共產主義份子，兩方的意識形態可謂一拍即合。中國這個老牌共產國家在走向改革開放後的成功，更被卡比拉視為是未來模範，小卡比拉還曾在第二次剛果戰爭爆發前，去中國國防大學接受過高階指揮官訓練，並在返國以後擔位陸軍部隊總司令，因此卡比拉的部隊與中國有許多的合作關係，而這也成為後來中國勢力快速在剛果民主共和國紮根的根本原因之一。
但中國勢力的大舉入侵，壟斷這個國家的礦產資源，是否能給這個苦難的國家帶來轉機，恐怕也還在未定之天，因為委內瑞拉的前車之鑑就是一個很好的例子，不過這又是另外一個悲慘的故事了。
