要了解科學與宗教為什麼衝突，就要先了解科學是什麼。
2.1 科學是一套工具
科因以自己學生時代的經驗為例：他一心研究演化遺傳學，進了理想的研究院，卻因為害羞、拘謹，受不了同儕在學術上的「挑剔」風氣，閉嘴多聽了兩年，才明白：大家百般質疑，不是人身攻擊，而是科學的基本條件，為了找出研究者在觀念上、方法上的錯誤，等於科學的品質控管。好比米開朗基羅剔掉不該有的大理石，大衞就成形；科學的觀念、實驗經過嚴格檢驗，剔除錯誤，真理才出現。
所謂真理，是指「宇宙的真理」，即現實存在，可以憑理性、由不同觀察者驗證的事實；而對這些事實的理解，就是客觀的知識。科學沒有單一的固定方法，一般的程序是「假設，測試，確認」，但是有時候要先觀察，收集證據，才能假設。而測試也不一定能做實驗，而要靠觀察。例如：膨脹的宇宙、背景輻射，都與大爆炸的假設相符，證明大爆炸是真的。
換言之，科學不是知識的集合，而是一套了解宇宙萬物運作的方法、程序；也可以說是一套用過有效的工具，幾百年來精益求精，用來認識自然的。有人說：「鳥類從恐龍演化而來。」我們問「你怎麼知道？」時所用的那套方法，就是科學。為什麼要用這些方法呢？科因引著名物理學家費曼（Richard Feynman, 1919-88）的話：
「第一原則是你可別騙自己──自己是最好騙的人。所以你得千萬小心。」
費曼的話之所以重要，在於點出了科學與宗教在尋找真理上的分歧。因為科學家跟一般人一樣，也有認知上的毛病，例如：驗證性偏誤（confirmation bias）。科學方法幫助我們，避免相信自己喜歡為真的說法。宗教卻有許多特質，幫助信徒騙自己相信喜歡為真的教義。
2.2 科學知識是暫定的
只有數學、邏輯有絕對的、不變的真理；科學知識通常是暫定的，有些經久，有些會過時，甚至被新發現推翻。這是科學的優點，而不是缺點。因為這一來，知識才可以隨着人類思想、工具的進步，隨着新的資料而更新。所以考夫曼（Walter Kaufmann, 1921-80）說：「知識的特質不在確定，而在證據。」既然證據會改變，一成不變的知識就不叫知識。
有人批評科學知識不斷翻新，例如醫學的說法經常改變，可見科學不可靠云云。其實有許多科學知識十分穩定，不大可能推翻。起碼在現實生活裡，大家都非常信任現代科學，現代醫學也非常可靠。信徒跟無神論者一樣，注射胰島素、吃抗生素、降膽固醇藥，都放心把性命賭上。
按：這種科學精神，就是「孔子行年六十而六十化，始時所是，卒而非之，未知今之所謂是之非五十九非也。」基督教宣揚神是一切的源頭，萬千現象的終極解釋，無疑叫人得到現實世界得不到的確定感，彷彿萬事都有把握了。其實很多人早已指出，這不過用一個更難解釋的問題（神）來代替要解釋的問題（萬物由來、奇妙的生物、苦難、意識等等），不但答了等於沒答，而且截斷了原本求真的路。就算我們退一萬步，承認「神」這個解釋是人心的一大安慰，所得仍然遠不如所失。我們為了這份確定感，付出了慘重的代價。請參看Robinson（1964）。
2.3 可否證性（falsifiability）
原則上，我們只能夠證明某個理論錯誤，卻不能證明某個理論正確，因為隨時觀察到新的證據，就可以推翻舊說。一個理論或事實，必須有證明錯誤的方法，必須經過那些方法測試，通過，才認為正確。
例如：科因小時候總認為，自己一走開，房間裡的絨毛動物玩偶就會動；一回去，又馬上歸位，所以永遠看不到牠們動。這就是不能否證的說法。祈禱不靈，就推說「神不受試驗」，祈禱的功效就永遠無法否證。
2.4 懷疑與批判精神
科學史上有不少騙局，往往成了信徒攻擊的箭靶，好像科學很不可靠。其實科學家大都愛惜羽毛，一有特別的發現，總先自問：有沒有別的解釋？實驗哪裡出了紕漏？哪裡搞錯了？因為許多同行在研究，作偽、出錯都會很快現形，競爭的結果就是大部分人都誠實、謹慎。而所有騙局，一律是科學家揭穿的。
2.5 重複和品質控制
大多數科學理論都可以由不同的人重複實驗，如果重複得夠多，結果也相同，就可以認為正確。此外，還有對照組、統計分析、雙盲測試、資料分享等品管方法。
2.6 理論簡約
例如：如果以病毒感染就足以完全解釋天花，就不用考慮病人失德被神靈懲罰。同樣，不管研究宇宙的運作、地球上的生物，「上帝」都是個多餘的解釋。
2.7 不確定性
科學家跟一般人一樣喜歡追根究底，卻常說「不知道」；這不但不丟臉，反而是鞭策科學家前進的動力。費曼說：
我疑惑、不確定、不知道，也可以過活。我想，與其認定也許錯的答案，不如不知道，過得有趣多了。……東西不知道，不叫我害怕；神秘的宇宙，依我看，可能真的沒有目的，也不叫我失落。
疑惑往往是科學迷人的地方，許多人卻難以忍受，因而被宣稱絕對真理的宗教所吸引。
按：人類學家蒙塔古（Ashely Montagu, 1905-99）曾說：「科學有證據而不絕對正確，創造論絕對正確而沒有證據。」（“Science has proof without certainty, creationism has certainty without proof.”轉引自Johanson and Edgar (2006: 31)）雖然是挖苦，卻耐人尋味，尤其值得信徒三思。
2.8 集體性
科學既沒有國界，也不受學科、領域限制。考古學家、語言學家、歷史學家都用得上科學；除了學術界，汽車公司、管子工也用科學。
引用文獻
Johanson, D. C. and Edgar, B. 2006. From Lucy to Language: Revised, Updated, and Expanded. Simon & Schuster.
Robinson, Richard. 1964. An Atheist's Values. Oxford University Press. http://www.positiveatheism.org/hist/athval0.htm
