貴船信仰萬物起源之水，與交通行船、樹木生長，三者要素密不可分。
中宮、奧宮都可看到代表性的船石及神木。
中宮結社
本宮戀文寫上心願後，前往中宮結社供奉，結社一小段台階蜿蜒而上，映入眼簾的是如鯨魚出水的「天之磐船」。1996年（平成8年）造園業者久保篤三氏奉納，貴船山中出土的天然石。
自古船是大眾運輸工具，連接人及兩地，衍伸結緣之意。
「桂木」樹齡400年高30公尺，神道認為人體內氣會衰竭，撫摸神木能恢復元氣，枝椏漂亮的舒張開來、有如大地昇天之龍，奉為神木。
結社庇佑姻緣靈驗，平安時代女歌人和泉式部曾來參拜，境內立有和歌石碑，她煩憂丈夫另結新歡，凝望貴船川水上的螢光、吟下和歌。
「流螢漫天舞，朝暮念君心，點點川水上，熒熒妾身魂。」
（物おもへば 沢の蛍も我が身より あくがれいづる 魂かとぞみる）
她幽歎入骨相思，魂魄出竅碎為螢光，而貴船大神忍不住開口勸她不必這般苦情想不開。
「情思飛瀑下，如珠四散飛，神傷魂螢碎，怎堪至此悲。」
（おく山に たぎりて落つる瀧つ瀬の 玉ちるばかり 物なおもいそ）
她文才卓越，誠心感動貴船大神，和泉式部耳畔傳來悠然男聲的答歌，從此如願與丈夫重修舊好。
.....和歌的確悽楚驚艷，卻沒有特別打中感動的點。
實際上和泉式部也是個多情之人（女版源氏），平安時代戀愛風氣開放，但也少有如她堂而皇之出軌、風流諸多男子之間，互相戀愛攻略、連發心碎彼的此彼此。
縱使文采驚艷卓越，紫式部在日記中批評她對男人過度濫情。
無論哪個時代痴男怨女絡繹不絕，死灰復燃的戀情為人津津樂道傳頌千年。
結社祭神為姐姐磐長姬命，自身姻緣未果仍是一心庇佑眾生。
與妹妹木花咲耶姬詳情，參考【古事今記】古事記中第一美女-木花咲耶姫。
思慕川
前往奧宮時途徑一座小小的紅橋，原本是參拜時淨化身心用的川水，和泉式部前來參拜後便改稱。
つつみヶ岩
貴船石特有的深紫光輝，古代火山灰堆積的岩石，高4.5公尺，重43噸，位於結社及奧宮之間。
奧宮
有名的丑時參拜地點，清幽充滿靈氣、古時貴船本宮所在地，又稱「黃船宮」，經歷水患而將本宮遷移。
相傳底下有龍穴，無人見過的神秘，權地是指社殿修整時，建造暫替之處，木工在權地修建時不慎將刻刀掉落，頓時烏雲大作颳來強風將刻刀重新吹卷向空中，人們視為龍穴神秘的力量。
奧宮祭神為高龗神（たかおかみのかみ）、闇龗神（くらおかみのかみ），前者為「山上龍神」， 後者「谷底闇夜龍神」，皆是司掌水為萬物生命之源。
創建傳說神武天皇的母后玉依姫命（たまよりひめのみこと）搭乘黄船（きぶね）自淀川和鴨川溯流而上，抵達此地見請清泉湧出，祈福國泰民安在此建立社殿，貴船神社信仰的起源。
黃船不現世人眼中、以大小石頭圍疊藏起，船形石至今供奉在奧宮中。
境內左邊高聳相擁的「連理杉」，特別的是不同品種的樹木，一杉一楓途中相互依偎，套用在男女上大概是性格互補的概念。
出了奧宮外另外還有一株相傳樹齡超過千年，環抱9.6公尺、高35公尺，枝幹粗大「同根相生杉」又名「相老杉」。
「同根相生杉」互相扶持的老夫老妻，與年輕小情侶「連理杉」深受信仰庇佑戀情融洽、夫妻和睦。
酷熱天氣沿途溪水潺潺，沁涼林木清香，川床料理穿梭繁忙、遊客不絕，本宮的紅獻燈石階爭相追捧熱鬧不已，相較之下，極簡古樸的奧宮寂寥安靜，前往時更加自在從容。
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路順：貴船神社本殿→ （徒步5分鐘）結社 → （徒步12分鐘）奧宮
＊寺院神社莊嚴之地，務必遵守參拜禮儀，嚴禁喧嘩及飲食，卡位以及拉扯摘取花木＊
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