1902年，高木友枝接任自己東京帝大學弟(山口秀高)的位置，成為臺灣總督府醫學校的第二任校長。

一上任，高木校長即著手創辦了至今在台灣醫界仍有具有一席之地的雜誌─《臺灣醫學會雜誌》。

根據台灣醫師劉榮春、杜聰明與蔣渭水等人的口述，高木校長治校期間，最為台灣子弟佩服的是他不禁止學生使用母語、尊重台灣文化以及對民主思想的堅持。

1912年前後，羅福星等人遭到逮捕，其組織資金經追查竟與台灣總督府醫學校學生有關，當時總督府準備進入校園逮捕學生，被高木校長以「教育獨立」、「校園自治」等理由，力抗總督府，最後警察並未進入校園，也無任何學生遭到逮捕。

高木友枝校長對於未來要成為醫生的學員們，最重要的要求就是：

「為醫之前，必先學為人。」

只有具有完整人格的人，才有可能勝任為一個合格的醫師。而這句話雖然最終沒有成為台大醫學院的院訓，但是在校就讀期間，可以很明顯地從台大醫院師長們的言行中發現─台大醫學院對所有醫師(與醫學生)的期許，就是成為一個能夠對人對事對國對家都能夠有所擔當的人，而這樣的「人」，才夠格成為一位醫生。

●謎之音：尤其台大內科(內科醫局)更能感受到師長們對於完整人格的追尋與要求！

高木友枝校長於1915年卸任臺灣總督府醫學校校長，但是他與台灣的緣份並未結束。1919年高木博士成為臺灣電力株式會社的社長，負責日月潭水力電氣工事的進行，最後1929年7月9日高木友枝從臺電離職，回到東京世田谷。

高木友枝對台灣有極大影響，後續會開一篇《日本時代人物誌》專文介紹。