就讀星德體育高中的西野蒼（新田真劍佑 飾演）瀨野遙（山崎紘菜 飾演）和松本考太（鈴木伸之 飾演）是從幼稚園就認識的朋友。
西野蒼和遙是弓道社團社員，考太是劍道社社長，也是主將。學校以培養優秀運動員為主旨，把體育競賽獲勝當作唯一目標，熱愛日本史的西野蒼對練習活動總是意興闌珊，成績達不到標準，遙在旁邊總是鼓勵他，再瞄準一點，再加把勁，一定正中靶心。
這天放學後，學生們如常留在學校進行社團活動，突然烏雲密佈，雷聲隆隆，一道落雷打中校園中的巨石，下起大雨，有人摸著廊柱，牆壁的雨滴，竟是紅色的！
有人嚷：天下紅雨！
眾人奇怪的議論紛紛時，突然黑霧籠罩校園，在操場練習的學生們不由自主靠攏時，霧散，眼前出現穿盔甲騎馬軍隊，驚詫時，大批相貌醜陋，頭髮散亂，持刀武士怪叫的衝向學生群，揮刀斬殺。
慘叫聲四起，校園裡血肉橫飛。武士分批闖入辦公室、教室走廊，見人就砍，手無寸鐵的老師、學生們屍首遍佈各處。
弓道社學生射箭反擊，考太指揮同學躲進教室，全力反擊。
科研社資優生吉元萬次郎（濱田龍臣 飾演），發現校園外房屋,街道景，變的不一樣，他出動空拍機拍攝畫面，竟是一望無際的荒野樹林。
同學們七嘴八舌討論這怎麼回事呢？
西野蒼看那些人的盔甲，旗幟，說出：我們很可能穿越到戰國時代了！他們是織田信長（松山研一 飾演）的軍隊！
穿越時空？太不可思議了，倖存者擔心被殺時，來了另一隊人馬，帶隊者是松平元康（三浦春馬 飾演），他把倖存學生集中到體育館，部分學生被信長軍隊抓走了。
聽松平元康和部下談話，熟知日本史的西野蒼說這時應該是著名的桶狹間之戰前夕。
松平元康告訴他們，被抓走的同學被囚禁丸根砦，那是織田信長的城塞。
為了救回被擄走的同學，西野蒼和考太他們商量後，擬定作戰計畫願意幫助元康，作為戰爭先鋒攻破丸根砦城塞，他們要奪回要回去的未來。
考太把同學組織起來，除了受傷跟科研社的留在學校找出回到現代的方法外，其餘都參與救援被擄走的六位同學。
天真的學生們說：古代沒有棒球、空手道、美式橄欖球、西洋劍救援沒問題的。
但他們沒搞清楚，那群古代武士有長刀，軍隊有箭，槍砲，所有剛出發到第一站就被忍者襲擊，多人死傷，包括帶隊的考太，遙跟另兩位同學被抓走。
失去兩位最好支持者，懦弱膽小的西野蒼肩負起帶隊指揮的任務。
進攻丸根砦第二關時，學生軍死傷慘重，做為人質的遙，見到了失蹤兩年的學長不破瑠依（渡邊圭祐 飾演），他穿越時空來到戰國時代投靠織田信長，
攪亂歷史，改變未來。
西野蒼退縮時，松平元康告訴他，自己最大的希望就是建立沒有戰爭的日本，要西野蒼堅持信念，做自己。
為救西野蒼，被不破瑠依開槍擊中心臟，斃命。
西野蒼搏命不破瑠依後，決定留在古代，不讓歷史改變，在淚眼中和遙告別。
留在校園的同學們，架好線路等待落雷再次擊中巨石，把他們送回現代。
《群青戰記》改編笠原真樹在《週刊YOUNG JUMP》連載漫畫，描寫突如其來的落雷，讓體育競技常勝高中，全校穿越回到日本戰國時代。
這些體育社團高手，運用頂尖的體育技巧與現代知識，與織田信長軍隊展開戰鬥。
很扯的是到了古代，平板還能查到歷史資料，空拍機不斷電，準備拿諾貝爾獎的吉元萬次郎不知是怎麼辦到的？
「神話」的易小川還做個小型充電機，讓手機隨時能充電錄影呢。
留在戰國時代的西野蒼頂替了松平元康，改名德川家康。
結局很莫名其妙啊，學生死傷大半的學校，竟然如常上課，像是沒發生那麼可怕的事一樣。
