四、遼東全面淪陷，退守山海關:
1.天啟二年正月的爭論:
天啟二年的正月，明朝政府仍是在對於遼東權責的爭吵中度過，如正月八日刑部郎中徐大化抨擊熊廷弼「受國厚恩，不思與虜戰，而日日與廟堂舌戰、筆戰，其與之同臭味而比和者，逃臣胡嘉棟、朱萬良，建議割棄廣寧之高出耳!由其乖戾兇愎，盡失將士心，人不為用，其所用者，率敗遼者也。」熹宗顯然也又些厭煩熊廷弼和朝臣們的口水戰，不在於批示中明確支持經略，而是都交給相關部門和廷議定奪。同時間前後，遼東巡撫王化貞為表達自己作戰的決心，主動以六萬部隊請戰，直搗後金根據地。熊廷弼因為自身的三方布置策以成廢紙，便順水推舟，請求朝廷認可此次攻勢並罷免自己，以免事權不一。
廷議的結果仍然分歧，兵部尚書張鶴鳴呈上的報告便有十三種意見，大多數參與者仍支持維持現狀，令兵部也不敢主張己說，還是把球作給皇帝。熹宗仍然把球踢回去，下旨道:「著吏、兵二部會奏，國家大事當虛心酌處，一力主持，不必過為顧慮，反致疑惑。」經撫之爭仍陷入僵局，女真不再給予明廷更多爭論的時間，正月下旬便發起了攻勢……
2.名存實亡的遼東:
正月初一，後金便在海州集結兵力，準備向南攻取明軍在關外的重鎮廣寧，一月十九日開始包圍邊境要塞西平，西平堡困守兩天後陷落。巡撫王化貞派遣兩位總兵祁秉忠和劉渠前去援救，與後金在沙嶺決戰，由於參將孫得功等人甫接戰擊潰逃，明軍主力被殲滅。
當時聽聞前線軍情緊急，天啟皇帝於二十一日、二十二日連下兩道上諭給兵部，指示加強防禦部署和軍事高層文官調動，並強調降對於有功人員給予重賞，可見其對遼東之重視，可惜於事無補。
後方的廣寧人心惶惶，參將孫得功眼看堅守無望，便計劃生擒王化貞，以廣寧城迎翔女真人。王化貞僥倖逃出廣寧城，路上碰到前來救援的熊廷弼，廷弼眼看大勢已去，便沿路焚燬可得軍事物資，護送遼東軍民退回山海關。至此離薩爾滸之戰短短四年，明朝經營二百餘年的遼東已全數淪陷。
3.熊王二人的下獄和會審:
為了收拾殘局和穩定軍心，除了兵部尚書張鶴鳴自請視師至山海關外，同時亦下旨命熊廷弼:「封疆失守，熊廷弼罪將何辭?姑准戴罪守関，立功自贖。」但此旨似為首輔葉向高所擬，他在同時寫給熊廷弼的信中寫道:
…鄙意欲即即以守關委門下，而人言不同，又因方直指(御史方震孺)有關外當守之說，故復以出關為言。…門下若蚤出一疏，毅然擔承，而不徒爭于口舌之間，則諸左袒者猶可已有辭… -《後綸扉尺牘》卷二
葉向高稍早於致書順天巡撫李瑾的信中道出熊廷弼的處境不樂觀:「…揆之國法，總無生路，惟聞逆酋以渡河而歸，則乘此機會誓死出關，亦可贖罪，是明旨開以一生路也。如其不能，則言者益多，誰能庇之?」指出熊廷弼唯有出關收復失土，否則難逃一死的下場。
然而至二月十三日，熹宗便改變心意，下令逮捕王化貞，熊廷弼解職回鄉，等待勘問結果發落，但他亦選擇留在北京等待結果。四月一日，三法司(刑部、都察院和大理寺)會審熊、王二人功罪，《兩朝從信錄》有簡短記載審問內容，但也是熊王兩人互相推託罪則而已。四月十七日，三法司長官們聯名上報會審結果:
…王化貞受命於敗軍之際，廣寧危若纍卵，隻乎撐持八閱月，人誰不憐之?…聲聲立戰，賊尚在百里之外而棄廣寧如敝屣…化貞有憂國之心而無謀國之智；有吞胡之志而無㓕胡之才…若熊廷弼才識氣魄睥睨一世，往年鎮遼而遼存，去遼而遼亡，關係匪輕…虜騎一來，錯愕不知所出，飛檄催戰，盖曰勝可以成吾之名，敗亦可以驗吾之言也…廷弼試捫心一思，比之楊鎬更多一逃，比之袁應泰反欠一死，若厚誅化貞而廷弼少及於寬政，不惟無以服天下萬世之心，恐無以服楊鎬、袁應泰之心矣… -《明熹宗實錄》卷二十一
可見兩人喪城辱國，又無寸功可贖，自然皆依照死罪論，《兩朝從信錄》記載熹宗批示:「熊廷弼控制無方，王化貞棄城不守，以致河西失陷，內地震驚。且當封疆多事，正中外觀望之日，情罪即殊，法難懸異，會同覆審既明，俱依擬。」同意三法司的判決,判處死罪，先囚禁等待行刑。接下來數月，當時抨擊熊廷弼而受貶謫降調之馮三元等人，熹宗下令他們官復原職。
4.傳首久邊和平反:
之後的政爭中熊、王二人屢次收到牽連，但真正影響二人命運的當屬閹黨和東林黨的政爭，隨著天啟四年年中後逐漸變得白熱化，東林黨人楊漣等人開始大力攻擊魏忠賢，閹黨便羅織熊廷弼交接東林，甚至貪汙受賄，熊廷弼終究於天啟五年八月二十六日在北京西市處死，首級被傳首九邊，並且追討贓銀十七萬兩。直到崇禎繼位，魏忠賢倒台，熊廷弼終被平反。
