在斗六門戰役中，台灣鎮總兵林向榮犯了個錯，他率領全數官兵進駐斗六城中。
劉阿屘抓緊機會，採用「圍城打援」戰術，一方面將斗六城內的清軍團團包圍，並截斷糧道；另一方面打退、勸退前來送糧的援軍。
同時再搭配自創的「鯨魚精轉世」理論，對外宣稱林向榮上輩子是鯨魚精，駐紮於斗六城內，是「魚入斗中」，不久將潰敗，藉此號召群眾、拉攏民心。
最終，戴潮春陣營打敗清軍，攻下斗六城。
話說紅旗軍攻下斗六城後，大家都忙著討論攻打嘉義的計劃。
只有劉阿屘獨排眾議，提出了一個擒賊擒王、直搗黃龍的妙計：不要攻打嘉義，直接攻打「郡城」！
「郡城」是指哪裡呢？其實就是「台灣府府城」啦！也就是當時清朝在台灣的最高行政中心，而當時的台灣府，就位於台南。
劉阿屘表示：
如今斗六城已經被攻破，官兵全軍覆沒，我軍大獲全勝，應該趁現在士氣高漲的時候，率領全數精兵，一鼓作氣南下攻打台灣府，那麼府城的清軍必定嚇破膽，望風瓦解。
一旦攻下台灣府城，就可佔據中樞地位以號令全台，屆時嘉義城的官民，眼看府城都被打下來了，勢必望風而降，如此一來，即可不戰而得嘉義城。
反之，如果全力攻打嘉義這座小城，一來嘉義城池堅固，二來嘉義城內官民團結，恐怕短時間內也打不下來，反而事倍功半。
劉阿屘的邏輯是，如果想要徹底推翻清朝統治，要不要攻打台灣府？要。既然終究要去攻打府城，那為什麼不趁現在士氣如虹的時候進攻呢？只要攻下府城，嘉義也會跟著投降，一兼二顧，不是很好嗎，又何必現在浪費時間跟精力去攻打嘉義呢？
說的很有道理吧，真是妙計啊！老實說，這個計謀的品質與深度，比什麼鯨魚精轉世厲害多了。
結果戴潮春不採納，堅持進攻嘉義...
台灣通史：「於是議取嘉義，軍師劉阿屘曰：『斗六既破，鎮兵俱沒。若悉我精銳，鼓行而南，則郡城必望風瓦解。既得郡城，據中樞以號令全臺，則嘉義可不戰而得。今若以全力爭一小邑，勝負未可知；而嘉義城堅眾協，恐急切未易下也』。潮春不聽，令陳弄、嚴辨、呂梓、廖談、洪花等攻之。」
稍微快轉一下，後續的發展如同劉阿屘所料，嘉義城易守難攻，紅旗軍最終未能攻下嘉義，當然，戴潮春事件最終也被清朝政府平定。
如果以事後諸葛的角度來看，或許會覺得，戴潮春不聽劉阿屘建議是錯誤的。
戴潮春為什麼不採納劉阿屘的妙計，史書並未記載，但其實也不難理解。
畢竟台灣府城的地位至關重要，這個道理劉阿屘知道，清朝政府當然也知道。
因此清朝政府不太可能坐視府城被紅旗軍攻下，反而會有很高的機率，加派兵力，嚴陣以待，那麼在重兵防守下，紅旗軍是否能夠在短時間內攻下府城，仍是未知數。
如果紅旗軍無法在短時間內攻下府城，久而久之，士氣將逐漸衰弱，此時若後方生變，例如清軍與支持官府的白旗義勇軍聯手，反攻斗六城，或是雲嘉一帶的民眾，發現紅旗軍優勢不再，而選擇站隊官府，那麼紅旗軍就可能被前後包抄，面臨進退兩難的局面。
簡單來說，劉阿屘的策略雖然高明，卻是一步險棋，如果賭贏了，可以翻轉歷史；如果賭輸了，可能全軍覆沒。
所以戴潮春不願意越級打怪，而是選擇按部就班，依照台灣地理逐步往南進攻，先攻嘉義，再攻府城（台南），其實也無可厚非。
不過，再從另一個角度來看，劉阿屘之前編出「鯨魚精轉世」理論並大獲成功，可見他是個懂得製造輿論、擅長操作民心士氣的軍師。
這個計謀的風險，劉阿屘應該是知道的，但或許正是因為他對自己操作民心士氣的本事有信心，認為在他的操作下，有機會讓府城「望風瓦解」，所以才想賭一把啊。
當然，再從另一個角度思考，就算戴潮春採用了劉阿屘的建議，也真的攻下了府城，隨著後續清朝政府加派兵力增援，戰神林文察也返台參戰，戴潮春陣營是否守得住府城，也是一個問題，可能最終仍無法擺脫被清軍平定的結局。
史料上有關劉阿屘的記載，差不多就這些了，隨著戴潮春事件被平定，史料只簡單提到劉阿屘成功躲過了清軍的追緝，沒有被清軍抓到。
東瀛紀事：粵籍鐘阿桂、李阿兩、劉阿屘等，皆漏網至今，諸賊猶多蓄髮也。
至於劉阿屘的結局究竟如何，實在不得而知，推測大概是隱姓埋名，潛藏在民間，當年鯨魚精轉世的故事，也不再有人可以訴說，只能隨之煙消雲散。
這種開放式的結局（？），也再度為這位冷門的角色，增添了一絲神秘的色彩。
雖然都說歷史沒有如果，但或許可以想像，在某個平行時空裡，戴潮春聽了劉阿屘的建議，也真的攻下了台灣府，改寫了歷史。
而來到府城的劉阿屘，或許正站在街道上，自信地向民眾說著鯨魚精轉世的故事吧。
