是說日前中華民國部隊撤退到台灣的這段歷史，又因政治因素而受到討論，有媒體引用國史館的史料，說明中華民國部隊在國共內戰失利後的慘況，指出「1950年的國軍陸軍部隊（共有12個軍部丶40個師丶1個裝甲兵旅及5個砲兵團），人數為40萬餘人，但步槍僅有12萬3千餘枝丶火砲及戰鬥車輛數量嚴重短缺；當時海軍有4個艦隊丶軍艦及輔助艦艇共65艘，但各艦逾齡時有損壞丶配件缺乏修理困難；空軍各型飛機300餘架，但妥善飛機約199架。」其中談到海軍的這一段，說當時海軍有4個艦隊、軍艦及輔助艦艇共65艘，其實未能真正反應當時海軍的窘境。
第二次世界大戰是在1945年結束的，中國戰場上的日軍也一併投降。但是在投降之前，日軍已佔領了中國的所有沿海地區，封鎖大陸的出海口，以切斷英美盟國對中華民國政府的支援，這也代表中華民國的海軍已全部覆滅。戰爭結束後中華民國海軍的這批艦艇，主要有兩個來源，一個是英美盟國的贈與，另一個則是戰勝國分配日本海軍的艦艇。只是中華民國海軍雖然獲得了裝備，重新組建了4支艦隊，但還是問題重重，除了這些艦艇參差不齊，缺乏零件供應而修理困難外，另一個重要的隱憂，是海軍派系傾軋的問題極為嚴重，甚至引發了後來海軍內部的白色恐怖。
知名的丹陽號驅逐艦，就是接收自日本海軍的艦艇，該艦有「太平洋不死鳥」之稱。
造成海軍內部派系林立的主因，在於當時中國特殊的國情，除了有過去清政府所建立的水師學堂外，各路軍閥也有自己的海軍學校。這些來自不同系統的人組成了後來的中華民國海軍，在當時內戰頻繁下，不止頗有宿怨，彼此的政治信仰也不盡相同。有些人效忠的中華民國，不是後來國民黨的中華民國。其中勢力最大的四大派系，分別為馬尾系、黃埔系、青島系與電雷系。馬尾系畢業於福州海軍學校，因地點鄰近福州馬尾港，因此得名。黃埔系畢業於廣東海軍學校，其校址在黃埔，後來也有一段時期改名為黃埔海軍學校，但與黃埔軍校不同，並非蔣介石的嫡系部隊。青島系畢業於青島海軍學校，電雷系則出自蔣介石所創建的電雷學校，這所電雷學校也是最晚成立的海軍學校。
福州海軍學校又名馬尾海軍學校，前身是清政府所設立的福建船政學堂。在清朝末年推行自強運動時，籌建新式海軍是最重要的政策，由當時的閩浙總督左宗棠與船政大臣沈葆楨所創立。1866年開始招收第一屆學生，是清政府培育海軍軍官最重要的一所學校。廣東海軍學校的前身是是廣東黃埔水師學堂，也是自強運動時所設立的多所新式海軍學校之一，該校於1882年創校，由多任兩廣總督不斷投入建設，曾多次整併改名，最後在中華民國初期，改名為廣東海軍學校。蔣介石的黃埔軍校建立前，廣東海軍學校已經因為經費不足而停招，黃埔軍校只是使用了部份廣東海軍學校的校地而已。後來廣東海軍學校雖然又復校，卻是由當時控制廣東的軍閥所大力促成，與蔣介石的淵源不深。
福州海軍學校與廣東海軍學校，因為創辦的時間最久，培育的學生最多，因此是清軍水師改制為中華民國海軍時的重要骨幹。由於兩校校址一在福建，一在廣東，報考的考生都以當地人居多，也間接造成當時中華民國海軍的高階軍官，以福建籍與廣東籍最多。特別是規模最大的福洲海軍學校，培育出最多將領，讓馬尾系的福建籍將領成為海軍的最大派系。中華民國建立不久後，隨即爆發袁世凱稱帝的政爭，各地紛紛宣布獨立，接下來陷入長期的內戰之中，各地的軍閥在體認到海軍的重要性以後，也各自建立海軍學校，青島海軍學校就是由奉系軍閥張作霖所設立，前身為葫蘆島航警學校。在九一八事件後遷到青島，並同時改名為青島海軍學校。
比較特別是的是電雷學校。蔣介石於北伐成功後，組建南京的中央政府，但卻無力控制當時的海軍，因為蔣介石的黃埔軍校以培養陸軍為主，難以指揮海軍馬尾系與黃埔系出身的海軍將領，這也讓蔣介石起心動念，想要學張作霖一樣自創海軍學校。電雷學校就是在這樣的背景下所成立。當時蔣介石找了在海軍中被排擠的歐陽格，成立一所新的海軍學校，曾到英國留學的歐陽格建議，應該要發展魚雷快艇，並採用由電力所驅動的新型魚雷，以小搏大，這也是電雷學校名稱的由來。這所最晚出現的海軍學校，遲到1933年才開始招生，只有兩期的學生畢業，中日戰爭就全面爆發，後面的學生被併入青島海軍學校裡。
蔣介石希望以電雷學校的畢業生來控制海軍，是司馬昭之心路人皆知，因此電雷系處處受到馬尾系與黃埔系的排擠。而一樣是由軍閥所設立，人數也較少的青島系，因為也受到排擠，所以常常與電雷系合作，共同對抗自視為正統海軍出身的馬尾系與黃埔系，雙方的人事鬥爭極為激烈。這一直要到中日戰爭時期，海軍幾乎完全覆滅，才讓這樣的情況稍微趨緩。二戰結束後，中華民國海軍可以說是從零開始重新建設，但四大系統明爭暗鬥的情況，仍如影隨行。再加上僅存的海軍人員，對盟軍捐贈的艦艇與中華民國所分配到的日軍艦艇，都還不熟悉。倉促接艦以後，不只訓練不足，這批臨時拼湊起來的艦艇，來源極為龐雜，後勤支援困難，戰力極為有限。
但即使如此，當時的海軍還是投入了隨之而來的國共內戰中，雖然也不乏積極參戰的例子，但與蔣介石淵源不深的海軍官兵們，並不認為國民黨代表中華民國，因此不乏率艦投共的將領。如第一艘變節的海軍艦艇「黃安艦」，與最大噸位的巡洋艦「重慶艦」敵前倒戈，都讓蔣介石痛心疾首。總計在國共內戰期間，有高達上百艘艦艇、數千名海軍官兵，不戰而降，陸續向共產黨投誠，這也種下了蔣介石來到台灣以後，對海軍進行整肅的遠因，海軍中的白色恐怖，讓不少海軍官兵鋃鐺入獄。而且即使喊出了「四海一家」的口號，希望團結海軍的四大派系，但這樣的恩怨依然在海軍存在了很長一段時間，直到人事自然更迭，所有的海軍軍官都變成左營系為止。
